Auf seinem Weg zum Lambda Abschnitt, entdeckte Gordon, warum der Wissenschaftler so überzeugt gewesen war, dass das Lambda Team helfen konnte. In einem, ihm gänzlich unbekannten, Abschnitt der Anlage fand Gordon Aufbewahrungsbehälter mit Aliens, halb sezierte Augenhunde und sogar das blutige Ende einer Alien-Atopsie. Das Lambda Team hatte offenbar bereits seit Monaten oder gar Jahren Kontakt mit den Aliens gehabt. Drei Team-Mitglieder waren am anderen Ende des Autopsie-Raums eingeschlossen. Sie hatten keine Chance, der Anlage selbst lebend zu entkommen. Gordon war ihre einzige Möglichkeit der Rettung. Er feuerte einen experimentellen Laser auf die Rückseite des Raumes ab, um sich so durch die Wand zu schneiden. Zum Dank für Gordons Eskorte zur Lobby an der Oberfläche, benachrichtigte das Trio ihre Kollegen im Lambda Kern, ihm einen Weg zu ebnen.
Der Lambda Kern offenbarte Gordon Freeman wenige Minuten später welche Art von Forschung in der Black Mesa Einrichtung tatsächlich betrieben wurde. Seine Wissenschaftskollegen hatten mit Teleportertechnologie experimentiert. Diese ermöglichte ihnen nicht nur die Reise an andere Punkte der Erde, sondern ebenso eine andere Welt. Oder besser gesagt, eine andere Existenzebene. Diese Xen getaufte Grenzwelt sah nicht nur atemberaubend gut aus, sondern verband ebenso mehrere Dimensionen miteinander. Lambda Wissenschaftler waren regelmäßig nach Xen gereist, hatten sogar eine kleine Basis dort errichtet und ständig Proben der Flora sowie Fauna zur Erde gebracht. Doch dann drehten die Aliens den Spieß plötzlich um. Sie fingen an Lambda Wissenschaftler und Sicherheitskräfte zu kidnappen. Seit der Entstehung der Resonanzkaskade existierte ein permanentes Portal zur Erde, was von Xen Seite aufrecht gehalten wurde. Da Gordon die einzige Person zu sein schien, die den Aliens Paroli bot, schickten seine Lambda-Kollegen ihn nach Xen. Damit er dieses gewaltige Wesen aufspüren und vernichten würde. Ausgerüstet mit dem besten militärischen Equipment der Erde und Alien-Technologie sprang Gordon Freeman durch den Teleporter in die Grenzwelt.
Die Vortigaunts, jene dreiarmige humanoide Kreaturen, die Gordon u.a. im Black Mesa Komplex attackiert hatten, waren zugleich Sklaven als auch Flüchtlinge. Ihr Heimatplanet, oder besser gesagt der Planet der Nihilanthen, war Jahre zuvor vom Combine vernichtet worden. Ein interunviersales Imperium, welches weiterhin Jagd auf sie und viele andere Völker machte. Die gigantische Kreatur, die das Portal zur Erde aufrecht erhielt, war der einzige Überlebende Nihilant des Krieges gewesen. Er entsandte seine Sklaven zur Erde.
Entsprechend verhielten sich einige der Vortigaunt-Sklaven, denen Gordon auf Xen begegnete, ihm gegenüber nicht feindselig. Sie halfen ihm teilweise sogar seine Teleportationssprünge in Richtung Nihilant fortzusetzen. Einer der Sprünge verschlug Freeman in Gonarchs Höhle. Das Spinnenartige Monstrum war offenbar die letzte Lebensphase der winzigen Kopfkrabben, welche die Black Mesa Truppen in Windeseile übermannt hatten. Gordons Sieg über den Gonarch verschlug ihn in die Klon-Fabrik Xens. Dort kamen die metallisch gepanzerten Aliens mit ihrem Biowaffenarm her, die Gordon u.a. in den Tanks des Lambda Labors entdeckt hatte.
Der letzte Sprung, beförderte Gordon endlich zum Embryo-artig aussehenden Nihilant, der ihn seit seinem Eintreffen auf Xen telepatisch verspottet hatte. Nachdem es Gordon gelungen war, das Heilungssystem des riesigen Außerirdischen zu zerstören, ging auch der Nihilant selbst zu Boden. Oder genauer gesagt, trieb er in Richtung Decke. Der zermarternde Schrei der Kreatur war Kilometerweit zu hören. Sein Tod entlud sich in einer gewaltigen Explosion, die die gesamte Insel des Nihilants zerriss. Gordon überlebte lediglich, weil der Anzugträger ihn fortteleportierte und die Zeit anhielt. Er hatte Gordon sämtlicher Waffen beraubt, ließ ihm jedoch seinen Schutzanzug. Der G-Man bedankte sich dafür, dass Gordon geholfen hatte die Grenzwelt unter die Kontrolle seiner Arbeitgeber zu bringen.
Wer oder was auch immer diese waren. Sie sahen offenbar großes Potential in Gordon Freeman. Weshalb der G-Man ihm nun einen Job anbot. An Bord der imaginären Rekonstruktion des typischen U-Bahn-Wagons öffnete der G-Man ein pulsierendes Portal. Gordons finaler Schritt ins Portal besiegelte seine neue Anstellung.