Da Electronic Arts Peter drängte bis Weihnachten einen Nachfolger zu liefern, entstand aus einem von Peters und Glenns abendlichen Pub Gesprächen, wenig später die Idee für Powermonger. Peter suchte eine andere Herangehensweise an das Befehlskonzept. Statt eine ganze Bevölkerung zu steuern, sollte sich Powermonger darum drehen Truppen mit verschiedenen Waffen, Rüstungen und Formationen zu befehligen. Jedoch mit einer Art Brieftauben-Kommunikationssystem unter den verschiedenen Generälen des Spiel. Glenn hatte die damalige Bibel der Grafikprogrammierung, Fundamentals of Interactive Computer Graphics, gelesen und wollte damit eine Engine für Vektorgrafiken auf dem Amiga programmieren. Für Powermonger begannen sie auf Grundlage vom fertigen Populous mit eine Reihe von verwirrenden Icons am Rand der dreidimensionalen Karte. Peter hatte eigentlich beabsichtigt die Icons im Laufe der Entwicklung zu entfernen und den Computer diese Basisfunktionen automatisch erfüllen zu lassen, sodass es sich nur noch ums Aufrüsten von Armeen und Erobern von Siedlungen drehte. Aber Electronic Arts drängte Peter die erste stabile und bugfreie Version zu veröffentlichen. Les beschrieb Powermonger gerne als Populous mit weniger zu tun und aus Peters Sicht wurde es zum Schandfleck seiner Karriere. Aber die Presse liebte es trotzdem. Genau wie Populous wurde es zum Strategiespiel des Jahre, in dem Fall 1991 und verkaufte zumindest knapp eine Millionen Exemplare.
Mit den Einnahmen von Populous zog Bullfrog von dem kleinen Dachbodenbüro in den Surrey Resaerch Park von Guildford um, mit Teppichboden, echten Schreibtischen und Leuten die regelmäßig die Fenster putzten. Peter suchte von nun an ständig neue Leute, die seine Visionen verwirklichen konnten oder einen ähnliche Ideenreichtum wie er verkörperten. Während der Powermonger Entwicklung besuchte er dabei das Information Technology Education Centre und fragte schlichtweg, ob jemand dort Interesse hätte Berufserfahrung zu sammeln. Der gerade mal achtzehn Jährige Sean Cooper zeigte dort gerade seine Basic und Assembler Kenntnisse, die er im staatlich geförderten Youth Training Scheme erlernt hatte. Peter fragte ihn, was er könne, Sean demonstrierte seine Arbeit am Acorn Archimedes und schon war er Bullfrogs fünfter Angestellter. Innerhalb eines Tages machte Sean sein Hobby zum Beruf und begann mit der Programmierung von Flood. Einem einfachen Spiel, wie er es beschrieb und dem einzigen Plattformer, den Bullfrog jemals produziert hat.
In Flood schlüpfte der Spieler in die Rolle von Quiffy, einem kleinen grünen Seestern-ähnlichen-Wesen, das sowohl am Boden als auch den Wänden und der Decke entlang laufen konnte und wie der Name schon vermuten lässt, der Flut entkommen muss. Denn so amphibisch Quiffy auch erschien, konnte er nicht Unterwasser atmen. Um den Ausgang des Levels betreten und so der Flut entkommen zu können, musste Quiffy Müll in Form von Coca Cola Dosen ähnlichen Objekten einsammeln. Wodurch der Eindruck entstehen könnte, Flood hätte eine Charakterbildene Aufgabe oder einen ökologischen Auftrag. Aber dem war nicht ganz so. Quiffy konnte ein weites Spektrum an Waffen einsetzen, von Boomerangs und Shuriken, über Flammenwerfer, bis hin zu Dynamit und Granaten und musste damit unzählige andere Lebewesen der Kanalisation auslöschen, um sein Ziel zu erreichen. Im Gegensatz zu den typischen Jump’n’Runs dieser Zeit wie Super Mario Bros oder Hard’n’Heavy scrollte Flood nicht nur seitlich, sondern in jede vom Spieler gewünschte Richtung. Womit es sich etwas vom damaligen Alltag abhob und trotz des sehr hohen Schwierigkeitsgrades 1990 Wertungen im 80% Bereich kassierte. Entgegen der ersten Bullfrog Games war Flood tatsächlich allein auf Seans Kreativität zurück zu führen. Lediglich das sehr makabere Ende des Spiels, bei dem Quiffy endlich der Flut entkommen war, aus der Kanalisation stieg und direkt von einem Auto überfahren werde, stammte von Peter Molyneux.
Peters Ideenreichtum war bewundernswert. Statt eine QA-Abteilung zu beschäftigen, lud er damals einmal wöchentlich Schulkinder ein und ließ sie Bullfrogs neuste Entwicklungen testen, um unvoreingenommene Meinungen zu bekommen. Aber der Alltag bei Bullfrog konnte auch chaotisch sein. Das Team schoss ständig mit Luftgewehren um sich und eines Tages warf Peter sogar einen Klammeraffen gegen das Aquarium, wodurch Piranhas durch die Luft flogen und sich auf dem Büroboden verendeten. Das war Gary Carrs erster Tag und erster Eindruck der Firma, tote Fische im ganzen Büro. Gary Carr sollte mit Paul McLaughlin das Artdesign für Populos 2 machen, das Glenn und Peter gerade in Assembler programmierten. Statt sämtliche Grafiken in zwei Wochen zu zeichnen, wie es Glenn für Populous 1 geschafft hatte, arbeiteten Gary und Paul gut ein Jahr an den neuen Landschaftsstilen und Grafikeffekten des Populous Nachfolgers.
Peter selbst war nie ein Fan von Nachfolgern gewesen. Seiner Meinung nach waren bereits alle noch so kleinen Ideen in das ursprüngliche Konzept des Spiels gewandert und die auch so gut wie möglich gebalanced. Was die Entwicklung eines Nachfolgers zehn mal so schwer werden ließ. Dennoch ließ er sich wegen der enormen Popularität seiner Götterschöpfung zu einem zweiten Teil hinreißen. Was gut war, denn Populous II: Trials of the Olympian Gods fühlte sich wie die fertige Version von Populous an. Es hatte ein durchgängiges griechisches Theme sowie die Möglichkeit seine eigene Gottheit zu formen und deren Fähigkeiten zu steigern. Ein deutlich verbessertes Interface, mit neuen Optionen wie Armageddon, was quasi den Level beendet indem es alle zu einem Kampf auf Leben und Tot aufrief. Sowie neuen Helden mit mehr Fertigkeiten, als die Ritter des ersten Spiels. Sämtliche gelungenen Elemente des ersten Spiels enthielt Populous 2 ebenfalls in verbesserter Form. Einer der besten Nachfolger, die Peter Molyneux jemals gemacht hat und eines der besten Amiga Spiele überhaupt. Wie zuvor war Populous 2 ein triumphaler Erfolg. Durchgängig Wertungen über 90% und da die Spielreihe besonders im asiatischen Bereich gut ankam, reichte Bullfrog mit The Challenge Games ein Erweiterungsset nach, was sich auf die japanische Mythologie konzentrierte.
