Beinahe 20 Jahre vergingen seit der Resonanzkaskade in Black Mesa und der damit verbundenen Invasion des Combines. Ein lediglich sieben-stündiger-Krieg, in welchem die Menschheit unterlag. Seither herrschte dieses Äonen-alte Imperium über die Erde und versklavte auf verschiedensten Wegen die Bevölkerung. Abseits ihrer ehemaligen Leibeigenen, den Vortigaunts, griff von Anfang an eine dritte Partei in die Ereignisse ein. Ihr Realitäten-verbiegender Handlanger, der Anzugträger, unterstützte Gordon Freeman bereits in den Anfängen. Vorübergehend kerkerte das Combine ihn ein. Doch dank den Bemühungen des Widerstands und vor allem derer Alyx Vances, erlangte dieses übernatürliche Individuum kürzlich seine Freiheit zurück. Infolge des geschickten Schachzugs der Widerstandskämpfer, befand sich Gordon Freeman nun, nach Jahren des Tiefschlafs, in einem Zug Richtung City 17. Der Operationsbasis sämtlicher Combine-Aktivitäten unseres Planeten. Mit den Worten, der richtige Mann am falschen Ort, könne den entscheidenden Unterschied bewirken, ließ der Anzugträger den Wissenschaftler auf die imperiale Befestigung los.
Die Absperrungen der Metro Cops am Bahnsteig hätten Gordon gerade Wegs zum Anschlusszug nach Nova Prospekt geleitet. Einem ehemaligen Gefängniskomplex, in dem ihm das Combine zu einer dieser Willenlosen Stalker Dronen lobotomiert hätte. Doch während er der Propaganda seines ehemaligen Kollegen Dr. Breen lauschte, dem aktuellen Regenten der Menschheit, befahl ihm einer dieser unterwürfigen menschlichen Sadisten in einen Gang zu folgen. Die Eskorte mündete in einen Blutverschmierten Verhörraum. Die folgende Deaktivierung der Sicherheitskameras ließ Gordon kaum auf Besserung hoffen. Aber dann gab sich sein vermeintliche Peiniger überraschend als Barney Calhoun zu erkennen. Einem der damaligen Black Mesa Sicherheitsleute und mittlerweile einem hochrangigen Mitglied des Erd-Widerstands. Barney erstattete umgehend Dr. Kleiner von seinem Fund Bericht. Gordons ehemaligem Mentor vom MIT. Kaum endete die Transmission, klopfte es energisch an der Tür. Barney lag hinter seiner täglichen Verprügelungs-Quote zurück. So ließ er sein scheinbares Opfer durch die Hintertür verschwinden, während er selbst zum nächsten Passanten überging.
Der einstige Held Black Mesas kannte sich weder in City 17 noch mit der neuen Weltordnung aus. Ohne Orientierung stolperte er Ziellos durch die abgeriegelte Stadt. Ein Umstand, der Gordon geradewegs in die Arme einiger Prügel-wütiger Metro Cops trieb. Den Schlagstockhieben des Trios hilflos ausliefert, sackte er zu Boden. Glücklicherweise sah Alyx ihn Augenblicke zuvor die Stadt schleichen und machte nun den Combine Prügelknechten den Gar aus.
