Parallel zu all diesen Ereignissen, unterstützte Peter die vorangegangenen Wochen Otto Octavius bei dessen Forschung nach Prothesen für Behinderte. Wann immer Otto Peter im Labor an Spider-Man Ausrüstung arbeiten sah, gab er vor nicht zu wissen was vor sich ginge. Schließlich arbeitete Peter für einen Hungerlohn und war ein wichtiger Bestandteil Ottos Forschung. Aber ungeachtet des Genies beider, verlief die Prothesenforschung in Verbindung mit dem menschlichen Nervensystem nicht immer ohne Zwischenfälle. Beim letzten Laborbrand strich Ottos ehemaliger Partner, Norman Osborn, ihnen die Finanzierung. Was Otto in die Arme des eher zwielichtigen Technologie-Konzerns A.I.M. trieb.
Als Peter im Anschluss an Martin Lis Verhaftung zurück ins Labor kam, überraschte Otto Octavius ihn mit einem gänzlich neuen Konzept. Er verwendete ein Intrakranielles neurales Netzwerk, um vier Kraken-ähnliche Arme auf seinem Rücken mit seinen Gedanken zu steuern. Bei der Durchsicht von Ottos Bauplänen entdeckte Peter jedoch schnell ein potentielles Problem, was Hemmungen und Stimmungen des Trägers beeinflusste. Es schien als hätte Peter ihn überzeugt, die Neuralverbindung nicht länger zu benutzen. Aber kaum verließ Peter das Labor, regte Otto eine Rede Bürgermeister Osborns dermaßen auf, dass er das Interface wieder aktivierte und den Fernseher mit Normans Gesicht zertrümmerte.
Am nächsten Tag folgte der Nachrichtenmeldung vom Überfall auf Sables Transporter, direkt einem Notruf Yuris. Jemand oder etwas brach sämtliche Zellen Rykers Island auf und verhalf den Schwerverbrechern zu frühzeitigem Ausgang. Mit Unterstützung der Polizei versuchte Spider-Man den Ausbrechenden Einhalt zu gebieten. Bei den gewöhnlichen Verbrechern gelang es ihm. Doch dann setzte sich die Ausbruchswelle auf dem Raft fort. New York Hochsicherheitsgefängnis für übernatürliche Kriminelle. Spider-Man jagte Electro und Vulture aufs Dach des Rafts nach. Wodurch er sich plötzlich umzingelt von fünf seiner größten Widersacher wiederfand: Electro, Scorpion, Rhino, Vulture und Mr. Negative. Gegen diese Übermacht hatte er alleine keine Chance. Der einzige Grund für sein Überleben lag darin, dass Dr. Octavius ihn warnte und nicht umbrachte. Mit den Warnung, er solle ihnen nicht im Weg stehen, warf Doc Oc Spider-Man vom Dach aus ins Meer. Es war einzig Yuri zu verdanken, dass Peter in der Nacht nicht im Meer ertrank.
Noch in der selben Nacht ließ Octavius Demon’s Breath über die Passanten des Times Squares regnen. Keine 24 Stunden später litt bereits eine halbe Millionen Menschen an den Folgen des Biowaffen-Angriffs, einschließlich May Parker. Um sich selbst aus dem Feuer der Reporter zu ziehen, verbreitete Norman Osborn das Gerücht, Spider-Man habe den Gefängnisausbruch verursacht. Wodurch zusätzlich zum Gangster-Sextett ebenfalls Sable International Jagd auf ihn veranstaltete. Mit derart vielen Feinden, bat Peter seine Freunde um Hilfe. Miles, dem Peter einen Job im Obdachlosenheim verschafft hatte, beauftragte er auf May aufzupassen und MJ darum das Gegenmittel zu suchen, welches Oscorp angeblich entwickelte.
Während Peter die Chaos stiftenden Superschurken Electro, Scorpion, Rhino und Vulture wieder einfing, schlich MJ in Normans Penthouse. Beim Durchsuchen der Wohnung, dessen Badezimmer bereits größer als MJs gesamtes Apartment war, entdeckte sie versteckt darin Normans Labor und in dem wiederum die Verbindung zu Martin Li. Normans Suche nach eine Heilmittel für Krebs und andere Gendefekte führte zu Tests an Menschen. Martin war einer der Test-Kandidaten gewesen. Aber seine Reaktion auf GR-27 ließ ihn in negativer Materie explodieren. Wodurch er unabsichtlich seine eigenen Eltern tötete. Deshalb schwor er Rache an Norman Osborn. Während dieser Erkenntnis verschreckte MJ die Spinne eines Glasbehälters. Wodurch sie unabsichtlich eine zweite Spinne freisetzte, die auf ihre Jacke kletterte. Zwar gelang es MJ sich vor der alarmierten Silver Sable zu verstecken und mit Peters Hilfe dem Penthouse zu entkommen. Aber gemeinsam verhalfen sie so der entflohenen Labor-Spinne, zu einer Reise ins Lager des Obdachlosenheims, wo Miles beim Aufräumen von ihr gebissen wurde.
Mr. Negative und dem von ihm gefangenen Norman Osborn zum Geheimlabor folgend, schloss Peter einen vorübergehenden Waffenstillstand mit Silver Sable. Schließlich verfolgten sie das gemeinsame Ziel Norman zu befreien und Mr. Negative das Handwerk zu legen. Auf diese Weise kam Peter gerade pünktlich Norman Osborns Enthauptung zu verhindern. Mit einem Spinnennetz stoppte er Martins Schwerthieb Mitten in der Luft. Peter begriff zwischenzeitlich, dass der Rachegedanke Martins Kräfte antrieb und so redete er auf die negative Erscheinung ein, die Rache nicht gewinnen zu lassen. Aber Martin sah gar nicht ein, dagegen anzukämpfen und schleuderte Spider-Man mit einer Energiewelle rückwärts. Gefolgt davon rief Martin eine gewaltige Schattenkreatur herbei. Doch Spider-Man ließ sich von deren Anblick nicht ablenken, nahm Anlauf und sprang ihr mit voller Wucht ins Gesicht. Der Fuß seines ausgestreckten Beins durchdrang die Nebelgestalt, traf Martin mitten ins Gesicht und beraubte ihm des Bewusstseins. Sämtliche Illusionen verblassten und die gedankenkontrollierten Handlanger kollabierten. Für einen Augenblick erschien es, als habe Spider-Man endlich gesiegt. Aber gerade als er Martin das GR-27 Gegenmittel aus der Hand riss, brach Doktor Octavius die Decke des Labors auf, schlug Spider-Man KO und entkam mit seinem Rivalen Norman Osborn.