Mit der Zerstörung von Hiroschima und Nagasaki durch amerikanische Atombomben, beschloss Milliardär Andrew Ryan, Ende des zweiten Weltkrieges, eine sichere Zuflucht abseits von Regierungen zu schaffen. Auf dem Meeresboden des Atlantiks errichtete er eine sich selbsterhaltende Stadt, angetrieben durch Vulkanenergie. Das einzige Indiz für die Außenwelt war ein Phantom Leuchtturm mitten im Nordatlantik, oberhalb der Unterwasserstadt. Dort, in Rapture, versammelte Andrew Ryan die größten Künstler, Wissenschaftler und Denker, der Welt, damit sie ihren Ideen unabhängig vom Regierungswillen oder Religionen freien Lauf lassen konnten. Ryans Pläne schlossen die Arbeiterklasse jedoch nicht ein. Nach der Fertigstellung von Rapture 1952 ließ er sie in leckenden und überfüllten Unterkünften zurück.
Noch ein Jahr zuvor, beobachtete Dr. Bridgette Tenenbaum in einem der Außenbereiche wie ein teilweise gelähmtes Kind von einer der am Meeresboden lebenden Seeschnecke gebissen wurde und sich in Folge dessen wieder vollständig bewegen konnte. Verhöhnt von den anderen Wissenschaftlern, wendete sich Dr. Tenenbaum an Geschäftsmann Frank Fontaine. Im Austausch für die Rechte an ihrer Arbeit, willigte Fontaine ein Tenenbaums Forschung zu finanzieren. Ihre Seeschnecken-Stammzellenforschung führte zur Entdeckung von ADAM. Einer Erbgut-verändernden Droge, die gezielt positive Mutationen hervorrufen konnte. Es gab jedoch zu wenig ADAM für eine Massenproduktion der „Plasmide“ getauften Tonika. Die einzige Produktionssteigerung schien darin zu bestehen, die Schnecken in den Bäuchen von Testsubjekten wachsen zu lassen. Es stellte sich heraus, dass kleine Mädchen die verlässlichste Quelle waren. Weshalb Fontaine ein „Little Sister Waisenhaus“ errichtete und dafür als KITA und Schule warb. Als Fontaine Futuristics letztlich ADAM in Massen produzieren konnte, begannen sie mit der Vermarktung von Gen-Tonika und Plasmiden. Jeder, der es sich leisten konnte, erhielt übernatürliche Kräfte, wie Dinge mit einem Fingerschnippen in Brand zu setzen, Bienenschwärme aus den Armen strömen zu lassen oder schlichtes Muskelwachstum. Andrew Ryan bewunderte Frank Fontaines Durchbruch zunächst und bezeichnete ihn als herausragendes Beispiel für Rapture.
Im Laufe der Jahre begann Ryan jedoch Fontaines kriminelle Machenschaften zu erkennen, die von Schmuggel bis zu Mord reichten. Als Ryan versuchte Fontaine des Schmuggels zu überführen, ging Fontaine lieber im Kugelhagel unter. Es gelang ihm dabei Ende 1958 seinen Tod vorzutäuschen. Während Andrew Ryan die Plasmid-Produktion in seine eigene Firma, Ryan Industries verlagerte, schlüpfte Frank Fontaine hingegen in die Rolle seines Alter-Egos Atlas. Zur Silvesternacht 1959 stachelte Atlas die Arbeiterklasse zu einem Guerilla Krieg gegen das Wachpersonal an. Sämtliche Bürger, verwendeten daraufhin ADAM, um sich verteidigen zu können. Der ADAM Nachschub reichte nicht länger aus, um alle zu versorgen und die süchtigen Bürger, die nichts mehr bekamen, drehten durch. Sie marodierten fortan als Splicer durch das zunehmend verfallende Rapture.
Um den gestiegenen Bedarf zu decken, entsandte Ryan die kleinen Mädchen in die Straßen Raptures, um das ADAM aus Leichen der Revolutionsopfer abzusaugen. Dr. Yi Suchong, der bereits Dr. Tenenbaum bei der Entwicklung des Plasmide geholfen hatte, entwickelte Beschützer für die Little Sisters. Er schweißte Gefangene in Tiefsee-Taucheranzüge ein, konditionierte sie mit einem Beschützerinstinkt für Little Sisters und pumpte sie mit Plasmiden voll. Die Big Daddies begleiteten die Little Sisters auf Schritt und Tritt und beschützten sie bis in den Tod.
