Eskortiert von Carol brach er ins Sumpfgebiet des Blutsväter-Labors auf. Unmittelbar nach dem Absetzen entdeckte John bereits Jacobs brennendes Landungsschiff. Ein automatisierter Funkspruch lenkte ihn auf die Fährte des Captains. Der Nachricht zur Folge, verschanzten sie sich in der nahegelegenen Anlage, nachdem der Feind Captain Keyes kidnappte. Das abgestürzte UNSC Landungsschiff war nicht das einzige Wrack der Umgebung. Weitaus größere Allianzschiffe stürzten offenbar in den Sumpf. Was auch immer diese Blutsväter-Waffe war, sie wirkte beeindruckend gut.
Die blutverschmierten Gänge des Labors glichen einem Horrorfilm. Überall klebten Leichenreste unterschiedlicher Spezies an Wänden und Böden. Ein einziger lebender Marine kauerte am Ende eines Ganges. Er stammelte wirre Dinge vor sich her, wie nicht in diese Dinger verwandelt werden zu wollen. Dann feuerte der Marine wild um sich. Den durchgeknallten Soldaten ignorierend, arbeitete John sich zu einer verbarrikadierten Tür vor. Als er diese gewaltsam öffnete, fiel ihm ein toter Kamerad in die Arme. Lediglich mit der taktischen Lampe seines Gewehrs in die Finsternis leuchtend, erblickte John ein grausames Schlachtfeld aus Marines und Allianz-Elite-Soldaten. Um hinter den Ursprung dieses Gemetzels zu steigen, sichtete er sich die Aufnahmen einer Helmkamera.
Sein Kamerad, Seargeant Major Avery Johnson, befehligte die Marines durch den Sumpf zum Labor. Sie stießen auf die selbe Tür wie John. Zu dessen Verwunderung entdeckten sie ebenso die verstümmelten feindlichen Elite-Soldaten. Während sie sich fragten, was deren Inneres nach Außen kehrte, schloss Captain Keyes zur Squad auf. In der nächsten Sekunde ertönte ein tierisches Zischen aus einem der Gänge und eine zurückgebliebener Squad meldete Feindkontakt. Es handelte sich eindeutig nicht um Allianztruppen. Diese unbekannten Monster überrannten die Marines in Sekunden. Dann kam das klicken und zischen näher. Von der Decke, dem Boden und den Wänden. Averys und Jacobs Squad wurde von Käfer-artigen Außerirdischen eingekreist. Die beinahe hüfthohen Kreaturen fielen die Marines regelrecht an und infizierten sie mit Sporen. Die finalen Sekunden der Aufnahmen zeigten Avery und Jacob Rücken an Rücken von den außerirdischen Insekten umringt.
Zumindest wusste der Master Chief jetzt, mit was für einem Feind er es zu tun hatte. Aber das machte den Überlebenskampf nicht einfacher. Wie bei seinen Vorgesetzten, stürmten die krabbelnden Insekten wenige Sekunden später auch auf ihn zu. Doch gelang es ihnen zumindest nicht, durch seine schwere Mjolnir Panzerung zu dringen. So zählte John-117 zu den wenigen Überlebender des Laborunfalls. Abseits seiner selbst, schaffte es offenbar eine Handvoll Marines lebend aus dem Komplex raus. An deren Seite bahnte der Master Chief sich einen Weg durch Armeen von infizierten Allianzsoldaten und diesen Krabbeltieren.
Der Suchstrahl von Foehammers Schiff näherte sich gerade, als eine kopfgroße mechanische Drohne auf den Master Chief zuflog. Sie stellte sich als 343 Guilty Spark vor. Gewissermaßen der Aufseher von Installation 04. Aktiv geworden, weil die Allianz die Flood freiließ. Mit den Worten, er bräuchte Master Chiefs Unterstützung, teleportierte der Illuminat sie beide davon. In den folgenden Minuten erläuterte 343 die Blutsväter hätten die Flood genannten Insekten lediglich zu Studienzwecken hier aufbewahrt. Versuchsproben, welche die fanatischen Allianztruppen freisetzten. Das durch Sporen ausgelöste explosionsartige Wachstum der Flood resultierte einst in einer Galaxieweiten Katastrophe. Diese Auslöschung sämtlichen Lebens würde sich wiederholen, wenn die Insekten Installation 04 entfliehen könnten. John müsste die Massensterilisation aktivieren. Um dieses Protokoll zu starten, begleitete 343 den Master Chief zur Bergung des Aktivierungsindexes. Bewaffnet mit dem grün leuchtenden Zündungsschlüssel kehrte John wenige Minuten später zu Cortana im Kontrollzentrum zurück.
Obwohl der Illuminat John durch jeden Schritt leitete, durfte er selbst nicht das Massensterilisationsprotokoll auslösen. Diesen Schritt überließ er dem Master Chief persönlich. Wie geheißen, startete er Halos Sequenz. Das Hologramm zeigte bereits die Aktivierung des Waffensystems, als Cortana den Vorgang anhielt. In der folgenden Sekunde setzte sie 343 mit einer Entladung außer Gefecht. Der Master Chief verstand nicht was vor sich ging und Cortanas Sarkasmus brachte zunächst wenig Licht ins Dunkel. Als 343 rebootete verschmolz Cortana mit dem Index, damit nur sie das Halo-Waffensystem aktivieren könnte. Dann ergänzte sie die Kleinigkeit, welche der Illuminat zuvor ausließ. Halo töte die Flood nicht, Halo eliminierte dessen Nahrungsquellen. Also sämtliches Leben in der Galaxis. Egal ob menschlich oder Allianz. Denn die Flood ließ sich nur durch Aushungern stoppen. Dafür designten die Blutsväter die Halo-Waffensysteme. Jede Installation vernichtete einen Radius von 25.000 Lichtjahren. 343 verschwieg dieses Detail nicht aus Boshaftigkeit. Der Illuminat setzte es schlicht als Allgemeinwissen voraus.
Da John sich diesem Schritt widersetzte, erklärte 343 ihn und Cortana ebenfalls zum Feindbild. Verfolgt von Angriffsdrohnen, floh der Master Chief mit seiner künstlichen Intelligenz von der Insel. Im Kampf um Zeit zerstörte er auf diesem Weg drei der Phasenimpuls-Generatoren Halos. Deren Reparatur warf die Waffenaktivierung lange genug zurück, damit John die Sprengung der gesamte Ringwelt einleiten könnte. Cortana ortete mittlerweile das Wrack ihres abgestürzten Kreuzers. Dessen Fusionsreaktor war weiterhin in Takt und ließe sich zu einer ausreichenden Bombe umfunktionieren.