Da die ersten beiden Thief Spiele lediglich für Windows erschienen waren, entfernte Ion Storm für den Xbox Release die 3 aus dem Titel des Spiels, weil sie fürchteten, sie würde Spieler vom Kauf abhalten. Als Thief: Deadly Shadows am 25. Mai 2004 erschien, bekam es durchweg positive Reviews im 85% Bereich. Bedauerlicherweise entsprachen die Verkaufszahlen jedoch nicht Eidos damaligen Vorstellungen. Weshalb Ion Storms Nachfolger „Thief 4: Dagger of Ways“ nicht über die Konzeptionsphase hinaus kam.
Thief 4 wäre ein neuer Schritt für die Reihe gewesen, der Garrett in eine moderne düstere Erde versetzt hätte. Eine Mischung aus amerikanischen Städten wie New York, Boston und Los Angeles. Eine dunkle aber zugleich farbenfrohe Welt, in welcher Garrett von Häuserdächern korrupten Senatoren aufgelauert hätte. Der namengebende Dagger of Ways sollte eine übernatürliche Waffe sein, die es Garrett in Geisterform ermöglichte Gegenden auszukundschaften und sogar trickreiche Abschnitte zu überwinden.
Zeitgleich schrieb Warren Spector einen Deus Ex Vorgänger. Bei seiner Konzeption des ersten Spiels plante er die Serie bereits als Trilogie. Doch von seiner eigentlichen Geschichtsidee war nichts in Invisible War gelandet. Das sollte sich mit Deus Ex: Insurrection ändern. In dem Vorgängerspiel zu Deus Ex sollte der Spieler J.C. Dentons Vater verkörpern. Parallel dazu arbeitete Ion Storm an Deus Ex 3, was ein Open-World-Game in New Orleans mit verzweigter Geschichte werden sollte. Beide Projekte kamen jedoch nie über die Pre-Production hinaus. Da sowohl Warren als auch Harvey und kurz darauf das gesamte Entwicklerteam Ion Storm verließen, als Eidos im Sommer 2004 in finanzielle Schwierigkeiten geriet. Der britische Publisher machte in der zweiten Jahreshälfte einen Verlust von 38,5 Millionen Dollar. Was sie an den Rande des Bankrots trieb. Das Resultat war die Schließung des zweiten und letzten Ion Storm Studios.
Eidos Interactive selbst wurde im März 2005 durch U2 Sänger Bono sowie EA’s ehemaligem Vorsitzenden John Riccitiello und dessen Firma Elevation Partners LP gerettet. Das parallel bei Crystal Dynamics entwickelte, auf Mehrspieler ausgelegte Deus Ex: Clan Wars verwandelte Eidos, nach der ihrer Meinung nach schlechten finanziellen Performance von Invisible War, in Project Snowblind um. Was 2005 das Ende der Deus Ex Reihe zu sein schien. Nachdem Eidos bei ihrem zweiten beinahe-Bankrott 2009 von Square Enix aufgekauft wurde, ging jedoch durch ein komplett neues Team bei Eidos Montréal Deus Ex: Human Revolution in Produktion. Was es auf PC und Konsole wieder auf durchgängig 90% Wertungen schaffte und 2016 zum fünften Deus Ex Spiel Mankind Divided führte. Eidos Montreal belebte 2014 ebenso die Thief Reihe wieder. Die Handlung, des einfach wieder mit „Thief“ betitelten vierten Spiels, hatte jedoch keinerlei Bezug zu Ion Storms Version.
Teile von Ion Storms Thief 4 Konzept waren hingegen 2012 in Arkane Studios Dishonored zu finden, wo Harvey Smith nach Ion Storms Schließung neben Gründer Raphaël Colantonio als Co-Creative Director tätig war. Seit sich Raphael im Juni 2017 zur Ruhe gesetzt hat, leitet Harvey die Arkane Studios, welche neben Dishonored 2 auch das durchaus Deus Ex ähnliche Sci-Fi Abenteuer Prey herausbrachten.
Randy Smith, der Thief 3 Projektleiter stand 2006 ebenfalls den Arkane Studios als Design Consulter bei deren zweitem Spiel, Dark Messiah of Might and Magic, zur Seite. Anschließend führte seine Zusammenarbeit bei Electronic Arts und Arkanes Gemeinschaftsprojekt mit Steven Spielberg LMNO weiter und gründete danach sein eigenes Studio Tiger Style. Ihre Action-Puzzle-Games für Mobile Geräte fokussieren sich überwiegend auf Spinnen.
Warren Spector gründete in direkter Folge seines Ion Storm Abschieds die Junction Point Studios in Austin. Genau wie die Arkane Studios mit „Return to Ravenholm“, arbeiteten die Junction Point Studios ebenfalls an einer unveröffentlichten Half-Life 2 Episode für Valve. Die Episode hätte eine Magnet Gun eingeschlossen und sich überwiegend auf die Magnetismus-Forschung bezogen. Warren war zeitgleich jedoch ebenfalls in Verhandlungen mit Disney über ein Mickey Mouse Spiel. Die Disney Interactive Studios kauften Junction Point letztlich und Warren entwicklte bis 2012 zwei Epic Mickey Plattformer für die Nintendo Wii. Anschließend lehrte er Game Design an der University of Texas in Austin. Erst im vergangenen Jahr kehrte Warren Spector zum Spiele-Design zurück und arbeitet nun für Otherside Entertainment an System Shock 3.