Die Allianzführung verfiel mit dem Ausbruch der Flood ins blanke Chaos. Sie beorderten sämtliche Schiffe zum Rückzug. Deren Truth and Reconciliation nahm die parasitäre Spezies da aber längst ein. Zwar beschädigte der Angriff den Allianz-Kreuzer stark und ließ ihn auf die Halo-Oberfläche stürzen. Doch fürchtete die Allianz, die Flood könnte das Schiff erneut Flugtüchtig machen und der Ringwelt damit entkommen. Zur Verhinderung dessen, entsandten sie ein Elite Angriffsteam zum abgestürzten Schiff. Dieses Scharmützel hätte John liebend gerne ignoriert. Nur lokalisierte Cortana ausgerechnet an Bord dieses Schiffes das Transpondersignal Captain Keyes. Ihn oder zumindest die Codes aus seinem Neuralimplantat brauchten sie zur Überladung des Fusionskerns. Weshalb sich der Spartan erneut in einen Zwei-Fronten-Krieg begab.
Ungeachtet des Transpondersignals, ortete Cortana dort keine menschlichen Lebenszeichen. Das Phänomen klärte sich auf, als der Master Chief in den Flood-beherrschten Bereich des Schiffs vordrang. Er fand Jacob Keyes in einer wachsenden organischen Masse. Die Flood tötete ihn nicht einfach. Sie assimilierten den Captain in ihre kollektive Intelligenz. Erinnerungen, militärisches Wissen und die Erfahrung Captain Keyes wurden Teil eines Organismus, der aus den Gedanken seiner Opfer ebenso viel Nutzen zog wie aus ihren Körpern. John sah in der Masse noch den Mann, der ihn Tage zuvor aus dem Kryoschlaf holte und Cortana anvertraute. Aber zu retten war Jacob längst nicht mehr. John riss seinem einstiegen Vorgesetzten das Neuralimplantat aus dem Kopf und verteilte damit die Überreste seines Gehirns über den Boden.
Mit dem Code in Cortanas Besitz, kaperte John einen Banshee Jäger der Allianz und steuerte darin geradewegs das Pillar of Autumn Wrack an. Auf deren Brücke angelangt, leitete Cortana die Selbstzerstörung ein. Bedauerlicherweise durchkreuzte die lästige 343 Drohne diesen Plan. Sie hackte sich zwischenzeitlich in den Computer des Schiffs und extrahierte sämtliche Aufzeichnungen der Menschheit. Mit diesem Wissen hielt der Illuminat auch den Countdown an. Nur Augenblicke darauf teleportierte 343 sich bereits zum Reaktorraum und versuchte den Fusionsreaktor herunter zu fahren. Eine Aktion, die der Master Chief jedoch mit einer simplen Granate verhinderte. Denn diese geringe Sprengkraft reichte aus, um eines der Triebwerke zu sprengen. Was wiederum zu einer Kettenreaktion führte, die wenige Minuten später das gesamte Schiff und damit auch Installation 04 vernichten würde.
Die Reaktoren der Autumn rissen bereits hinter ihm auf, als John mit einem Longsword-Jäger aus dem Hangar entkam.
Avery Johnson hatte es sich gerade an einem von Halos Stränden gemütlich gemacht, als er die erste Explosion des Kreuzers am Horizont erblickte. Er nutzte diesen Moment, um Halo ebenfalls den Rücken zu kehren. Außer ihnen beiden schaffte es keine Menschenseele von der Ringwelt herunter.
Installation 04, welche die Allianz als heilig verehrte und Guilty Spark 343 als perfektes Werkzeug betrachtete, verwandelte sich in Trümmerfeld. Die Flood verlor ihren Nährboden, die Allianz ihre Waffe, und die UNSC nahezu alle Menschen, die mit der Pillar of Autumn ins Soell System kamen.
Unwissend von Cortana und dem Master Chief, steuerte 343 kurz vor der Explosionswelle die Gasförderanlage von Threshold an. Dem braunen Gasriesen des Soell Systems.