Episode 1
Der Anzugträger erlebte Zeit nicht linear. Er manipulierte sie nach seinem Belieben. Doch besaß nicht nur er diese Gabe. Mit vereinten Kräften konterten die Vortigaunts seine vergangene Tat am Zitadellen-Reaktor und entrissen ihm den Freeman. Nicht nur das. Im selben Augenblick retteten sie ebenso Alyx Vance vor der todbringenden Explosionswelle und geleiteten beide zum Fuß der Zitadelle. In dieser veränderten Realität, suchte Alyx zwischenzeitlich nach Gordon, obwohl ihr Vater beteuerte, Gordon könne durch den Eingriff des Anzugträgers nicht gefunden werden. Dieser Annahme trotzend, grub Dog Gordon wenige Momente später aus den Trümmern. Weder Alyx noch er waren sich der Aktivitäten der Vortigaunts vollständig bewusst. Sie fanden sich schlichtweg am Fuße des Stahlkolosses wieder. Wie Eli Vance und Isaac Kleiner ihnen in den folgenden Minuten erläuterten, stand der Dunkle-Fusions-Reaktor da erst kurz vor der Explosion. Was sämtliches menschliches Leben in der Stadt auslöschen sollte. Dem Duo blieb, selbst mit einem der Züge, nicht ausreichend Zeit, der Explosionswelle zu entkommen. Ihre einzige Überlebenschance bestand darin, in die Zitadelle zurückzukehren, das eigentlich von Gordon zerstörte Eindämmungsfeld wieder zu errichten und damit die Kernschmelze zu verlangsamen. Abseits der Sicherung ihres eigenen Überlebens, würde das dem Widerstand zudem Zeit geben, die Bewohner City 17s zu evakuieren.
Dogs mathematischen Berechnungen folgend, katapultierte Alyx Robotergefährte Gordon und sie in einem alten Bully über den Abgrund zurück ins Innere der Zitadelle. Die unplanmäßige Achterbahnfahrt in die Tiefe, leitete das menschliche Heldenduo unabsichtlich ans entgegengesetzte Ende der imperialen Schaltzentrale. Dorthin wo die Notfalltransportkammern der Combine-Berater lagerten. Wodurch Alyx und Gordon bei ihrem erneuten Aufstieg erstmalig die psionischen Anführer des Combines aus nächster Nähe erblickten. Eine Fahrstuhlfahrt samt Trümmerregen später, erreichten die Beiden das Kontrollterminal des Reaktors. Zu Alyx Verwunderung manipulierte jemand vorsätzlich die Reaktorexplosion. Während Gordon sich um die Eindämmung des Reaktorkerns kümmerte, analysierte Alyx die Daten genauer. Jemand initiierte eine Kettenreaktion des Reaktors, um damit eine mächtige Datenübertragung ins andere Universum zu tätigen. Was implizierte, die Daten seien den Außerirdischen wichtiger als das Hauptquartier selbst. Für die Dekodierung blieb der jungen Frau nicht genügend Zeit. Weshalb sie das Übertragungspaket kurzerhand herunterlud.
Unabhängig von der Realitätsveränderung, floh Judith Mossman nach Gordons Befreiung mit einer Rettungskapsel aus der Zitadelle. Wochen zuvor gab sie lediglich vor, im Dienste des Combine zu stehen, um deren Ränge zu unterwandern. Durch diese Spionage stieß Judith auf den ungefähren Standort des schweren Eisbrechers Borealis. Oder besser gesagt, der Combine Suche nach diesem. Denn das einstiege Aperture Science Forschungsschiff ermöglichte, ähnlich dem Black Mesa Portal, Teleportation in andere Universen. Also eines möglichen Alternativübergangs des Combines zu uns. Judith grenzte die Suche am Nordpol zwischenzeitlich ein. Ihre Statusmeldung zum Fortschritt dieser fing das Combine jedoch ab. Genau diese abgefangene Botschaft entdeckte Alyx zufällig während ihrer Analyse. Ob Judith noch lebte oder mittlerweile den Combine Truppen unterlag, schien ungewiss. Doch rückten Combine Agenten eindeutig Richtung Borealis vor. Vor all dem musste das Duo den Widerstand warnen. Von Sicherheitskräften verfolgt, sprinteten sie zum unterirdischen Bahnhof der Zitadelle.
Dank der verzögerten Reaktorexplosion, schafften es nicht nur Alyx und Gordon aus City 17 heraus. Barney und unzähligen Zivilisten gelang ebenso die Flucht. Jedoch zählte der Zug des Heldenduos zu den letzten Flüchtenden. Auch wenn sie zunehmend Abstand gewannen, waren sie erst wenige Kilometer von der Zitadelle entfernt, als die Combine-Übertragung startete und der Metallkoloss detonierte. Unzählige Berater-Rettungskapseln schossen über sie hinweg, während sie die Explosion mitansahen. Bedauerlicherweise reichte die Geschwindigkeit ihres Zuges nicht aus. Die grelle Druckwelle erreichte die Wagons ausgerechnet, als sie auf eine Talbrücke zusteuerten. Gordon versank im weißen Licht, hörte Metall schleifen und dann brach der Boden unter seinen Füßen weg.