Ungeachtet dieser Verkaufszahlen, verstrichen mehrere Monate, bis Microprose Interesse an einem Nachfolger bekundete. Als der Tag endlich kam, forderte Microprose mehr Mitspracherecht am Projekt und das es innerhalb von einem halben Jahr fertig sein müsste. Julian hielt das für ein unmögliches Zeitfenster, um etwas bedeutsames an den Spielmechaniken ändern zu können. Aus seiner Sicht liefen sechs Monate auf ein Reskin des vorhandenen Spiels hinaus. Also nichts weiter als neue Orte und Grafiksets. Da ihn und Nick außerdem das Gefühl beschlich die kreative Kontrolle über ihr zweites Werk zu verlieren, unterbreiteten sie Microprose einen Gegenvorschlag. Sie überließen Microprose UK den gesamten Code von UFO: Enemy Unknown, damit diese den Nachfolger X-COM: Terror From The Deep selbst handhaben konnten. Zeitgleich begann Mythos Games mit der Produktion von Julians Nachfolger, X-COM: Apocalypse.
UFO: Enemy Unknown spielte in den Jahren 1999 bis 2002. Eine Zeitperiode, die vom Spiel-Release an als der erste Alien Krieg in die offizielle Zeitleiste einging. Nach ersten Kontakten mit den Außerirdischen im Jahre 1998, gründete das United Nation Security Council am 11. Dezember die Extraterrestrial Combat Unit. Deren erste Basis ging im Januar 1999 in Betrieb. Mit Anfangs nur zwei Interceptor Orbitaljägern und einem Skyranger Truppentransporter holten die X-COM Soldaten unzählige außerirdische Raumschiffe vom Himmel, bargen deren Ausrüstung und re-engineerten sie zur eigenen Verwendung. Ungeachtet der zunehmenden UFO Sichtungen und Entführungen, kam der Bau neuer X-COM Basen aufgrund mangelnder Finanzierung bereits innerhalb weniger Monate zum Erliegen. Weshalb die X-COM Basiskommandanten das Problem selbst in die Hand nahmen. Sie verkauften die entwickelte Ausrüstung und Waffen für Profit an den Höchstbietenden. Der einzige Haken an ihrem Plan, war Elerium-115. Ein Element, was die Außerirdischen als Energiequelle ihrer Technologie verwendeten und auf der Erde höchstens in UFO-Wracks zu finden war. Wodurch neben der Bekämpfung der Außerirdischen ebenfalls ein Wettrennen verschiedenster Firmen auf die abgestürzten Flugobjekte begann. Nach zwei Jahren des Krieges, den die Menschheit langsam aber sicher verlor, realisierten die Kommandanten, dass die Infrastruktur des Feindes und deren Führung sich nicht auf unserem Planeten befinden konnte. Durch Kidnapping und Verhör eines außerirdischen Befehlshabers, machten sie deren Basis auf dem Mars ausfindig. Woraufhin sie mit ihrem neu konstruierten interplanetaren Avenger Jäger, die Cydonia Basis stürmten und deren Oberhaupt, das Alien Brain, vernichteten.
Doch mit dem Ende des ersten Alien Krieges stoppte ebenso der Technologiesprung. Bereits 2005, drei Jahre nach der Cydonia Vernichtung, hatten Konzerne sämtliche UFO Absturzstellen an Land geplündert. Die Suche setzte sich auf dem Meeresboden fort. Bis Forscher erkannten, dass Salzwasser Elerium-115 unbrauchbar machte. Weitere fünf Jahre später, hatte die Menschheit eine weitere bemannte Mission zum Mars entsandt und auch Cydonias Elerium-115 Bestände geplündert.
Beinahe 30 Jahre danach. Im Jahre 2039 war X-COM längst eingemottet, deren Basen verkauft oder teilweise in Vergnügungsparks umgebaut. X-COMs ehemals erste Unterwasserbasis, gehörte zwischenzeitlich Software Tycoon Denman Williams und operierte im Nordatlantik als S.O.R.E.S.O. Sie untersuchten gerade UFO Absturzstelle 137 nahe der Titanic, als ihr U-Boot Khimtar aus unbekannten Gründen implodierte. Es vergingen weitere zwei Monate, bis die Blackbox geborgen war und der Khimtars Notruf zum Pentagon Vordrang. Ihre letzte Meldung war: „Ich glaube, sie sind zurück!“. Auf was genau, die neu ins Leben gerufenen X-COM Soldaten, dort unten stießen, war ein 400 Milliarden Tonnen schweres außerirdisches Kolonieschiff eines völlig anderen Volkes. Sie standen Hummer-Männern, halluzinogenen Terror-Quallen und anderen zweibeinigen Unterwasserlebewesen gegenüber. Denen sie sich lediglich mit Harpunengewehren und Torpedowerfer erwehren konnten. Denn sämtliches Elerium war längst aufgebraucht.