Die Außerirdischen kidnappten dabei Eli Vance und Judith Mossman. Den Beobachtungen der Vortigaunts zur Folge, steuerte ihr Gefangenentransporter geradewegs Nova Prospekt an. Die ehemalige Gefängnisanlage, welche auch Gordon diesen Morgen unbeabsichtigt angesteuerte. Laut Alyx sollte er das jetzt vorsätzlich nachholen. Sie selbst kaperte einen der letzten aktiven Züge aus der Stadt. Mit besagtem Ziel stieg Gordon in einen Buggy des Widerstands und jagte die Küste entlang.
Als einstiges Gefängnis, verkörperte Nova Prospekt eine gut gesicherte Anlage. Doch ein Vortigaunt half dem Freeman die außerirdische Fauna des Küstenstrichs als Waffe zu missbrauchen. Denn tief unter dem Sand nisteten monströse Ameisenlöwen. Durch Erbeutung des Phäromonensacks einer derer Wächter, gelangte Gordon an einen indirekten Steuerungsmechanismus für diese angriffswütigen Insekten und überrannte damit die Verteidigung des Komplexes.
Alyx fasste zwischenzeitlich den Plan, ihren Vater und Judith im Wartebereich Nova Prospekts aufzuspüren, deren mobile Zellen zur Teleportationskammer zu schicken und sie von dort alle zusammen zurück in Dr. Kleiners Labor zu teleportieren. Die Modifikationen am Teleporter hielt Alyx für kein Problem und auch ihren Vater fand sie umgehend. Aber als sie dann Dr. Mossman an einem Terminal aufspürte, belauschten Gordon und sie zufällig eine Unterhaltung zwischen dieser und Administrator Breen. Gordons ehemalige Konkurrentin für die damalige Black Mesa Stelle und Alyx Rivalin bei sämtlichen Teleportationsstreiterein, entpuppte sich als Agentin der außerirdischen Besetzer! Zwar beschwerte Judith Mossman sich gegenüber Dr. Breens übergangen worden zu sein, doch steckte sie eindeutig hinter der Entführung. Alyx brannte bei den Worten eine Sicherung durch. Sie verriegelte sämtliche Türen von Judith Standort und stellte ihre ehemalige Kollegin zur Rede. Zunächst freute sich Judith über die Befreiung, erkannte dann jedoch den Ernst der Lage und behauptete das Gegenteil von allem. Alyx glaubte ihr kein Sterbenswort, nahm sie aber dennoch mit zum Teleporterraum Nova Prospekts. Judith Rede, dass sie Eli bloß zu schützen versuchte, ignorierte Alyx, während sie den Teleporter umprogrammierte. Dass bereits alles für eine Teleportation vorbereitet schien, machte die junge Frau zwar stutzig, doch begriff sie zu spät, was genau vor sich ging. Als ein Alarm los heulte und Alyx zu dem auslösenden Terminal hechtete, stieg Judith hinter ihrem Rücken ebenfalls in den Teleporter und verschwand samt Eli Vance.
Alyx versuchte ihr sofort nachzujagen. Aber entgegen ihrer eigenen Technologie, bedurften die Portale des Combines, dank eines sonderbaren Impulsgenerators, äußerst langer Ladepausen. Eine Zeitspanne, in der bereits Combine-Sicherheitstruppen einfielen. Unter schwerem Feuer der anrückenden Soldaten teleportierten Gordon und sie aus Nova Prospekt. Keine Sekunde zu spät. Denn im nächsten Augenblick explodierte der Teleporter und damit der Gefängniskomplex.
Ohne Empfangskomitee stieg das Duo in der nächsten Sekunde unbeschadet von Dr. Kleiners Teleporterplattform. Ob es damit zusammen hing, dass diese zum Zeitpunkt der Teleportation noch nicht wieder repariert war oder ob es schlicht an der Zerstörung der Gegenstelle lag, war unklar. Aber für den Rest der Welt, verging eine komplette Woche seit dem bombastischen Ende Nova Prospekts. Eine Woche, in welcher zahlreiche Einwohner eben diesen Schlag gegen das Combine als Signal für einen Aufstand nahmen und nun offen in den Straßen rebellierten. Da sie alle Gordon und Alyx für verschollen hielten, leitete Barney zwischenzeitlich einen Angriff auf Dr. Breens Zitadelle. Den Ort, an welchen Eli Vance laut den Vortigaunts landete.
