Episode 3 war der finale Abschnitt des episodischen Contents für Valve’s Half-Life 2. Diese drei Erweiterungen repräsentierten Anfang der 2000er laut Gabe Newell zusammen ein drittes Half-Life Abenteuer. Jedoch stieß das damalige Valve-Team auf Probleme mit dem Alleinstellungsmerkmal der finalen Episode. Weshalb die Entwicklung zu Gunsten von Left 4 Dead eingestellt wurde. Zehn Jahre später veröffentlichte Half-Life’s ehemaliger Narrative-Designer, Marc Laidlaw, den einst geplanten Plot von Episode 3 in seinem Blog. Marc betrachtete Episode 3 als das Ende des gesamten Half-Life Handlungsbogens. Dieses Artikel beschreibt die aufgezeigte Handlung des Blog-Posts. Der damals geplante Plot bezieht ferner die Handlung des 2020 erschienenen Half-Life Alyx nicht mit ein! Er knüpft somit direkt an das Episode 2 Ende an und geht somit von Eli Vances Tod aus.
Der Tod Eli Vances durch einen Combine-Berater erstickte die neu entflammte Revolte gewissermaßen im Keim. Der einstige Black Mesa Forscher verkörperte eine Schlüsselfigur im Kampf gegen unsere Unterdrücker. Dass ein Combine-Berater seine Gedanken absorbierte, verunsicherte Unzählige. Mit dem versiegten Zitadellen-Portal, stiegen die zurückgebliebenen Berater zur vorübergehenden Führungsriege der außerirdischen Streitkräfte auf unserem Planeten auf. Besaßen diese nun wirklich sämtliche Pläne des Widerstands, machten die bisherigen Vorhaben kaum Sinn. Derartige Gedanken spukten durch die Köpfe vieler Widerstandskämpfer. Lediglich die Entschlossenheit seiner Tochter Alyx, den finalen Wunsch Elis zu auszuführen, verlieh einem Teil der Widerstandsmiliz neuen Mut.
Kurz vor ihrer vermeintlichen Gefangenschaft, nannte Eli’s langjährige Assistentin, Judith Mossman, dem Widerstand den Aufenthaltsort der Borealis. Einem ehemaligen schweren Eisbrecher der U.S. Küstenwache, den Black Mesa’s Konkurrenten, Aperture Science, für ähnliche Forschungen benutzten wie, Arne, Eli, Isaac und Gordon sie in der Wüste New Mexicos betrieben. In deren Michiganer Forschungslabor installierten Aperture Sciences Wissenschaftler ihr Bootstrap-Gerät am Schiffsrumpf. Es spannte ein Kraftfeld ums gesamte Schiff. Entgegen den Black Mesa Research Ein- und Ausgangsportalen, reiste die Borealis und alles innerhalb besagten Kraftfeldes, frei durch den Raum. Soweit zumindest die Theorie. Denn zu einem Test kam es bis zum Ausbruch des Sieben-Stunden-Kriegs nie. Mit der Invasion des Combines in unser Universum und der bevorstehenden Eroberung sämtlicher Forschungseinrichtungen, sah das Aperture-Team nur einen Ausweg. Kurzerhand aktivierten sie ihr ungetestetes Werk. Ein wagemutiges Experiment, welches die Borealis augenscheinlich samt Teilen des Trockendocks verschwinden ließ. Aperture Science steuerte den Eisbrecher damals an den entlegensten Ort der Welt, den Nordpol. Damit das Combine es niemals finden würde. Doch rechneten die Wissenschaftler nicht mit der simultanen Zeitreise. Denn von dem Augenblick an, erstreckte sich die Existenz der Borealis von der Huronsee zu Kriegsbeginn, bis zur Arktis der Gegenwart. Das Schiff reiste auf einem Gummiband durch Raum und Zeit. Es materialisierte nur für kurze Augenblicke an ausgewählten Punkten. Zumindest einen räumlichen Punkt markierten Judith Mossmans übermittelte Koordinaten.
Abgesehen von der ausbleibenden Widerstands-Nachhut, verlief für Alyx und Gordon bis zur Arktis selbst alles nach Plan. Doch die Combine Installationen, nahe der möglichen Koordinaten, glichen beinahe dem Ausmaß von City 17. Es dauerte nicht lange bis die Außerirdischen die unerwünschten Eindringlinge bemerkten und ein Jäger den Helikopter vom Himmel fegte. Von White Outs geplagt, irrten das Duo infolge des Absturzes durch die eisige Ödnis. Erst Stunden später näherten sie sich Judith Koordinaten. Offensichtlich betrieb das Combine bereits seit Wochen oder sogar Monaten Forschung dort oben. Dennoch kamen sie dem Ziel nicht näher. Einem Hologramm ähnlich war die Borealis sowohl auf offenem Meer, als auch in eine gigantische Eiswand gehauen schemenhaft sichtbar. Jeweils umringt von Combine Maschinerie mit einem gewaltigen Linsensystem. Der Phasenverschiebung verschuldet, war der Eisbrecher an keinem der Standorte materiell greifbar. Die Combine Berater spekulierten lediglich darauf, von der Borealis Besitz zu ergreifen, würde sie an einem ihrer ausgewählten Punkte gänzlich in die Realität zurückkehren. Wie genau Judith diese Hürde überwand, vermochten weder Alyx noch Gordon abzuschätzen. Aber während sie sich darüber den Kopf zerbrachen, spürten Combine Truppen sie auf und setzten sie fest.