Alyx suchte Wagon für Wagon nach ihrem Vater ab. Doch seine Gefängniszelle war leer. Verzweifelt arbeitete sie sich weiter durchs Metalldickicht unter dem Zug. Endlich hörte sie die vertraute Stimme ihres Vaters. Er baumelte an zwei Seilen über einem schier endlos tiefen Abgrund. Hoffnungsvoll streckte sie ihre Hand aus. Aber Eli war mehrere Meter weit entfernt. Einen Moment später riss das Seil. Eli stürzte in die Tiefe. Alyx schrie! Sie fürchtete, ihren Vater verloren zu haben. Aber dann geschah etwas unglaubliches. Der Abgrund leuchtete grün. Ihr Vortigaunt-Helfer stand auf einer nahegelegenen Plattform und hob Eli, mit seinen telekinetischen Kräften, zu sich empor.
Bevor Eli in die Sicherheit seines Verstecks zurückkehrte, rief er Alyx zu, das Ding, was er gefunden hatte, sie eine Art Superwaffe. Doch nun, wo das Combine wusste, dass sein Aufbewahrungsort aufgeflogen war, würden sie es noch diese Nacht verlegen. Alyx musste sich sofort auf den Weg dorthin machen und die Waffe bergen. Ihr Vater versprach, in der Zwischenzeit weitere Informationen des gefunden Combine Datapods zu entschlüsseln.
Als Alyx das Northern Star Hotel erreichte, ging ihr auf, was der Vortigaunt meinte. Das Combine hatte das Gebäude zu einem von neun Kraftwerken umfunktioniert, die ihr Ziel, die Waffen-Stahlkammer, mit Energie speisten. Sie arbeitete sich mühselig, Etage für Etage das Hotel empor, bis sie den Generator erreichte. Aber auf den ersten Blick schien es keine Möglichkeit der Abschaltung zu geben. Alyx entschied sich, die Spulen der Kabel zu zerschießen. Mit der fünften Sprengung öffnete sich ein Container im Inneren der Einrichtung. Zu Alyx Überraschung, stieg ein Vortigaunt daraus hervor. Das Combine saugte den Außerirdischen offenbar die ihre Kräfte aus, um ihre Geheimwaffe unter Verschluss zu halten.
Der befreite Vortigaunt dankte Alyx. Weitere Befreiungen wären nicht nötig. Er würde sich von nun an darum kümmern die anderen Versorgungsstationen zu zerstören.
Minuten später, während die Vortigaunts gerade die dritte Verbindung gesprengten, entschlüsselte Eli erste Informationen des Datapods. Er war sich unsicher, dass es sich wirklich um eine Waffe handelte. Zumindest keine, die das Combine gebaut hatte. Deren Aufzeichnungen deuteten eher daraufhin, dass sie etwas gefunden hatten. Sie verfolgten das Etwas bis zu einem alten Apartmentgebäude in der Quarantänezone und zäunten es dort ein. Das gesamte metallische Konstrukt, was jetzt über der QZ schwebte, schien einzig und allein errichtet worden zu sein, um etwas darin einzufangen. Die Frage, die sich den Vances in dem Moment stellten, war, ob sie sich ebenso vor der Waffe fürchten sollten, wie das Combine?
Alyx hatte das Gefängnis beinahe erreicht. Sie arbeitete sich bereits in dem angrenzenden Haus empor, als sie die Befehle einer Combine Kommandantin vernahm. Per Funk faltete sie einige scheinbar unnütze Untergebene zusammen, weil das Gefängnis nur noch vom Notfall-Backup der Schutzvorrichtung gehalten wurde. Sie drängte darauf, die „Box“ umgehend zu verlagern oder der gesamte Black Mesa Zwischenfall würde sich wiederholen. Ihre nächsten Worte waren: der Kerl, den wir da drin haben, hat Black Mesa überlebt! Er hat die Hölle ausbrechen lassen und dann verschwand er einfach.
Eli wurde umgehend klar, dass sie Gordon Freeman in dem Metallkonstrukt eingefangen hatten. Alyx wusste nicht, wer Gordon war, aber Russel und Eli füllten ihren Kopf mit Geschichten darüber, wie er, allein mit einer Brechstange bewaffnet, die gesamten Xen Aliens von Black Mesa vernichtet hatte.
Erwartungsvoll griff Alyx zu den grün leuchtenden Kabeln von Gordons Gefängnis. Das Kraftfeld des Käfigs zerbarst. Der Mann im dunkelblauen Anzug, blieb ihr abgewandt. Er griff zu seinem Koffer, öffnete eine Tür in eine andere Dimension und gratulierte ihr zur eindrucksvollen Arbeit. Vorsichtig fragte Alyx: Gordon … Freeman? Die Gestalt reagierte mit einem Schmunzeln. Es war nicht Gordon, den das Combine gefangen hielt sondern der Anzugträger mit seinen übernatürlichen Kräften. Er hielt es nicht für wichtig zu erklären was oder wer er war. Aber wie Gordon bot er auch Alyx eine Gegenleistung für ihren beschwerlichen Weg an.
Seine Auftraggeber hatten ihn autorisiert, von Zeit zu Zeit Dingen einen Stups zu geben. So fragte er Alyx, was sie gerne angestupst hätte? Der Wunsch, das Combine von der Erde verschwinden zu lassen, war seiner Meinung nach ein zu extremer „Stups“. Doch der Anzugträger bot ihr etwas anderes an. Etwas, wo von sie noch nicht wusste, dass sie es wollen würde. Er zeigte Alyx, wie sie Jahre später schluchzend über dem toten Körper ihres Vaters trauerte. Sein Angebot war, Alyx die Chance zu geben, ihn retten zu dürfen. Alles was sie dafür machen musste, war Gordon Freeman als seine Angestellte zu ersetzen.
