Als Indy Trottiers Hotel in Monte Carlo erreichte, musste er mitansehen, wie der alte Mann von den Nazis in ein Auto gezerrt wurde. Indiana Jones sprang selbst in einen Wagen, raste ihnen hinterher, rammte deren Auto mehrfach und brachte es letztlich krachend an einem Laternenpfahl zum Stehen. Die feigen Handlanger suchten augenblicklich das Weite und ließen Trottier, bewusstlos am Boden liegend, zurück. Glücklicherweise war der alte Hobby-Ärchäologe geistesgegenwärtig genug gewesen, den Sonnenstein während der Fahrt aus dem Wagen zu werfen. Indy fischte die Steinscheibe einige Straßen weiter aus einem Gully. Er konnte sein Glück kaum fassen. Trottier berichtete ihm außerdem vom Eingang der verlorenen Stadt. Er befand sich auf Alt-Thera, auch bekannt als die griechische Insel Santorin. Doch die Nazis kamen Indy erneut zuvor. Alles was der Professor in den Höhlen des Thera Berges fand, war ein Hilferuf Sophias. Dieses mal betrug ihr Vorsprung jedoch nur wenige Minuten. Indy sah Kerner und Dr. Uberman gerade noch samt ihrer Gefangenen ablegen. Doktor Jones ließ alles stehen und liegen. Ihm war klar, dass er den Nazis bei ihrem nächsten Ziel zuvor kommen musste. Aber der Hafenmeister bremste ihn direkt wieder aus. Laut ihm gab es keine Möglichkeit dem deutschen U-Boot nachzujagen. Das nächste reguläre Schiff würde nicht vor eine Woche ankommen. Aus einem Observationsballon, einem Fischernetz und Souvenir-Korb bastelte sich der Archäologe einen behelfsmäßigen Heißluftballon, der ihn bis zum noch nicht abgetauchten U-Boot trug. Die Landung war seit langem das Erste, was glatt lief. Der Nazi-Seeman, der Indys Ballon bemerkte, hatte seinen beherzten Sprung ins Meer übersehen. Gerade als der Blonde Kerl in Richtung des aufgeblasenen gelben Monstrums sprintete, kletterte Indy an Bord und schlug ihn von hinten nieder. Die Uniform des Nazis passte wie angegossen. Dr Jones konnte sich unbemerkt unter Deck bewegen und problemlos den Mondstein entwenden. Kerners Landgang auf Kreta musste ohne diesen stattfinden. Seine Alternativlösung zum Enthüllen der verlorenen Stadt wurde Sophia. Uberman und Kerner eskortierten sie an Land.
Die Nazis bewachten den einzigen Ausgang des U-Bootes gut. Doch dank eines improvisierten Feuers, als Ablenkungsmanöver, gelang Indy die unbemerkte Flucht durch ein Torpedo-Rohr.
Unter Verwendung des Mond- und Sonnensteins schuf sich der Archäologie-Professor einen Weg ins Labyrinth des Minotaurus. Der Legende nach, hauste dort eine Kreatur halb Mann halt Stier, die sich von Menschen ernährte. Auf einen lebenden Minotaurus stieß Indy zunächst nicht. Aber Kerner war nicht der Erste, der seinen Weg ins Labyrinth fand. Auf einer tiefer gelegenen Ebene entdeckte Indy den vermodernden Leichnam Dr. Sternharts und bei ihm nicht nur den entwendeten Weltstein, sondern ebenso einen Hinweis auf den Kartenraum des Labyrinths. Der Hochstapler war also doch noch für etwas gut gewesen. Besagter Kartenraum leitete Indy zu einer antiken U-Bahn, die er mit einer Oricalcum Kugel fütterte. Obwohl das Gefährt Tausende Jahre alt war, erwachte es augenblicklich zum Leben und chauffierte den Archäologen tiefer in die Kolonie. Hunderte Meter unter dem Meer.
Geleitet vom Geist Nur-Ab-Sals führte Sophia die Nazis währenddessen ebenfalls ins Innere Atlantis. Als die Deutschen jedoch lediglich noch zwei massive Tore vom Heiligtum trennten, entledigten sie sich der rothaarigen Schönheit. Sie ließen Sophia in einem uralten Gefängnis verrotten. Doch der Eingang stellte sich als größeres Hindernis heraus, als die Nazis dachten. Sie erwarteten, die flankierenden Minotauren-Statuen würden ihnen die Tore öffnen. Stattdessen griffen die Kolosse sie an, als die Soldaten sie mit Oricalcum fütterten. Indiana Jones nutzte diese Mechanik zu seinem Vorteil. Er fütterte insgeheim den Minotaurus vor Sophias Zelle. Das steinerne Monstrum erwachte ebenfalls zum Leben und walzte über den wachhabenden Soldaten. Obwohl Sophia nicht aufhörte, sich zu beschweren, wie lange sie in der Zelle verrotten musste, konnte sie nicht länger an sich halten. Indiana Jones und Sophia fielen sich küssend in die Arme.
