Tage zuvor, inmitten des Sturms der Zitadelle, verhandelte Dr. Breen mit dem Combine über seine Fortexistenz in der Hülle eines Beraters. Zwar verschwand dieses Wallace Breen Original bei der späteren Zitadellen-Sprengung. Doch sicherte das Combine eine frühere Version dessen Bewusstseins und transferierte dieses wirklich in solch eine Maden-artigen Hülle. Dieser entstellten Version Doktor Breens lieferten die Soldaten Alyx und Gordon bei ihrer Gefangennahme aus. Bereits zuvor in der Zitadelle, akzeptierte Dr. Breen diese Existenz nur im Angesicht des drohenden Todes. Obwohl er nun als Berater eine hohe Position in der Combine Hierarchie bekleidete, fand er in diesem grotesken Dasein keinerlei Lebenswillen. Zur Überraschung des Gefangenenduos wandte sich ihre Lage dadurch komplett. Wallace Breen flehte das Paar an, seinem Leben ein Ende zu setzen. Einen Wunsch, den Alyx strikt ablehnte. In ihren Augen verdiente dieser Mistkerl keinen schneller Tod. Schließlich wäre ihr Vater ohne seine Machenschaften noch am Leben. In einem Augenblick von Alyx Unaufmerksamkeit, gab Gordon jedoch nach und beendete die Existenz der Breen-Made.
Alyx Ablenkung entstand durch das Bild Judith Mossmans auf dem Bildschirm eines nahegelegenen Terminals. Wohingegen Gordon die Befreiung seiner einstigen Black Mesa Kollegin anstrebte, sann Alyx auf Rache. Denn sie machte Judith ebenso für den Tod ihres Vaters verantwortlich wie Breen. Ein Ereignis, von dem Judith bei den Anschuldigungen erstmalig hörte. Entsprechend erschüttert zeigte sich diese von den Neuigkeiten. Dennoch bot sie Alyx Paroli und beteuerte die gesamte Zeit im Auftrage Elis gehandelt zu haben. Ungeachtet der Ansichten beider, verfügte jedoch ausschließlich Judith über den Resonanzschlüssel. Ohne sie ließ sich die Borealis nicht auf unsere Existenzebene bringen.
Eine der abgelegenen Combine Forschungsstationen ansteuernd, rückte endlich der Miliz-Transport des Widerstands nach. Mit vereinten Kräften hielten sie die Combine Streitkräfte in Schach, während Judith mit Hilfe der exakten Frequenz die Borealis kurzzeitig stabilisierte. Lediglich Alyx, Judith und Gordon gelangten rechtzeitig auf den Eisbrecher. Dicht gefolgt von einem Trupp Combine Soldaten. Das Nachrücken ihrer eigenen Verstärkung unterband die Oszillation der Borealis bereits Sekunden später.
Die Wahrnehmung von Raum und Zeit verschwamm an Bord der Borealis. Von der Brücke aus sah Gordon sowohl das Trockendock bei der initialen Teleportation, als auch die gerade erst begonnenen Scharmützel des Widerstands an der arktischen Forschungsstation. Hinzu gesellten sich flüchtige Eindrücke von anderen Welten. Möglicherweise zukünftige Ereignisse. Aber vielleicht auch zurückliegende. Indes sich das Trio weiter durchs Schiff vorarbeitete, interpretierte Alyx einen sichtbaren Ort, als die Combine-Zentrale zur Invasion fremder Welten. Aber das Trio kämpfte nicht nur gegen die eingedrungenen Combine Truppen, sondern ebenso mit ihrem eigenen Verständnis der Geschehnisse. Die Borealis durchquerte paradoxe Zeitschleifen wie Seifenblasen, was es beinahe unmöglich machte einen klaren Gedanken zu fassen. Obendrein erschuf ihre bloße Anwesenheit zahllose Spiegelbilder ihrer Selbst an Bord des Schiffes. Der Eisbrecher glich dem Albtraum eines Geisterschiffs.
Abseits ihrer paradoxen Umstände, herrschte Uneinigkeit untereinander. Sollten sie das Schiff in der Arktis auf Grund laufen lassen und studieren? Oder es mit der gesamten Besatzung zerstören? Letztendlich argumentierte Judith dafür, die Borealis dem Widerstand zu liefern. Alyx schwor hingegen, den Willen ihres Vaters zu ehren. Sie beabsichtige, die Borealis auf Selbstzerstörung zu programmieren und geradewegs in die Invasionszentrale des Combines zu manövrieren. Es dauerte nicht lange, bis die Argumente in körperlicher Gewalt ausartete. Ein Handgemenge bei dem Alyx unterlag. Gerade als Judith im Begriff war, das Bootstrap-Gerät zu aktivieren und die Borealis ins Eis zu schicken, gab Alyx ihren Rachegelüsten nach. Sie erschoss Judith Mossman.
Auch für Gordon stand das Ziel damit felsenfest. Gemeinsam verwandelten sie die Borealis in ein interstellares Geschoss und steuerten es auf das Herz der Combine Kommandozentrale zu. Im Augenblick der vollendeten Kursdefinition fror die Zeit erneut ein. Wie bei zahlreichen markanten Ereignissen zuvor, betrat der Anzugträger die Szenerie. Aber dieses Mal rettete er nicht Gordon sondern Alyx Vance. Mit den Worten, sie hätten Dinge zu erledigen, verschwand Alyx mit der grau gekleideten Gestalt in einem temporären Durchgang. Alleine blieb Gordon auf dem todbringenden Geschoss zurück. Auf der finalen Fahrt der Borealis beobachtete Gordon, wie eine Dyson Sphäre die Energie eines Sterns einfing, den immense Umfang des des Combine Imperiums und schlussendlich wie die Borealis in deren Herz explodierte.
Ein Ereignis, welches Gordon ebenso zerrissen hätte, wären die Vortigaunts nicht erneut zur Tat geschritten. Wie Alyx Wochen zuvor, retten sie Gordon vom Schiff, gerade als das Feuerwerk losging.