Stider, haushohe dreibeinige Kreaturen mit schwerer Bewaffnung, säumten die Zitadelle. Doch gemeinsam gelang es Barney, Dog und Gordon durch diese Verteidigung zu brechen. Barneys Worte ignorierend, drosch der Roboter anschließend auf den Verteidigungswall ein, stemmte einen der Pfeiler in die Höhe und ermöglichte Gordon somit Zugang zum Komplex. Nachdem die automatischen Sicherheitsvorrichtungen der Zitadelle Gordon seiner Waffen beraubten, sah der Wissenschaftler den einzigen Weg zum Büro seines Widersachers in der eigenen Gefangenschaft. Ummantelt vom Stahl einer mobilen Zelle, steuerte Gordon so geradewegs Dr. Breens Schaltzentrale an. Während Judith ihn dort in Empfang nahm, lauschte Gordon bereits einem Streit zwischen Dr. Breen und Eli Vance. Der Administrator schwärmte schon seit einer Ewigkeit vom Aufstieg der Menschheit. Eine Mutation, die für Eli hingegen einem Völkermord gleich kam. In Bezug auf Judith Mossman schienen Hopfen und Malz jedoch noch nicht verloren. Entgegen Breens Ansichten versuchte sie Eli am Leben zu halten. Breen hielt das aber für unnütz, da Judith in seinen Augen dessen Forschungen hätte fortführen können. Elis einziger Nutzen bestand in seinen Augen darin, die Widerstandskämpfer zur Aufgabe zu überreden. Während Alyx ebenfalls gefangen in die Schaltzentrale gefahren kam, versuchte Dr. Breen Gordon zur neuen Führung dieser Rebellen zu überreden. Schließlich kam er ja gerade freiwillig als Gefangener zu ihm und demonstrierte so bereits seine Bereitschaft zur willenlosen Marionette. Für ungestörte Verhandlungen schickte Breen gerade die Vances weg, als es Judith offenbar reichte. Kurzentschlossen befreite die Gordon aus seinem Stahlmantel. Weitere Fluchtversuche unterbindend, griff Dr. Breen zur einzigen Waffe des Raumes, der Gravitationskanone. Die grelle Explosionswelle der Waffe fegte alle von den Beinen und ermöglichte Breen die Flucht aus seinem eigenen Büro.
Breen Richtung Portalkammer folgend, hörten Alyx und Gordon aus der Ferne, wie dieser mit dem Combine über seine Zukunft verhandelte. Offenbar entsprachen deren Vorstellungen jedoch nicht 100%ig den seinen. Nur in Angesicht der tödlichen Alternative in seinem Nacken akzeptierte Dr. Breen. In einen Fahrstuhl sprintend, entkam er dem Duo erneut. Um Breens Flucht ins andere Universum zu stoppen, versuchte Alyx den Reaktor der Zitadelle herunter zu fahren. Stellte jedoch schnell fest, dass der verrückte Admin dessen Steuerung ans andere Universum überstellte. Die einzige Chance ihn aufzuhalten, bestand darin, persönlich in die Reaktorkammer zu steigen. Ungeachtet der tödlichen Partikel, welche die Kammer im Augenblick der Teleportation fluten würden, stürmte Gordon in seinem Schutzanzug zum Reaktorkern. Mit seiner modifizierten Gravitationskanone schleuderte er so lange dunkle Partikel auf den Kern bis dieser nachgab. Dr. Breen entkam somit nicht. Jedoch eben sowenig Alyx und Gordon. Denn bevor sie fliehen konnten, explodierte der Reaktor der Zitadelle. Es wäre garantiert das Ende aller Beteiligten gewesen, hätte der Anzugträger nicht die Zeit angehalten. In der äußerst kurzen Zeitspanne seit seiner Ankunft in City 17, vollbrachte Gordon Freeman erneut wahre Wunder. Seine Arbeit hielten Einige für dermaßen beeindruckend, dass sie dem Anzugträger interessante Angebote machten. Deshalb extrahierte er den Wissenschaftler erneut und verabschiedete sich dann kurzerhand.