Einst war Booker DeWitt ein dekorierter Kriegsheld gewesen. Doch genau diese Schlacht von 1890, gegen die amerikanischen Ureinwohner bei Wounded Knee, veränderte ihn. Er schlug zum Kriegsende eine Detektiv-Laufbahn ein und verliebte sich in die bezaubernde Annabelle Watson. Aber Annabelles Tod bei der Geburt ihrer Tochter, trieb ihn in Depressionen und Alkoholismus. Gut 20 Jahre später, ertrank Booker in Spielschulden. Seine einzige Chance, diesen zu entfliehen, schien ein Auftrag von Robert und Rosalind Lutece zu sein. Sie boten ihm an, sämtliche Schulden zu tilgen, würde er ein Mädchen namens Elizabeth finden und es nach New York bringen. Für diesen Auftrag fuhren die Luteces Booker zu einem Leuchtturm an der Küste Maines.
Den Anweisungen der Luteces folgend, nahm Booker in einer Kapsel Platz, die ihn nach Columbia trug. Einer 1893 von Zachary Comstock, Jeremiah Fink und Rosalind Lutece errichteten fliegenden Stadt. Columbia galt damals bei der Chicagoer Weltausstellung als das Aushängeschild amerikanischer Architektur. Obwohl Zeppeline, Gondeln und Sky-Lines für Transporte zwischen den bebauten Inseln sorgten, schwebte die Stadt selbst durch Quantenphysik. Oder genauer gesagt den von Rosalind Lutece entdeckten Lutece Partikeln. Sie hielten die Stadt auf konstanter Höhe in den Wolken, während Propeller sie manövrierten. Doch als Columbia während des Boxeraufstands von 1901 Peking zerstörte, distanzierte sich die US Regierung von der fliegenden Stadt. Seitdem züchtete Comstock Columbia und dessen Bevölkerung zur der seiner Meinung nach idealen Gesellschaft heran.
Genau ihn, Zachary Comstock, sollte Booker bei seinem Aufenthalt in Columbia nicht alarmieren. Eine Aufgabe, die ihm dank der unzähligen Schaulustigen der 10. Jahresfeier zur Abspaltung von den USA nicht schwer fiel. D.h. Bis Booker bei der Lotterie im Raffle Park den Baseball mit der Nummer 77 zog. Eine Nummer vor der ihn die Luteces ausdrücklich warnten. Es dauerte nur wenige Sekunden, bis der Veranstalter die AD Initialen auf seiner Hand erkannte. Narben, die sich Booker DeWitt selbst als Erinnerung zufügte. Aber Zachary Comstock ebenso als Erkennungszeichen des falschen Propheten vorausgesagte. Von diesem Augenblick an, machten Columbias Sicherheitskräfte Jagd auf Booker.
Ungeachtet dessen erreichte er Monument Island. Eine Insel mit einer gigantischen Engelsgleichen Statue in Elizabeth Ebenbild. Denn Comstock zur Folge, würde sie eines Tages die Welt von Sodomie reinigen. Bookers Erkundung des Statuen-Inneren, offenbarte ihm diese nicht nur als Elizabeth Wohnung und gleichzeitiges Gefängnis, sondern ebenso eine geheime Obeservationsstation der jungen Frau. Wie Booker schon bei Elizabeth Beobachtung durch den Spionspiegel des Esszimmers sah, konnte die Brünette aus dem Nichts Portale in andere Universen schaffen. Wegen eben dieser Fähigkeit sperrte Comstock sie dort ein. Denn zu Zeiten ihrer Kindheit, häufte sich das Erscheinen dieser Tears getauften Portale in ganz Columbia. Weshalb Rosalind Lutece eine Siphon-artige Maschine, im Fuß der Statue errichtete und damit Elizabeth Fähigkeiten absaugte.
Aber während Booker die Observationsanlage weiter erkundete, gab eine Bodenplatte unter ihm nach und er stürzte mitten in deren Wohnung. Ihre Bekanntmachung wurde bereits eine Minute später vom Songbird unterbrochen. Einem riesigen Vogel, der halb Mensch, halb Maschine war und der von Jeremiah Fink darauf indoktriniert wurde über die junge Frau zu wachen. Nun attackierte der Songbird mit seinen stählernen Krallen die Statue, während die beiden durch die Gänge hechteten. Erst auf dieser Flucht sah Elizabeth die andere Seite der Spiegel und erkannte das sie ihr Leben lang überwacht wurde.
Mit der jungen Frau im Schlepptau entkam Booker über eine der Sky-Lines, während der Brustkorb der Statue auseinander brach. Die herabstürzenden Trümmer verwüsteten Teile der Stadt und rissen die Sky-Line, an der das Paar hing, in zwei. Sie stürzten an die Strandpromenade von Battleship Bay.
Im Gewirr der Geschäfte und Spielhallen erspähte Booker Werbung für das First Lady’s Aerodrome. Columbias Anlegestelle der Zeppeline. Mit Elizabeth unzähligen Skizzen des Eiffelturms im Hinterkopf, überzeugte er die junge Frau, mit ihm einen Zeppelin zu kapern und darin nach Paris zu fliegen.
Auf dem Weg dorthin durchquerten die beiden Columbias Hall of Heroes. Ein Museum, das der Schlacht bei Wounded Knee gewidmet war. Doch statt Booker und seinem damaligen Kameraden Cornelius Slate zu preisen, beschrieb die Ausstellung Zachary Comstock als Kommandanten der 7. Kavallerie und somit Helden der Schlacht. So verwirrend das für Booker war, erwies sich die First Lady Ausstellung für Elizabeth. Sie beschrieb Lady Annabelle Comstocks wundersame 7-Tage-Schwangerschaft mit ihr. Wie Daisy Fitzroy, deren afroamerikanische Dienerin, Annabelle Comstock ermordete. Zachary Elizabeth zum Schutz vor den Attentätern auf Monument Island verbarrikadierte und jagt auf die Vox Populi machte. Eine von Daisy Fitzroy angeführte militante Untergrundbewegung der Arbeiterklasse, die sich gegen Columbias Gründer auflehnte.
Einige Minuten später stolperte Elizabeth über Cornelius Slates Spinnt und entdeckte darin das Tagebuch ihrer Mutter. Es schilderte die wahren Geschehnisse, die das Museum zuvor verdrehte. Sie, Annabelle, war gar nicht Elizabeth leibliche Mutter. Ihr Mann tauchte eines Tages mit dem Baby auf und zwang sie die kleine aufzuziehen. Doch weil Annabelle nichts mit dem Baby zu tun haben wollte, sperrte Zachary Comstock sie in die Statue.
Als Booker und Elizabeth den First Lady Zeppelin letztlich erreichten, legte er einen Kurs für New York statt Paris fest, um sie dort seinen Auftraggebern zu übergeben. Elizabeth hatte in den Jahren, eingesperrt im Turm, jedoch viel Zeit zum Lesen gehabt und dadurch auch einiges über Geographie gelernt. Sie verstand augenblicklich was vor sich ging und schlug Booker KO. Als er wieder zu sich kam, war die junge Dame verschwunden und die Vox Populi kommandierten den Zeppelin. Daisy Fitzroy bläute ihm ein, dass er ihnen Waffen beschaffen müsste, wenn er das Luftschiff zurück haben wollte. Dann warfen sie ihn über Bord.
