Begleitet von der vorübergehend wieder erwachten Dani, arbeitete Jacob sich zum finalen Showdown vor: Direktor Coles Apartment. Wenige Meter davor, verschlechterte sich Dani’s Zustand jedoch erneut. Sie hörte bereits die Stimmen der anderen. Das was die gesamten Rohlinge vereinte und kommandierte. Jacob versprach ihr, mit dem Gegenmittel zurückzukehren und Duncan Cole für alles büßen zu lassen.
Mit diesem Vorhaben platzte Jacob geradewegs in eine Besprechung Duncan Coles mit der Krone. Den zwölf Führern von Kallipolis. Zu seiner Verwunderung huldigte Kallipolis ihn als Vir Solitatirus, den Überlebenden. Direktor Cole belustigte Jacobs Waffe in seinem Gesicht. Denn körperlich war er längst verschwunden. Jacob sprach lediglich mit seinem Hologramm. Dennoch gewährte er Jacob einen Ausblick auf das, worum es eigentlich ging. Die Eroberung des Weltraums und das Überleben der Menschheit in diesen rauen Weiten. Die Menschheit musste sich weiterentwickeln. Und in Coles verzerrtem Verstand gelang das nur, indem sich der letzte Überlebende sämtlicher Infizierter, zum Alpha erhob. So entbrannte durch Jacobs Auftreten der finale Kampf. Der Überlebende der Menschheit, gegen das Oberhaupt der Biophage: Captain Leon Ferris.
Sämtliche vorangegangene Ereignisse – der Sturz aus dem Wachturm und die unzähligen Einschusslöcher von Jacobs Kugeln – förderten lediglich Ferris Mutationen. Bedauerlicherweise galt das ebenso für diese finale Schlacht. Je mehr Schaden Ferris durch Jacob erlitt, desto mehr mutierte er. Der ehemalige Aufseher gedieh unmenschlicher, aber stetig stärker. Ein Magazin nach dem anderen entleerte Jacob auf Ferris Körper. Es mussten hunderte Geschosse gewesen sein, als Ferris letztendlich an der zentralen Konsole zusammensackte. Jacob nutzte die Gelegenheit und rammte seine Spritze in ein Auge des mutierten Fleischbergs. Er hielt nun das Gegenmittel in seinen Händen.
Das rief Direktor Cole erneut auf den Plan. Er bot Jacob an, das Gegenmittel gegen eine Rettungskapsel zu tauschen. Auf diese Weise bekämen sie beide, was sie immer begehrten. Dani zeigte sich von diesem Vorschlag wenig begeistert. Auf Rache für ihre Schwert Lili sinnend, feuerte sie auf Coles Hologramm. Selbstverständlich ohne Effekt. Diesem finalen Wutausbruch folgend, sackte sie erneut zusammen. Jacob mimte jedoch lange Genug die Marionette in diesem perfiden Theater. Er verabreichte Dani das Gegenmittel und durchkreuzte damit Coles aktuellen Plan. Der Direktor nahm das zum Anlass, die Zelte abzubrechen. Er aktivierte die Selbstzerstörung Black Irons. Damit sämtliche Beweise zu Kallipolis Beteiligung erneut in Rauch auf gingen. Quasi wie beim Schwarzen Tod im 14. Jahrhundert.
Während die Temperatur des Black Iron Reaktorkerns unaufhaltsam kletterte, stürmten Dani und Jacob zu den Rettungskapseln. Obwohl Dani dank Gegenmittel wieder Fahrt aufnahm, erreichte Jacob sie zuerst. Nur um zu realisieren, dass lediglich eine Kapsel übrig war. Bevor Dani begriff was geschah, packte der Überlebende sie, presste sie in die Kapsel und aktivierte die Zündung. Mit seinen finalen Worten entschuldigte Jacob sich für den Tod ihrer Schwester. Es dauerte etwas, bis sie die Gesamtsituation erfasste. Jacob steckte ebenfalls eine Biophage-Probe in die Kapsel.
Während Dani die Explosionen aus sicherer Distanz überblickte, überrannten Jacob Biophage-Rohlinge und der erneut mutierte Leon Ferris. Zweiterer riss Jacob in diesem Moment in Stücke. Lediglich den Kopf ließ er an Jacobs Körper. Arme und Beine riss Ferris ihm aus Rache ab.
An dem Punkt kam Dr. Mahler erneut zum Zuge. Wie Dani zuvor, schleppte einer ihrer Roboter Jacob zurück ins Labor. Mit Hilfe von Maschinen, hielt sie Kopf und Torso lange genug am Leben, um ihre gesamten Aufzeichnungen in sein Gedächtnis zu übertragen. Denn die CORE-Verbindung zwischen Jacob und der im All treibenden Dani Nakamura bestand weiterhin. Und alles was Jacob abspeicherte, erfuhr somit auch sie.
Für Jacobs Unterbewusstsein, war das ebenso verstörend wie der Verlust seiner Gliedmaßen. Jeder hochgeladene Datensatz und somit jedes widerliche Experiment, manifestierte sich in Jacobs Unterbewusstsein. Sein Verstand formte dadurch einen Albtraum nach dem anderen. Die Adaption der Biophage auf die Roboter des Gefängnisses und letztlich die Vernichtung Caitlyn Mahlers selbst. Denn das Black Iron Gefängnis brach zusammen und Dr. Mahler unternahm keine Versuche diesem Schicksal zu entkommen. Exakt im Moment der 100%igen Datenübertragung begruben sie die Trümmer des Gefängnisses. Die Wahrheit über Kallipolis trieb jetzt durchs Weltall und vielleicht überlebte sogar Jacobs Bewusstsein.