Obwohl Barrets Truppe die Infiltration lostrat, gingen zwischenzeitlich sämtliche Avalanche Zellen auf Shinra los. Sie versuchten Präsident Shinra ins Freie zu treiben. Die Explosionen versetzten, zum Leidwesen des Quintetts, das gesamte Gebäude in Alarmzustand. Weshalb eine Evakuierung übers Dach der leichteste Weg zu sein schien. Doch dieser Weg führte an Shinras dunkelstem Geheimnis vorbei: Jenova. Einer außerirdischen Lebensform, deren Genmaterial das Soldier Programm antrieb. Jenova schlief, gefangen in dem von Shinra konstruiertem Tank. Aber Sephiroth setzte dafür alles daran, dass Avalanche ihr nicht zu nahe kam. Denn er betrachtete sie als seine Mutter. Beim bloßen Anblick seines Nemesis stürmte Cloud auf Sephiroth los. Aber Sephiroth war deutlich mächtiger als Cloud. Mit einem einzigen Hieb trieb er den Ex-Soldaten zurück, zerstörte den Zugang zu Jonova Gefängnis und brachte sie in Sicherheit.
Bis das Quintett den obersten Stock erreichte, hatte dort bereits ein Kampf getobt. Präsident Shinra hielt sich mit letzter Kraft am Sims des Daches fest und schrie um Hilfe. Auch wenn Barret ihn gerne hätte fallen sehen, wollte er Avalanches Namen rein gewaschen wissen. Nichts desto trotz machte der Hüne sich einen Spaß daraus den alten Sack zappeln zu lassen. Der Präsident gab sich als hilfloses Opfer, während Barret ihm seine Bedingungen diktierte. Einzig und allein, um in die Nähe seiner Pistole zu gelangen. Als er die in seinen Händen hielt und ausreichend Abstand zum Rest der Truppe gewonnen hatte, drehte Präsident Shinra den Spieß um. Er fiel verbal darüber her, dass Barret in seinen Forderungen plötzlich den Planeten ganz außer Acht ließ. Die Hochnäsigkeit kam jedoch durch Sephiroths Katana zu einem jähen halt. Es bohrte sich von hinten durchs Herz des alten Mannes. Barret kam dadurch wieder in Fahrt. Doch die mit Sephiroth herbeigeeilten Whispers gewährten ihm kein freies Schussfeld. Bevor er auch nur eine Kugel abfeuern konnte, spießte Sephiroths nächster Schwerthieb Barrets Herz auf. Cloud erstarrte, während Aerith sowie Tifa ihm zur Hilfe eilten und Sephiroth sich in Luft auflöste.
Barret war es nie vorbestimmt gewesen zu diesem Zeitpunkt zu sterben. So belebten die Whispers ihn wieder, während der Avalanche Helikopter aufs Penthouse zusteuerte. Die Flucht vom Dach wandelte sich jedoch schnell zu einem taktischen Rückzug, nachdem ein Shinra Helikopter den Avalanche Fluchtweg vom Himmel holte. Cloud blieb zurück, als die anderen einen Weg nach unten frei machten. Rufus, einer der drei Söhne Präsident Shinras, rächte sich persönlich für den Tod seines Vaters. Seine Kampfkünste waren denen des Breitschwert-tragenden Soldaten jedoch weit unterlegen. So ergriff Rufus genau so schnell die Flucht, wie er gekommen war. Das Avalanche Quartett entkam samt ihres neu gewonnenen Kätzchens unbeschadet dem Gebäude. Doch etwas äußerst merkwürdiges ging in Midgar vor. Tausende Whispers flogen durch die Stadt. Sie konzentrierten sich primär auf das Shinra Hauptgebäude. Es sah aus wie eine Säule, die sich unaufhörlich in den Himmel schraubte
Die Avalanche Gruppe blieb von den Geistern ebenso wenig verschont. Auf Sephiroths Kommando hin schwärmten die Whispers vom Shinra Komplex zu ihnen aus, erzeugten ein Ohrenbetäubendes Geschrei und formten ein düsteres Portal. Mit einladenden Worten verschwand Sephiroth im Toben der violetten Blitze. Denn er brauchte sie für den entscheidenden Zug seines Plans. Aerith war klar, dass sie dem Schicksal selbst auf der anderen Seite des Portals gegenüber treten würden. Die Ancient erklärte, dass die vorangegangenen Schreie die Stimmen des Planeten gewesen waren. Die Stimmen jener, die lebten, starben und nun Qualen durchlebten. Sie wollten erhört werden. Aber Sephiroth ignorierte sie. In Wirklichkeit war er die größte Bedrohung für Gaia. Aerith bat ihre Freunde, mit ihr durchs Portal zu steigen und gemeinsam Sephiroth das Handwerk zu legen. Doch wenn sie das taten, würden sie das Schicksal selbst ändern.
Die vier Freunde taten wie ihnen geheißen. Sie stellten sich dem Hüter des Planeten. In einer gewaltigen Schlacht besiegten sie zukünftige Avatare ihrer selbst. Cloud bereitete jeder bezwungene Schicksalsavatar Kopfzerbrechen, da sich seine Zeitlinie ebenso veränderte wie die Sephiroths. Der finale Stoß und die Zerstörung von Gaias Hüter befreite Sephiroth. Sein Tod, an den Cloud sich zuvor erinnerte war ebenso ungewiss, wie das ihn nun noch jemand stoppen konnte. Losgelöst von sämtlichen Fesseln schleuderte Sephiroth Züge und ganze Gebäude nach der Truppe. Obwohl sie sich an die normalen Regeln der Realität halten mussten, triumphierte das Quintett kurzzeitig über den weißhaarigen Übermenschen. Oder zwangen ihn zumindest zum Rückzug. Mit seiner finalen Tat versetzte Sephiroth sich samt Cloud ans Ende der Zeit und offerierte dem Ex-Soldaten sich ihm anzuschließen.
Zack Fair, Aerith Geliebter und Clouds ehemaliger bester Freund, beobachtete all das weit ab von Midgar. Dieses Mal überlebte er seinen eigenen Kampf gegen Shinras Truppen und läutete damit eine weitere alternative Zeitlinie zu der des Schicksals ein. Während das Avalance Quintett nach vorne in neue Abenteuer blickte, trug Zack parallel den schwer verwundeten Cloud nach Midgar.