Während Ray das Baldur’s Gate Projekt zu Ende brachte, stürzte Greg sich bereits auf das nächste. Er hatte beabsichtigt Shattered Steel fortzusetzen, doch Interplay versuchte zu der Zeit verzweifelt auf dem Konsolen-Markt Fuß zu fassen. Das von Shiny Entertainment entwickelte MDK hatte sich auf Sony’s Playstation mit 200.000 Verkäufen als recht erfolgreich gezeigt, aber Schöpfer Nick Bruty hatte Shiny nach der Fertigstellung verlassen und so wandte sich Interplay an BioWare. Greg war zu der Zeit sehr interessiert daran neue Technologien auszutesten und ihre 3D Engine Kenntnisse auf Konsolen auszuweiten, daher übernahm BioWare die Aufgabe MDK 2 für Dreamcast und Playstation 2 zu entwickeln.
Fans des ersten MDK waren skeptisch, wegen des abgedrehten und amüsanten Stils, was im krassen Gegensatz zu Baldur’s Gate stand. Aber Greg machte, neben Spielercharakter Kurt Hectic, ebenso Hund Max sowie Dr. Fluke Hawkins zu spielbaren Charakteren und peppte die Geschichte des Spiels durch amüsante Filmsequenzen auf. Tatsächlich setzte MDK 2 genau an der Stelle an, wo Teil eins aufhörte. Das Trio stellte fest, dass die Invasion der Erde alles andere als vorbei war. Kurt wurde von den Außerirdischen entführt und beim Rettungsversuch ebenso Max. Es entfaltete sich eine wahrlich hoch amüsante Story, mit einem abwechslungsreichen Spielprinzip, bei welchem der Spieler die Vor- und Nachteile des heimtückischen Schafschützen Kurt, Kampfhund Max oder Erfindung-liebenden Doktor Hawkins einsetzen musste. MDK2 übertraf die Erwartungen der Fans, wurde von den Kritikern höher gelobt als der erste Teil und zeigte, dass BioWare mehr konnte als nur Regelwerken zu folgen.
Feargus Urquhart, BioWares Produzent bei Interplay, war zwischenzeitlich zum Leiter der neuen Rollenspiel-Abteilung Black Isle Studios ernannt worden und hatte mit seinen Teams die Infinity-Engine genutzt, um Planescape: Torment und Icewind Dale zu entwickeln. Zwei ebenfalls sehr erfolgreiche D&D Rollenspiele, mit leicht anderen Schwerpunkten. Das erhöhte bei den Fans nur die Erwartungen an BioWares offiziellen Nachfolger: Baldur’s Gate II: Shadows of Amn. Die BioWare Crew hatte ohnehin nur geschafft die Hälfte ihrer Vorstellungen in Baldur’s Gate zu quetschen. Für den zweiten Teil, hatten sie die Reviews sowie Fan-Feedback analysiert und eine Litanei an Verbesserungen zusammengestellt. Beginnend mit schnelleren Charakterbewegungen, über Unterklassen und großen Feinden wie Drachen, bis hin zu Charakterinteraktion a la Final Fantasy einschließlich Romanzen. Für jedes Element des Spieldesigns hatten die Projektleiter James Ohlen und Ben Smedstad dem stark gewachsenen Team nun Grundregeln definiert, wie dass in Puncto Story-Design der Spieler durch Zwischensequenzen immer über den Fortschritt des Bösewichts auf dem Laufenden gehalten werden musste. Oder das es mehrere Plot-Twists geben sollte, durch welche der Spieler die Geschichte neu überdenken musste. Der allgemeine Aufbau des Spiels änderte sich ebenso drastisch. Baldur’s Gate 2 unterteilte sich in Kapitel gleichen Umfangs, die je ein Ziel hatten, welches der Spieler auf unterschiedlichen Wegen erreichen konnte. Bestimmte Orte, hauptsächlich Städte, wurden als Kerngebiete definiert, welche der Spieler öfters aufsuchte und sich mit der Zeit veränderten. In dieser Beziehung machte sich das Team zum Grundsatz, dass der Plot immer innerhalb eines stark begrenzten Gebietes abgewickelt wurde, damit der Spieler nicht zu häufig Gebiete wechselte. Gleichzeitig sollte er aber stets den Eindruck haben alles erkunden zu können. Entgegen dem ersten Spiel beendete das Baldur’s Gate 2 Team ihre Entwicklung mit allen geplanten Features. Lediglich einige Quests schafften es nicht mehr ins Spiel. Doch bei 290 Quests, mit jeweils einer Länge von 20 Minuten bis zu einer Stunde, fiel das nicht auf. Baldur’s Gate 2 war ein Mammutartig großes Spiel mit einer epischen Geschichte.
