Obwohl Elizabeth ständig versuchte zu entfliehen und Booker unzählige Hindernisse in den Weg legte, gelang es dem Privatdetektiv sie nach einiger Zeit einzuholen und erneut zur Zusammenarbeit zu bewegen. Gemeinsam machten sie sich auf den Weg nach Finkton, dem Fabrikbezirk Columbias. Dort stellte der zweite große Erfinder der Stadt, Jeremiah Fink, nicht nur Waffen, sondern auch diverse Kraft-Tränke und mechanische Monster her. Eine Technik, die Fink insgeheim von Dr. Suchong aus einer Unterwasserstadt namens Rapture stahl. Denn einer der erschaffenen Tears, ließ Fink in dessen Labor blicken. Wodurch er Suchongs Konzept der Big Daddys zu seinen Songbird umfunktionierte und dessen ADAM basierende Plasmide mit einem Oxidationsmittel in seine Tränke verwandelte. Ähnlich großes Potential vermutete Fink in Booker. Weshalb er ihm beim Betreten des Bezirks einen Job als Sicherheitschef anbot und gleichzeitig diverser Tests in Form von Angriffswellen unterzog. Diese zurückschlagend bahnten Elizabeth und Booker sich einen Weg zum Good Times Club, in dessen Keller Fink den Waffenschmied Chen Lin verhörte. Bedauerlicherweise kamen sie zu spät. Chen Lin erlag längst der Folter. Doch gerade als Booker das Licht einschaltete und den Leichnam sah, erschienen Robert und Rosalind Lutece. Sie diskutierten am Beispiel einer Münze, dass Chen Lin nur in diesem Universum starb und in einem anderen leben mochte. Elizabeth öffnete augenblicklich einen Tear und gemeinsam beschritten sie ein solches alternatives Universum. In diesem zweiten Universum, lebte Chen Lin zwar, doch konfiszierten Finks Sicherheitskräfte dessen Maschinen. Weshalb das Duo in Finks Lagerhaus eindrang und nach ihnen suchte. Erst als sie diese fanden, realisierten sie, dass die Maschinen zu schwer und sperrig waren, um sie zu zweit hinaus zu tragen. Weshalb Elizabeth einen Tear in ein weiteres Universum öffnete. Sie folgerten, wenn die Maschinen in diesem dritten Universum nicht im Lager wären, müssten sie in Chen Lins Werkstatt stehen.
Ihre Theorie entpuppte sich als zutreffend. Bei ihrem Betreten des neuen Universums setzten Daisys Truppen längst die Waffen gegen Columbias Gründer ein. Doch diese Variation der fliegenden Stadt unterschied sich noch in vielerlei anderer Hinsichten von dem Erlebten. Dort war Elizabeth bei Bookers Befreiungsversuch nicht auf Monument Island gewesen. Woraufhin dieser Booker sich mit Cornelius Slate verbündete. Gemeinsam verstarben sie bei der Vernichtung von Comstocks falscher Gedächtnisstätte, der Hall of Heroes. Was Booker dort zu einem Märtyrer machte, den Daisy Fitzroy als Führungsfigur ihrer Bewegung benutzte. Entsprechend ließen die Vox Populi Truppen von Booker und Elizabeth ab. Doch als Daisy selbst Wind von Bookers Erscheinen bekam, stempelte sie ihn entweder als Hochstapler oder Geist ab. Erst Robert und Rosalind Lutece stimmten sie um. Die beiden Wissenschaftler überzeugten Daisy, dass einzig Elizabeth in der Lage wäre Comstock zu töten. Damit Elizabeth zu dieser Frau werden könne, müsse jedoch Fink als auch Daisy ihre Leben lassen. Trotz dieses gewaltigen Opfers lenkte Daisy ein. Als Booker und Elizabeth sie wenige Minuten darauf erreichten, richtete die Vox Populi Anführerin gerade Jeremiah Fink hin und bedrohte anschließend dessen Sohn. Booker lenkte die Afroamerikanerin ab, während Elizabeth durch einen Lüftungsschacht kroch und ihr von hinten eine Schere durch die Brust stieß. Wie von den Luteces prophezeit, veränderte diese Tat Elizabeth. Sie verkroch sich in der Kabine des Zeppelins, während Booker einen neuen Kurs setzte. Doch auch diese Reise erwies sich als äußerst kurz. Erneut behinderte Songbird ihre Flucht. Der gewaltige mechanische Vogel riss den Zeppelin aus der Luft und ließ ihn aufs Reichenviertel von Columbia stürzen.