Der jungen Frau durch die alten Kanäle folgend, gelangte der Brechstangenschwingende Wissenschaftler Stunden später in Dr. Kleiners Labor. Seit Monaten arbeiteten Alyx, ihr Vater Eli, Isaac Kleiner und Judith Mossman dort bereits an lokaler Teleportationstechnologie. Gewissermaßen eine Waffe, mit welcher sie dem Combine einen Schritt voraus wären. Denn obwohl die Außerirdischen Unterdrücker durch ein Portal in unser Universum eindrangen, waren sie auf der Erde selbst auf lokale Beförderungsmittel angewiesen. Die Teleportationstechnologie des Rebellen-Quartetts bezog hingegen Dunkle-Energie-Gleichungen mit ein und ermöglichte so eine Schleuderwirkung über die Randwelt Xens, um lokal auf der Erde große Distanzen zu überbrücken. Während Dr. Kleiner sein ausgebüchstes Haustier Lamarr suchte, schlüpfte Gordon endlich wieder in einen Schutzanzug, der ihm schon damals mehrfach das Leben rettete. Obwohl Barney von einem beunruhigenden Teleportationsunfall mit ihrer Katze erzählte, vertraute Alyx auf die Funktionalität ihrer Arbeit und trat als erste auf die Plattform. Lediglich Sekunden später erschien sie auf dem Kamerabild des Black Mesa East Standorts. Mit vollem Vertrauen tat Gordon es ihr gleich. Aber zwei Sekunden vor Initialisierung, fiel der gesuchte Lamarr aus einem Lüftungsschacht und sprang in Richtung Gordons Kopf. Die außerirdische Kopfkrabbe störte den Teleportationsvorgang massiv! Für einen kurzen Moment erblickte Gordon in der Tat seinen angepeilten Zielort. Aber dann wechselte er in Sekundenschnelle wieder und wieder das Ziel. Einer dieser Orte war ausgerechnet Dr. Breens Büro. Also die Kommandozentrale der Außerirdischen auf der Erde. Als ehemaliger Kollege Gordon Freemans erkannte der Administrator selbstverständlich seinen unerwarteten Besucher und versetzte die Combine-Truppen umgehend in Alarmbereitschaft. Zwar überlebte der Reisende den Teleportationsvorgang unbeschadet, doch transferierte er lediglich zehn Meter weit auf den Hof hinter dem Labor. Gleichzeitig suchten von dem Moment an sämtliche Combine-Streitkräfte die Umgebung nach ihm ab. Der Wissenschaftler musste auf schnellstem Wege aus der Stadt verschwinden. Unterstützt von der Underground Railroad bretterte der Flüchtige auf einem Sumpfboot durch die Kanäle City 17s. Egal ob Drohne oder Helikopter, absolut alles und jeder machte dabei Jagd auf ihn.
Stunden später hieß Eli Vance seinen Kollegen im Labor willkommen, während Alyx und Judith wie üblich stritten. Wie erstere später erzählte, waren diese Auseinandersetzungen der Grund, weshalb Alyx viel Zeit draußen verbrachte. Genau dort stellte sie Gordon nun ihre Gravitationskanone und Dog vor. Einen menschengroßen Roboter, den ihr Vater in ihrer Kindheit als Beschützer konstruierte. Dogs und Gordons Erdanziehungskraft-trotzendes-Fangspiel fand Minuten später jedoch durch einen Luftangriff des Combine ein jähes Ende.
Von Erschütterungen verfolgt, hechtete das Trio zurück in die Luftschleuse des Komplexes. Per Funk rief Eli Alyx gerade noch zu, sie solle Gordon raus schaffen, bevor der Strom versiegte. Augenblicke später stürzte einer der Korridore hinter der voraus laufenden Frau ein und trennte sie so von den Übrigen. Fest entschlossen ihrem Vater zu helfen, eilte sie weiter Richtung Labor, indes Dog Gordon Richtung Ravenholm lotste. Einer eher gefährlichen Passage Richtung Küste. Über Jahre blieb die Bergbaustadt vor dem Combine verborgen und diente so der Widerstandsbewegung als Basis. D.h. bis die Außerirdischen Unterdrücker sie mit biologischen Waffen bombardierten und sämtliche Bewohner in willenlose Zombies verwandelten. Dank der tatkräftigen Unterstützung des einzigen Überlebenden von damals, Vater Grigori, erreichte der Brechstangenschwinger einige Stunden darauf das Shorepoint Widerstandslager. Erst dort erfuhr er vom gesamten Ausmaß des zurückliegenden Luftangriffs.