Sie fing mit einem vom Elfen-Magier Jon Irenicus in Amn gefangenen Spieler an, der versuchte die Essenz Bhaals aus ihm zu extrahieren, um damit einen Rachefeldzug gegen die Elfenstadt Suldanessalar zu führen. Der Spieler entkam aus Irenicus Kerker, jedoch ohne seine Halb-Schwester Imoen. Als er Imoen letztlich in der Spellhold Festung wiederfand, hatte Irenicus ihre Seele bereits zu seiner Schwester Bodhi transferiert und versuchte selbiges erneut mit dem Spieler. Im Kampf gegen Bodhi verlor der Spieler die Kontrolle und verwandelte sich plötzlich in den Slayer, einen Avatar Bhaals. Irenicus zog sich in die Unterwelt zurück, von wo aus er seinen Angriff auf Suldanessalar startete. Dort entbrannte die finale Schlacht am Baum des Lebens.
BioWare hatte seit Baldur’s Gate 1 gelernt, dass der Spieler einen Rückzugsort benötigte und implementierte erstmalig verschiedene Klassen basierte Häuser und Burgen, von denen aus der Spieler agierte. Ein Konzept, was sich fortan in jedem BioWare RPG wiederfand. Beim Release im September 2000 bekam Baldur’s Gate 2 ein Metacritic-Rating von 95. Es verkaufte über 2.000.000 Exemplare, erhielt unzählige Game of the Year Awards und wird bis heute als eines der besten RPGs betrachtet, die jemals programmiert wurden.
BioWare lieferte neuen Monate später das Erweiterungsset Throne of Bhaal nach, was die Gesamtgeschichte des Bhaal-Sprößlings abschloss und mit der Wachenden Festung einen gigantischen Dungeon für Hard-Core-Gamer bot. Jede andere Firma hätte das 48-stündige Abenteuer zweifellos als Baldur’s Gate 3 verkauft, aber für BioWare war es nur ein Expansion Pack.
BioWare und Interplay’s Rollenspielabteilung, die Black Isle Studios, arbeiteten extrem gut zusammen. Sie unterstützten sich gegenseitig und tauschten Resourcen aus. Black Isle lieferte 2002, das ebenfalls auf BioWares Infinity-Engine basierende, Icewind Dale II aus und begann, nach Vollendung von BioWares Reihe, sogar mit der Produktion von Baldur’s Gate 3: The Black Hound. Das galt jedoch nicht für Interplay’s Führungsetage. Interplay’s neuer Chef, Hervé Caen, lagerte den Vertrieb an eine externe Firma aus und unterließ ebenso die Zahlungen von BioWares Gewinnbeteiligungen. Wodurch sich BioWare mit Parallax Software zusammentaten, die unter den gleichen Problemen litten und gemeinsam gegen Interplay vor Gericht zogen. Die Kanadier bekamen einen Teil ihres Verdienstes, aber die Zusammenarbeit mit Interplay endete an dem Punkt. Glücklicherweise führten Interplay’s finanzielle Probleme ebenso dazu, dass der Publisher sich die D&D Lizenz nicht länger leisten konnte. Sie wechselte zu Atari, genau wie BioWare.