Das nächste was Booker vernahm, waren die Stimmen von Rosalind und Robert Lutece. Sie spielten an einem Klavier die Angriffs-Melodie des Songbirds und spekulierten darüber, dass sowohl die richtige Melodie als auch Instrument nötig wären, um den Vogel zu kontrollieren.
Aus Tears in Rosalind Luteces Labor rekonstruierten Booker und Elizabeth anschließend weitere Fragmente der wahren Geschichte. Rosalind konstruierte eine Maschine, die sie mit Elizabeth abgesaugter Energie des Siphons selbst Tears erschaffen ließ. Durch diese Risse blickte Comstock in andere Variationen und Zeiten Columbias. Aber die ständige Observation ließ ihn rapide altern und steril werden. Weshalb er selbst keine Kinder zeugen konnte. Da ein fehlender Nachkomme in sämtlichen Zukunftsvariationen jedoch zum Untergang Columbias führte, stahl er zusammen mit Rosalind und Robert das Baby eines Parallel-Universums. Als Rosalind das später Lady Comstock verriet, weigerte sich diese, die Geschichte zu glauben und unterstellte Rosalind stattdessen eine Affäre mit ihrem Mann. Zachary Comstock versuchte daraufhin alles zu vertuschen. Er erwürgte seine eigene Frau und beschuldigte dann seine Dienerin Daisy Fitzroy den Mord begangen zu haben. Anschließend beauftragte er Erfinder Jeremiah Fink die Luteces zu ermorden und es wie einen Unfall aussehen zu lassen. Doch dessen Sabotage des Tear-Generators verstreute die Atome von Rosalind und Robert Lutece übers gesamte Multiversum. Wodurch die Zwillinge allgegenwärtig wurden.
Während Booker und Elizabeth sich auf Comstocks Anwesen zubewegten, überraschte sie erneut Songbird. Der riesige Vogel-Hybrid riss das Dach eines Gebäudes weg und ging auf Booker los. Erst Elizabeth gebrüllte Entschuldigung ließ ihn inne halten. Songbird griff sie mit einer seiner Krallen und flog davon. Booker jagte dem Monstrum nach. Aber sein Sprint über die Brücke verschlug den Privatdetektiv erneut in ein anderes Universum. Eine verschneite Zukunftsversion Columbias. Wie ihm die 92-jährige Elizabeth erklärte, holte sie ihn dorthin, um ihm zu zeigen, wie die Zukunft sich entfaltete, wenn er Songbird nicht bezwang und Elizabeth ohne Bookers Rettung weiterleben müsste. Über die Brüstung des Balkons blickend, sah Booker wie sich Comstocks Prophezeiung erfüllte und Columbia die Zerstörung der Welt brachte. Für diese Elizabeth kam jede Rettung zu spät. Aber sie gab Booker Anweisungen mit auf den Weg, wie ihr jüngeres Ich Songbird kontrollieren könne. Dann schleuderte sie ihn in einen Tear zurück ins Jahr 1912. Booker erschien gerade rechtzeitig, um Dr. Powells und Pettifogs Operation zu vereiteln. Denn sie versuchten ihr eine Apparatur zu Implementieren, welche die Nutzung ihrer quantenmechanischen Kräfte verhinderte. Das Grauen dieser Operation war der letzte Kick, den Elizabeth brauchte. Sie war dermaßen aufgebracht über Comstocks Taten, dass sie ihn eigenhändig umbringen wollte.
Auch wenn Booker das lieber selbst erledigen wollte, schlug er sich zusammen mit Elizabeth durch Armeen von Sicherheitskräften zu Comstocks Flaggschiff durch. Dort, in Comstocks Kabine, standen die drei sich endlich persönlich gegenüber. Comstock amüsierte die Situation ein wenig, da er zu verstehen glaubte, wie er Booker DeWitt besiegen könne. Er forderte den Privatdetektiv auf, Elizabeth zu erklären, wie ihr fehlender kleiner Finger zu Stande kam. Aber Booker wusste nicht wovon der alte Mann redete und hielt es deshalb für eine weitere Lüge. Wutentbrannt hämmerte er Comstocks Kopf gegen das Weihwasserbecken und ertränkte ihn letzten Endes darin. Elizabeth war von Bookers Reaktion wenig überzeugt und forderte zu wissen, was es mit dem Finger auf sich hatte. Booker, der weiterhin keine Erinnerung daran hatte, schlug vor, Monument Island und damit den Siphon gänzlich zu zerstören, damit Elizabeths Fähigkeiten-Dämpfer erlosch und sie die Antwort an einem anderen Ort oder Zeit suchen konnten.