Auf einem krebsförmigen Floss fuhren die beiden zum Tor des inneren Kreises Atlantis. Wo Indy mit einigen Zahnrädern eine Minotaurus Statue so manipulierte, dass ihre enormen Kräfte mit einer Kette das Tor aufrissen. Lediglich eine gewaltige Steinmauer trennte sie nun von Atlantis Zentrum. Aber mit Sophia stimmte etwas nicht. Das Erreichen des inneren Abschnitts Atlantis veränderte sie. Sie behauptete Nur-Ab-Sal würde sie führen und tatsächlich wuchs sein Einfluss, je weiter sie vordrangen. In einer Thronsaal-artigen Kammer samt Lava-gefüllter-Opferungsgrube übermannte Nur-Ab-Sals Präsenz die rothaarige Schönheit gänzlich. Sie behandelte Indy von oben herab und wollte den Thronsaal nicht mehr verlassen. Doch Indy erinnerte sich zurück an ihre Vorführung in New York. Er nahm eine Oricalcum Kugel zur Hand, steckte sie in Sophias Halskette und zwang den Geist somit sich außerhalb ihres Körpers zu manifestieren. Einen Moment später, griff er nach der Kette und schleuderte sie in die brodelnde Lava. Nur-Ab-Sal ging in Flammen auf.
Es dauerte nicht lange bis das Pärchen eine gewaltige Maschine für Tunnelgrabungen entdeckte. An Bord dieses Monstrums bohrten sie sich durch die Wand des Atlantischen Kerns und erreichten in dessen Herzen die Göttermaschine. Indy vereinte auf einem Podest den Welt-, Mond- sowie Sonnenstein und brachte die tausende Jahre alte Maschine zum neuen Leben. Aus dem langsam aufhellenden Abgrund im Herz der Maschine stieg ein mannsgroßes Podest. Viel weiter kamen die beiden jedoch nicht. Denn kaum arbeitete die Maschine, traten die Nazis aus ihren Verstecken. Sie hatten nur darauf gewartet, dass jemand die Drecksarbeit für sie erledigte.
Eigentlich beabsichtigten die Nazis Sophia und Indiana Jones als erste Versuchsobjekte zu verwenden. Doch Indys Worte, die Knochen, der am Boden verstreuten Opfer, würden von der Unvollkommenheit eines Untervolkes zeugen, sorgten bei Kerner für einen Sinneswandel. Als reinrassiger Arier hielt er sich selbst für die würdigste Person. Platos verlorener Dialog schrieb zehn Oricalcum Kugeln für die Prozedur vor. Aber Indiana Jones war geistesgegenwärtig genug, auf den „zehnfach Fehler“ zu verweisen. So fütterte Dr. Ubermann die Göttermaschine nur mit einer einzigen Perle. Goldfarbene Blitze regneten auf Kerner herab, ließen ihn zu einem Riesen anwachsen und dann unter entsetzlichen Schmerzen zu einem Zwerg mit Hörner schrumpfen. In einem finalen Akt sprang Kerner schreiend in die Lava.
Nach diesem Fehlschlag, zwang Ubermann Dr. Jones auf die Plattform zu treten. Aber Indy schaffte es sich auch aus dieser Lage herauszureden. Er verdeutlichte dem Nazi Wissenschaftler, dass er ihn geradewegs zur Hölle schicken würde, sobald er sich in einen Gott verwandelt hätte. Eingeschüchtert von diesem Argument, nahm Ubermann dessen Platz ein und füllte die Maschine selbst mit 100 Perlen. Schließlich musste der zehnfach Fehler in die andere Richtung gehen. Für einen Moment schien es, als würde die Verwandlung funktionieren. Dr. Ubermann wuchs in die Höhe, transformierte in einen Geist wie ur-Ab-Sal zuvor und kreiste durch den Raum. Doch von einer Sekunde auf die andere verpuffte er schlichtweg unter einem entsetzlichen Schrei. Im selben Augenblick fing der Boden an zu wackeln. Felsbrocken regneten von der Decke und erschlugen die Nazi Soldaten. Indiana Jones und Sophia Hapgood rannten um ihr Leben, während die Lava-überspannenden-Brücken hinter ihnen zusammenbrachen. Hätten die Nazis ihr U-Boot nicht unbewacht zurückgelassen, wäre das Pärchen der Flammenhölle wohl kaum entkommen. Die größte Kolonie Atlantis verwandelte sich in einen gewaltigen, brodelnden Vulkan, den Indy und Sophia im Sonnenuntergang bewunderten und sich erneut in die Arme fielen.