Per Jeep erreichte Indiana Jones Tage später vier Pyramiden in der Wüste Ägyptens. Volodikovs Worten zur Folge, die Indy bei seiner Flucht aufschnappte, sollte einer dieser begrabenen Könige ursprünglich aus Babylon stammen. Wie Indy beim Erkunden der spinnen-übersäten Pyramiden jedoch schnell bemerkte, waren die verwinkelten Pyramidenpassagen größtenteils Ablenkung. Es ging vielmehr darum, im Wüstensand verborgenen Anubis-Statuen mit den in den Pyramiden verborgenen Juwelen zu bestücken, um das tatsächliche Grab zu öffnen. Bedauerlicherweise rückten die Trucks seiner roten Kameraden nach, als Indy halb fertig war. Es dauerte nicht lange, bis sie auch ihn entdeckten. Aber der passionierte Peitschenschwinger fackelte nicht lange, lockte die Soldaten in die Minen unter den Pyramiden und nutzte sein bereits erlangtes Wissen, um ihre Loren geradewegs ins Verderben zu steuern. Die verbliebenen Soldaten stürmten ihm hinterher in König Nubs Gruft. Zu Indys Vorteil, sahen sie nicht, wie er kurz davor abbog. So liefen sie geradewegs in Nubs spektakulärste Falle. Eine Kammer mit einem Tesla-Transformator im Inneren. Die Sowjets leuchtete auf wie Glühwürmchen. Mit etwas Geschick gelang es Indiana Jones letztlich selbst die tödliche Falle zu umgehen und den Transformator seiner Energiequelle zu berauben. Einem Stabhandgranaten-ähnlichen leuchtendem Gerät, das scheinbar unbegrenzt Energie lieferte. Mit diesem Relikt Nubs gelang es dem Archäologen anschließend ein Geheimfach in Sarkophag des Königs zu öffnen und einen gewaltigen Rubin zu bergen.
Ganz so glorreich verlief sein Rückweg leider nicht. Indy arbeitete sich immer weiter an die Oberfläche vor. Doch für die finalen Meter fehlte ihm eine Leiter. Obwohl Agent Turner und Sophia umgehend zur Stelle waren, wollten sie ihm nur heraus helfen, wenn er ihnen zuvor die Relikte aushändigte. Den von hinten nachrückenden Volodnikov amüsierte es, dass Jones scheinbar seinen eigenen Leuten nicht traute. Auch er forderte die Relikte ein. Für die UdSSR versteht sich. Hin- und hergerissen entschied Indiana Jones sich für das scheinbar geringere Übel: die CIA. Auch wenn Sophia ihm tatsächlich die Strickleiter runter warf, ließ das Agentenduo ihn zurück. Doktor Volodnikov versuchte ihn mit dem Wissen zu beruhigen, dass sie höchstwahrscheinlich bei der Entweihung der Maschine von Marduk umgebracht würden.
Gennadi Volodnikov behielt Recht. Simon Turner konnte es gar nicht erwarten, das Aetherium im Namen Amerikas zu erschließen und wie er glaubte, damit die Demokratie zu retten. Indiana Jones hätte zunächst Forschungsgelder beantragt und viel Zeit damit verbracht, die Maschine zu studieren. Aber Turner nahm sie augenblicklich in Betrieb und das leider mit den meisten Relikten am falschen Ort. Ungeachtet dieses Fauxpas senkte sich eine bläuliche Kugel von der Maschine zu ihm und Sophia herab. Entgegen Volodnikovs Warnung, war der CIA Agent jedoch nicht völlig inkompetent. Denn er bestimmte Sophia als Botschafterin für die andere Dimension. Die Hellseherin spürte förmlich die finstere Macht auf der anderen Seite und weigerte sich in die dargebotene Kugel zu steigen. Was Agent Turner aber keineswegs von seinem Plan abbrachte. Beherzt stieß er seine spirituell begabte Partnerin in die vor ihr schwebende Kugel. Das konnte Indiana nicht mitansehen. Mit Worten versuchte er Turner zu überzeugen, die Maschine wieder abzuschalten. Als das nicht half und es zum Duell kam, erschoss der Archäologe den Geheimagenten.
