Nach Jahren im Dienst von Shinra ließ Cloud Strife sein Leben als Soldat zurück. Schon in jungen Jahren schrieb er sich bei Shinra ein, um seiner damaligen Jugendliebe, Tifa Lockhart, zu imponieren. Shinras Elitekämpfer-Programm, Soldier, hatte seinen Körper mit Mako sowie Jenova genetisch aufgewertet und ihn so zu einer übermenschlich starken und ebenso schnellen Kampfmaschine gemacht. Jetzt waren sie beide in Midgar, der Hauptstadt Gaias, wieder aufeinander getroffen. Tifa heuerte Cloud an, damit er Avalanche bei der Sprengung der Mako Reaktoren Midgars unterstützte. Die Shinra Electric Power Company erzeugte bereits seit über vierzig Jahren Strom in diesen Reaktoren. Aber Teile der Bevölkerung, wie die Öko-Terroristen-Gruppe Avalanche, sahen den Prozess als Raubbau am Planeten an. Denn ungeachtet des Lebensstandards, den die Mako Reaktoren mit sich brachten, wandelten sie den Lebensstrom des Planeten in Mako Energie und Materia um.
Jessie, die Technikexpertin des Teams, sorgte für Zugangscodes und auch die Bombe selbst. Barret drückte sie Cloud zur Initiierung in die Hand. Cloud hatte den Sprengsatz gerade montiert, als ein Scorpion Sentinel Droide sie überraschte. Die Schlacht startete den Timer verfrüht. Der Avalanche Gruppe blieben nur wenige Minuten aus dem Reaktor zu entkommen. Sie schafften es in die Sicherheit eines alten Verbindungstunnels, als der Reaktor hochging.
Aber irgendetwas stimmte nicht. Die Explosion richtete deutlich mehr Schaden an, als Avalanche es beabsichtigte. Sie setzte Abschnitte von Sektor 8 in Brandt und verseuchte ihn mit giftiger Mako-Strahlung. Die Öko-Terroristen standen ungläubig da. Jessie machte sich die meisten Vorwürfe, konnte jedoch nicht erklären was schief gelaufen war. Tatsächlich war es Präsident Shinra gewesen, der die Verteidigungssysteme auf den Reaktor hatte feuern lassen und dadurch die übermäßige Verwüstung auslöste. Aber das war zu dem Zeitpunkt noch keinem von Avalanche klar.
Als Cloud alleine durch den einstürzenden Sektor lief und ins Feuer eines Gebäudes starrte, holten ihn seine Kriegserinnerungen ein. Ihm erschien die Gestalt Sephiroths, seinem Jugend-Idol und Kameraden, den er glaubte in Nibelheim getötet zu haben. Sephiroth hielt ihm seinen bittersten Moment vor Augen. Bilder seines brennenden Elternhauses und Cloud hilflos davor am Boden liegend. Cloud ging auf das Trugbild seines Kameraden los, zerteilte mit seinem Schwert jedoch nur Luft. Er tat die Illusion als einen Effekt der Mako Dämpfe ab und machte sich auf zum Zug, der ihn aus dem Sektor bringen sollte.
Auf seinem Weg die Straße hinab, erhaschte sein Blick eine Blumenverkäuferin. Sie tanzte wild umher. Nicht aus Freude, sondern weil sie etwas unsichtbares zu umkreisen schien. Seine Kriegserinnerungen holten Cloud für einen Augenblick erneut ein. Sephiroth mahnte ihn, dass er niemanden beschützen konnte. Die Blumenverkäuferin riss ihn aus dem Tagtraum. Sie fragte nach seinem Wohlergehen, obwohl sie gerade noch die Person gewesen war, die Hilfe brauchte. Mit einem Lächeln überreichte sie ihm eine Blume, weil er ihr Held im Kampf gegen die Geister gewesen war. Eine Sekunde später, kehrten die Geister zurück. Als sich das Mädchen an ihn klammerte, sah er die grauen fliegenden Roben ebenfalls. Im selben Augenblick rückten Shinra Sicherheitskräfte an und umzingelten Cloud. Das Blumenmädchen flüchtete vor den Geistern und verschwand aus Clouds Sichtfeld. Er selbst entkam den immer zahlreicher werdenden Truppen letztlich durch einen beherzten Sprung auf den Zug in Richtung der Sektor 7 Unterstadt.
