Halb verhungert durchs Weltall treibend, las ein EarthGov Schiff Isaac Clarke einige Tage nach der Aegis VII Vernichtung auf. Isaac war nicht nur der einzige Überlebende der Katastrophe gewesen, sondern ebenso einer der wenigen Menschen, zu denen der rote Marker sprach. In Gestalt seiner verstorbenen Freundin, Nicole Brennan, hatte der Marker Isaac ein Geschenk gemacht: ein mentaler Bauplan des Markers hatte sich in sein Gehirn gebrannt. EarthGov sah darin eine Chance: Die Wiederbelebung ihres Marker-Programms.
Sich seiner eigenen Handlung unbewusst, erschuf Isaac auf Titan-Station mit Nolan Stross Unterstützung einen neuen roten Marker. Der zweitgrößte Mond des Saturns war zig Jahre zuvor der Austragungsort des ersten Planet-Cracks gewesen. Titan-Station zeugte von dem gelungenen Unternehmen, indem sich die Station auf einem Fragment des einstiegen Mondes erhob. Die Folgen der Aegis VII Katastrophe trug CEC auf den Rücken der Titan-Minenarbeiter aus. Ihre Quartalsverluste führten zu Arbeitslosigkeit auf der überwiegend Konzern-betriebenen Station.
2511, drei Jahre nach der Bergung von Isaacs Shuttle, nahm das Desaster erneut seinen Lauf. Necromorphs überrannten die Titan-Sicherheit. Die erste Welle Flüchtlinge, angeführt von Ingenieur Franco Delille rettete sich ins Titan Memorial Medical Center. In dessen Psychiatrie-Flügel Franco Isaac entdeckte und von seinen Fesseln befreite. Der Schock eines Franco-zerfetzenden-Necromorphs ließ Isaac die Drogen abschütteln und zwang ihn zur Flucht. Unbewaffnet und in Zwangsjacke, quer durch Massen von wütenden Necromorphs.
Zwei Stimmen führten Isaac aus dem Chaos. Der stetig verrückter klingende Nolan Stross und Daina Le Guin. Stross war ein weiteres Konzern-Opfer. Ein Wissenschaftsoffizier, der nach Isaacs Bergung an Bord der USG O’Bannon Aegis VII untersucht hatte und besessen von einem Marker-Fragment wurde. Ein Umstand, der Nolan in den Augen des Konzerns ebenso wertvoll wie Isaac für die Marker-Rekonstruktion machte.
Für den Moment entschied sich Isaac seinen ehemaligen Zellennachbarn zu ignorieren. Seine beste Chance, der Hölle Titan-Stations zu entkommen, lag seiner Meinung nach, in der Stimme, die Franco zu ihm geleitet hatte. Doch Dainas Worte führten Isaac geradewegs in die Tiefen der Church of Unitology. Der größten religiösen Bewegung des 26. Jahrhunderts.
Anhänger der Church of Unitology betrachteten den Marker als Beweis, dass menschliches Leben abseits der Erde entstanden war. Michael Altmans Fund, dreihundert Jahre zuvor, hatte die religiöse Bewegung ins Leben gerufen. Zu der Zeit verloren die Menschen das Vertrauen in die alten Glaubensrichtungen und der Gedanke, einer Religion von den Sternen, wirkte auf viele ansprechend. Ihr Glaube wuchs, als ihr Prophet Michael Altman, einer der wenigen Menschen, die die Stimme des Markers vernahmen, unter mysteriösen Umständen ums Leben kam. Tatsächlich hatte ihn das EarthGov Regime mit einem Löffel bewaffnet zusammen mit drei Necromorphs in einen Raum gesperrt. Weil Altman ihre wahren Pläne, den schwarzen Marker als Waffe einzusetzen, Publik gemacht hatte. Es war ebenfalls eine Splittergruppe der Erdregierung, die Unitology ins Leben gerufen hatte. Diese geheimen Führer waren überzeugt, dass die Kreaturen, die der Marker erschuf, die nächste Stufe der menschlichen Evolution repräsentierte. So kreierten sie eine Religion, die Konvergenz zum Ziel hatte. Unbewusst, was sich wirklich hinter dem Begriff verbarg, hielten die Anhänger der Church of Unilology ihren Körper rein. In der Hoffnung eines Tages wiedergeboren zu werden. Doch Konvergenz beschrieb nichts anderes als Massensuizid, um Nährboden für Necromorphs zu schaffen. Welche die Unitology Führer in der Tat als nächsten Schritt der Evolution ansahen.
Als Isaac die Church of Unitology erreichte, wurden auch ihm die Augen geöffnet. Daina schilderte ihm sein Werk der vergangenen drei Jahre, während Kirchenanhängern ihn festsetzten, um weitere rote Marker für die Kirche zu konstruieren. Der anhaltende Machtkampf um Isaacs Wissen brachte jedoch ein jähes Ende für Dainas Plan. Der Angriff eines EarthGov Gunships streckte sie nieder und ermöglichte Isaac erneut die Flucht.
Fortan den Funksprüchen seines zweiten Verbündeten, Nolan Stross, folgend, schlug sich Isaac durch den Regierungssektor Titan-Stations, mit dem Ziel, den von ihm gebauten roten Marker zu vernichten. Eher zufällig stieß er dabei auf Ellie Langford, eine CEC Offizierin, die genau wie er ums blanke Überleben kämpfte. Sie willigte ein, Nolan zu beaufsichtigen, dessen geistiger Zustand immer weiter abnahm, seitdem Isaac ihn aufgelesen hatte. Übermannt von Halluzinationen seiner toten Frau und Tochter, stach Nolan Ellie ein Auge aus. Bevor er mit dem selben Schraubendreher auf Isaac losging. Doch der Technik-Spezialist kam Nolan zuvor und erledigte ihn.
Dem Marker näher rückend, plagten Isaac erneut Visionen seiner verstorbenen Freundin Nicole. Dieses Mal jedoch besessen davon, ihn von der Zerstörung des Markers abzubringen. Isaac kam zu dem Schluss, dass es seine Bestimmung war, sich zu opfern, um den Marker aufzuhalten. Was Nicoles Vision freundlich und unterstützend werden lies. Mit dem Versprechen, den vom Marker blockierten Teil seiner Erinnerungen freizuschalten, geleitete Nicole Isaac zum Titan Marker. Als Isaac ihn letztlich erreichte, saugte Nicoles Vision ihn in seinen eigenen Verstand. Dort trat Isaac seiner einstiegen Freundin und dem Marker-infizierten Teil seines Gehirns gegenüber. In diesem Showdown vernichtete Isaac Nicoles Vision und reinigte dadurch seinen Verstand von sämtlichen Spuren des Markers. Sein Schicksal akzeptierend, gemeinsam mit dem roten Marker und der Titan-Station unterzugehen, sackte Isaac auf dem Boden zusammen.
Einen Augenblick später, krachte Ellie mit einem Gunship durch die Decke, lass Isaac auf und gemeinsam entkamen sie der Auslöschung von Titan-Station.