Hektisch versuchte Indy seine Freundin aus ihrem übernatürlichen Gefängnis zu befreien. Die einzige Lösung schien in der Reparatur infernalischen Maschine zu liegen. Doch genau in dem Moment, als ihm das gelang, erschien ein Abbild Marduks, öffnete den Übergang zum Aetherium und sog Sophia ins Portal. Zeitgleich mit ihrem Hilfeschrei erbebte das Bauwerk, riss Indy von seinen Beinen und ließ ihn hinter der Kugel her ebenfalls ins Portal stürzen.
Das Aetherium glich einer gigantischen dunkelblauen Maschine, durch die weiße Energien tobten. Zu Indiana Jones erstaunen, glitt er schwimmend durch diese Materie, hatte jedoch keinerlei Probleme in dickflüssig erscheinenden Umgebung zu atmen. Bereits der erste Tunnel belohnte ihn mit einem königlichem Zepter, das Übergänge zurück zur Erde öffnete. Die beflügelte geisterhafte Gestalt Marduks ließ jedoch nicht lange auf sich warten. Schnell lernte der Archäologe, den Energiegeschossen der angeblich göttlichen Kreatur nicht gewachsen zu sein. So ergriff Indy beinahe augenblicklich die Flucht. Geradewegs in ein Portal zurück zum Sonnentempel. Bewaffnet mit dem Spiegel, der ihm einst Zutritt zum Olmeken Tal gewährte, stellte sich der Peitschenschwinger erneut Marduks Angriffen. Es bedurfte nur weniger Salven, bis der Spiegel eines der Geschosse zurück auf seinen Verursacher reflektierte und Marduk geschlagen die Flucht ergriff. Zu Indiana Jones Vorteil, ließ die geisterhafte Erscheinung dabei ihren energiegeladenen Edelstein zurück, mit dem die Geschosse offenbar in Verbindung standen. Diesen an seine Peitsche bindend, funktionierte der Archäologe sein meistbenutztes Utensil zu einer tödlichen Waffe um. Auf der Suche nach dem fliehenden Marduk öffnete Indiana ein Portal nach dem anderen und ließ so langsam die übernatürliche Dimensionen verblassen. Geschwächt von Indianas Angriffen, suchte Marduk Schutz in dem letzten Rückzugsort, der ihm blieb: Sophias Körper. Ungeachtet seiner früheren Liebe zu der rothaarigen Schönheit, sah Indy keine Möglichkeit als die Offensive. Als der mittlerweile einem Greifvogel gleichende Marduk zu einem Sturzflug ansetzte, schlug Indy mit seiner energiegeladenen Peitsche zu. In einem Feuerwerk aus violetter Energie fiel die gefiederte Gestalt zu Boden, explodierte in einem gleißenden Licht und gab Sophias bezaubernden Körper frei. Erfreut über die gelungene Rettung fiel sich das Paar in die Arme.
Eine Versöhnung, die schnell vom bebenden Aetherium unterbrochen wurde. Der Tod Marduks gab der Dimension, Maschine oder was immer es auch war, den Rest. Die übernatürliche Welt verschwand gänzlich und zurück blieb die kollabierende Höhle tief unter der babylonischen Ruine. Nur um Haaresbreite schafften Sophia und Indiana es zurück an die Oberfläche. Wo sie augenblicklich Gennadi Volodnikov in die Arme liefen. Entgegen ihrer vorherigen Begegnungen jedoch allein und deutlich freundlicher gesinnt. Da die sozialistische Lehre Existenzen von übernatürlichen Kräften ablehnte, war es für Volodnikov nur von Vorteil, keinen Gott gefunden zu haben. Beflügelt von sozialistischem Vodka schloss das Trio Frieden und schritt gemeinsam in den Sonnenuntergang.