Tifa hieß Cloud im Seventh Heaven willkommen. Sie wollte ihren Kindheitsfreund im Auge behalten und bot ihm deshalb ein kostenloses Apartment in der Nähe ihrer Kneipe an. Am darauffolgenden Abend erwartete ihn dort Jessie. Sie spannte Cloud für einen weiteren Job ein. Denn die Schuldgefühle fraßen Jessie auf. Sie vermutete, zu starken Sprengstoff für den Reaktor verwendet zu haben. Deshalb bat sie Cloud in dieser Nacht, mit ihr einen weniger gefährlichen Sprengstoff aus Shinras Lagerhaus zu stehlen. Während Biggs und Wedge von Avalanche zusammen mit Cloud die Shinra Sicherheit ablenkten, entwendete Jessie wie geplant den Zündstoff. Zur Belohnung für diesen Gefallen, lud die Brünette ihn zu einer selbstgemachten Pizza ein.
Der folgende Morgen begann mit einem Angriff der Robenhaften Geister. Wodurch Jessie verletzt zurückblieb und Cloud für sie bei Avalanches nächstem Anschlag einspringen musste. Ihr gemeinsamer Vormarsch zu Reaktor 5 wurde von Shinra Truppen erschwert, aber sämtliches Wachpersonal im Reaktor selbst schien zu fehlen. Als Clound sich dem Reaktorkern näherte, übermannte ihn eine weitere Erinnerung. Er sah wie Tifa über den Tod ihres Vaters trauerte. Dann ergriff sie das neben ihm liegende Katana Sephiroths und stürmte davon. Barret und die reale Tifa holten ihn in die Realität zurück. Cloud platzierte die Bombe und das Trio trat den Rückweg an. Doch weit kamen sie nicht. Die Leiter, über die sie gerade noch zum Reaktorkern hinab gestiegen waren, zog sich vor ihren Augen ein. Präsident Shinra hatte all das geplant. Drohnen füllten den Raum und projizierten Heideggers Abbild holografisch in die Halle. Der Sicherheitschef von Shinra hieß sie in seiner Falle willkommen. Er hatte ihren Einstieg in den Reaktor festgehalten und das Material an die Presse weitergeleitet. Bevor die Bombe überhaupt explodiert war, machte er Avalanche öffentlich für die Sprengung verantwortlich und hetzte somit die gesamte Bevölkerung Midgars gegen die Öko-Terroristen auf. Schlimmer noch, Shinra nutzte die Gelegenheit, um die Menschen zum Krieg gegen ihren Erzfeind Wutai anzustacheln. Heidegger hetzte ihnen einen Airbuster Droiden auf den Hals. Aber ungeachtet ihrer Chancen, bezwang das Trio das mechanische Monstrum. Sein explosives Ende riss ein gewaltiges Loch in die Brücke. Es trennte Cloud von seinen Kameraden. Kurz nachdem sich Barret Tifa gegriffen und mit ihr davon geeilt war, schleuderte eine zweite Explosion Cloud in die Tiefe. Er fiel in die Slums von Sektor 5. Der einzige Grund, dass er den Sturz überlebte, waren die Robenhaften Geister.
Als Cloud erneut die Augen öffnete, lag er in einer wunderschönen Wiese inmitten einer Kirche. Das grünäugige Blumenmädchen von Tagen zuvor beugte sich zu ihm runter. Dieses Mal stellte sie sich ihm als Aerith vor und bot ihm sogleich einen Job als ihr Bodyguard an. Auch wenn sie gut auf sich selbst aufpassen konnte. Es schien mehr Aeriths Weg zu sein, ihn zu einem Date zu bewegen. Cloud folgte der Schönheit über die Dächer der Sektor 5 Unterstadt bis zu ihrem Elternhaus. Elmyra, Aerith Mutter, war von der Anwesenheit eines Soldaten, der ihrer Tochter den Kopf verdrehte, alles andere als angetan. Als Aerith sich kurz um Clouds Nachtlager kümmerte, bat Elmyra ihn, in der folgenden Nacht stillschweigend zu verschwinden. Cloud willigte ein. Als er glaubte, Aerith würde schlafen, schlich sich der Söldner aus dem Haus. Aber Aerith durchkreuzte diesen Plan. Sie fing Cloud unweit des Hauses ab und wich ihm bis zur Grenze des Sektors nicht mehr von der Seite. Auf dem verlassenen Spielplatz nahe des Grenztores beichtete sie ihm, in einem ruhigen Moment, dass ihr erster Freund, Zack Fair, ein Soldat wie Cloud gewesen war.