Kurz nach der Revolution, Anfang 1960, verschwand die Transatlantikmaschine DF-0301 auf dem Weg nach London mit neunundachtzig Passagieren spurlos. Einer ihrer Insassen, Jack, überlebte und schwamm durch das brennende Inferno zu einem Leuchtturm. Als Jack im Inneren des Leuchtturms eine Tauchkugel fand, die ihn herab nach Rapture brachte, wurde er von Atlas kontaktiert. Mit den Worten „Wärst du so freundlich …“ bat Atlas Jack nach dessen Familie zu suchen. Atlas lotste Jack sicher an vielen Splicern vorbei, bis er einem Big Daddy / Little Sister Paar direkt gegenüber stand. Atlas drängt Jack die Little Sister zu töten, um das gesamte ADAM für sich zu behalten. Dr. Tenenbaum hörte das und schritt ein, bevor Jack die kleine töten konnte. Sie bat ihn stattdessen, die Little Sister zu retten, indem er nur das ADAM aus ihrem Körper absaugte. Jack kämpfte sich anschließend nahe der Tauchkugel mit Atlas Familie vor, doch Ryan zerstörte sie, bevor Jack sie retten konnte. Wutentbrannt schickte Atlas Jack durch Armeen von Splicern und Big Daddies, zu Andrew Ryans Anwesen.
Als Jack Ryans Büro erreichte, spielte dieser geduldig Golf und erläuterte Jack, dass er tatsächlich sein Sohn sei. Jack war in Rapture geboren, von Fontaine entführt und unter der Aufsicht von Dr. Tenenbaum sowie Suchong Gedankenkontrollexperimenten unterzogen worden. Da Jack genetisch mit Andrew verwandt war, war er Fontaines einzige Möglichkeit durch sämtliche Sicherheitssperren und an Andrew heran zu kommen. Andrew Ryan akzeptierte jedoch sein Schicksal mit den Worten „Ein freier Mensch hat die Wahl, der Sklave gehorcht.“ und bat Jack mit „Wärst du so freundlich mich zu töten“ ihn umzubringen. Jacks mentale Programmierung ließ ihm keine andere Wahl, als dem Folge zu leisten. Atlas outete sich Jack gegenüber als Frank Fontaine und bestätigte somit, dass Jack die ganze Zeit nur seine Marionette war. Ohne Andrew Ryan übernahm Fontaine die Kontrolle über Rapture und hetzte Jack Sicherheitsdrohnen auf den Hals.
Jack entkam mit Hilfe von Dr. Tenenbaum und ihren Little Sisters. Bridgette Tenenbaum löschte Fontains Programmierung, einschließlich eines Befehls, der sein Herz hätte stoppen können. Mit der Hilfe der Little Sisters kämpfte sich Jack in Fontaines Labor vor. In die Ecke gedrängt, injizierte sich Fontaine selbst eine große Menge ADAM, was ihn in ein unmenschliches Monster verwandelte. Weiterhin unterstützt von den Little Sisters bekämpfte Jack Fontaine und tötete ihn letzten Endes. Je nachdem wie der Spieler als Jack mit den Little Sisters umgegangen war, endete die Geschichte von Bioshock an diesem Punkt anders:
- Wenn Jack mehr als eine Little Sister getötet hatte, führte er seinen Feldzug nach der Eroberung Raptures mit dem Rest der Welt fort. Tauchkugeln tauchten um das Atom-U-Boot auf, das nach Überlebenden des Fluges DF-0301 suchen sollte und entlud Splicer auf dessen Besatzung. Jack brachte somit Atomraketen in seine Gewalt.
- Wenn Jack die Little Sisters rettete, führte er sie zurück an die Oberfläche. Er adoptiert fünf von ihnen als seine Töchter und sie wuchsen glücklich an seiner Seite auf.
Raptures klügste Köpfe
Rapture
Meeresschnecke
Dr. Tenenbaum
Little Sister
Splicer
Little Sister und Big Daddy
Der Phantom Leuchtturm im Atlantik
Wärst du so freundlich?
Andrew Ryan
Frank Fontaines Labor
