Die Hauptstadt Dunwall ist der Austragungsort von Dishonored. In der Steampunk-Welt basiert Technologie hauptsächlich auf Walfang und dem dadurch gewonnen Walöl. Es versorgt Teslaspuhlen, Lichtwände und weitere Wachtürme mit Energie. Dunwall wird von einer Rattenplage heimgesucht, die in der unteren Bevölkerungsschicht eine Krankheits-Epidemie ausgelöst hat, welche die aristokratische Adelsschicht jedoch weitestgehend verschont.
Der kaiserliche Schutzherr, Corvo Attano, kehrt von seiner langen Suche nach einem Epidemie-Heilmittel auf den Inseln zur Kaiserin, Jessamine Kaldwin, zurück, als Attentäter sie ermordeten. Trotz seiner Leibwächter-Ausbildung wird Corvo der Attentäter-Übermacht nicht her und hilflos zusehen, wie die kaiserlicher Tochter, Emily, entführt wird. Als einziger Zeuge und Überlebender wird Corvo der Taten beschuldigt, ins Gefängnis geworfen und von den eigentlichen Drahtziehern gefoltert.
Sechs Monate später, kurz vor Corvos öffentlicher Hinrichtung, verhelfen ihm die Kaisergetreuen zur Flucht. Eine Gruppe aus Vertretern verschiedener Gesellschaftsschichten, die sich in einem der stillgelegten Bezirke der Stadt versammelt haben und Emily Kaldwin befreien wollen, um ihren Anspruch auf den Thron geltend zu machen. Von dieser Gruppe erfährt Corvo, dass der kaiserliche Meisterspion Hiram Burrows und einige andere hohe Regierungsmitglieder die Drahtzieher des Attentats auf die Kaiserin waren, damit eben Burrows als neuer Lordregent den Kaiserthron übernehmen kann.
In seiner ersten Nacht in Freiheit, hat Corvo einen seltsamen Traum. Eine mysteriöse Gestalt, die sich der Outsider nennt, erscheint und verleiht ihm magische Fähigkeiten. Mit Hilfe von Runen kann Corvo fortan die Zeit verlangsamen, kurze Teleportationssprünge machen, den Geist von Menschen beherrschen und Rattenschwärme herbeirufen. Am nächsten Morgen fertigt Piero, der Erfinder und Wissenschaftler der Gruppe, Corvo eine metallene Maske an, damit er sein allseits bekanntes Gesicht vor der Öffentlichkeit verstecken und frei in der Stadt bewegen kann.
Auf seinem Rachefeldzug entledigt sich Corvo aller Verräter und enthebt sogar Lordregent Burrows dessen Throns. Es gelingt ihm obendrein Emily aus den Fängen ihrer Entführer zu retten. Die Siegesfeier ist für Corvo jedoch nur von kurzer Dauer. Die Kaisergetreuen sehen Corvos Tod als nächsten Schritt zu ihrer eigenen Rehabilitation und vergiften seinen Drink. Die Dosis ist jedoch zu gering und Corvo überlebt um Haaresbreite. Aus seinem nassen Grab im Quarantäne-Bezirk Dunwalls erhebt er sich erneut und macht als nächstes dem Attentäter der Kaiserin, Daud, den Garr aus und infiltriert anschließend die Inselfestung der Kaisergetreuen. Im Showdown entledigt sich Corvo seiner zeitweiigen Gefährten und rettet Emily erneut vor dem sicheren Tod.16
