Auf diese Weise erklärte X-COM: Terror From The Deep den erneuten Anfang bei null. Denn wie von Julian vorgeschlagen, wurde es trotz Mircoproses 15-Mann-Team und einem Jahr Entwicklungszeit prinzipiell eine Unterwasser-Version des ersten Spiels. Das aquatische Szenario wirkte optisch jedoch ansprechender und Microprose steigerte den Schwierigkeitsgrad sowie Spielzeit, indem sie die Karten vergrößerten. Eine Änderung, die das Spiel aus Julians Sicht schlicht langweiliger gestaltete. Ganz so schlimm sahen es die Käufer nicht. Es wurde das Spiel, von dem alle sagten, es wäre „auch ok“. Im Pre-Internet-Zeitalter stoppte diese Einschätzung die Verkaufszahlen jedoch keineswegs. Die Wertungen der Magazine lagen durchschnittlich 8% oder 9% hinter denen des Vorgängers, aber das brachte Terror From The Deep immer noch auf solide 85%. Und mit der Mundpropaganda seines Vorgängers, verkaufte Microprose beinahe doppelt so viele Exemplare wie von Teil 1.
Mythos Games 1985 erschienenes Chaos: The Battle of Wizards basierte vage auf Games Workshops Warlock Brettspiel. Zur damaligen Zeit stand Mythos Publisher in Verhandlungen mit Games Workshop, deren Judge Dredd Brettspiel umzusetzen. Julian wollte den Spieler mit einer Squad Judges auf Verbrechensjagd mit taktischen Kampfsequenzen schicken. Games Workshop wünschte sich hingegen einen seitlich scrollenden Platformer, bei dem der Spieler als Judge Dredd ebenso mit einem Motorrad umher fahren konnte. Da Julian dieser Ansatz gänzlich widerstrebte, trugen die damaligen Verhandlungen keine Früchte. Als er dann beinahe ein Jahrzehnt später die dreijährige UFO: Enemy Unknown Entwicklung hinter sich brachte, konnte er X-COM nicht mehr sehen. Obwohl es aus finanzieller Sicht unlogisch erschien, lag es Julian fern Kapital aus dem UFO Erfolg zu schlagen. Er wollte zu seinem damaligen Judge Dredd Vorhaben zurückkehren. Da Microprose jedoch auf einen X-COM Nachfolger bestand, hob er schlicht sein Judge Dredd Konzept ins X-COM Universum und formte daraus X-COM: Apocalypse. Was bedeutete, eine lebende Stadt mit verschiedenen Fraktionen zu erschaffen, die in ökologischer Beziehung zueinander standen. An der Spitze jeder Organisation sollte ein Anführer stehen, der verfolgt, festgenommen, verhört und ermordet werden konnte. Sämtliche Organisationen sollten in der Lage sein, Gebäude entsprechend ihrer Finanzlage zu kaufen oder verkaufen. X-COM Agenten sollten andere Organisationen ausspionieren, um an wertvolle Informationen zu gelangen. Eine ausgeklügeltes Diplomatie-Interface sollte dem Spieler erlauben aggressive oder defensive Bündnisse mit den verschiedenen Fraktionen zu überwachen. Hinzu kamen multiple Alien Dimensionen, die pseudo-zufällig generiert wurden. Darüber hinaus sollte X-COM: Apocalypse mit einen Szenario Generator und Mehrspielermodus ausgeliefert werden.
Viele dieser Features schafften es jedoch nie durch die Qualitätssicherung. Das einzige Feature, an das sich Nick und Julian erbarmungslos klammerten, war der Wechsel zwischen einem Echtzeit und rundenbasierenden Kampfmodus. Ein innovatives Konzept, was durch Hits wie Dune II oder WarCraft entstand. Während der Rundenmodus ähnlich dem Vorgänger funktionierte, wählte der Spieler im Echtzeit-Modus schlicht den Zielpunkt eines Soldaten. Erspähte dieser auf dem Weg dorthin einen Feind, eröffnete er das Feuer oder suchte automatisch Deckung. Alles gemäß der Anweisungen, die der Spieler für jeden Soldaten festlegen konnte. Dabei hatte er die Wahl zwischen einem Schnellschuss, gezielten Schuss, automatischem Feuer oder schlichtweg nicht anzugreifen.
Der anfängliche Apocalypse Plan sah, wie im ersten Teil, eine Geoscape mit multiplen Städten und ebenso einer Fahrzeug-Kampf-Simulation vor. Doch schon während sich die Gollop Brüder um die Konstruktion der Stadt-Features kümmerten, wurde ihnen klar, dass dieser Ansatz schlicht zu umfangreich gedieh. Denn schon die fünf Schwierigkeitsgrade erforderten komplett unterschiedliche Versionen der Städte. Weshalb das endgültige Spiel lediglich eine einzige Metropole, Mega-Prime, umfasste. Statt der Geoscape erhielt X-COM Apocalypse eine zweidimensionale Cityscape, von der aus der Spieler seine X-COM Operationen managte und außerirdische Angriffe abwehrte. Er begann mit einem unterirdischen Bunker im Stadtzentrum, der an den technologischen Stand des Vorgängers anknüpfte und breitete sich von dort aus in die fünf Stadtbezirke aus, um im Falle einer Sichtung schneller am Einsatzort zu sein. Jede Basis bot unterschiedlich viel Platz für Unterkünfte, Trainingsräume, Labore, Verteidigunginstallationen und Fahrzeug-Hangars. Das rekrutierbare Personal unterteilte sich dabei in Soldaten und Forscher. Von denen Letztere wiederum Biochemiker und Quantumphysiker, zur Erforschung außerirdischer Lebensformen und Technologien, oder Ingenieure, zur Konstruktion neuer Ausrüstung und Fahrzeuge, sein konnten. Soldaten waren in X-COM Apocalypse nicht nur menschlich, sondern konnten ebenso Androiden oder Sektoid-Hybride sein. Selbstverständlich abhängig davon, in welchem Verhältnis der Spieler mit der Androiden-Rechte-Fraktion, S.E.L.F., oder der Mutant Alliance stand. Abgesehen vom fanatischen Cult of Sirius startete der Spieler mit beinahe allen der 20 verschiedenen Organisationen neutral. Sie auf der eigenen Seite zu haben, entpuppte sich als gewaltiger Vorteil. Denn ohne Nanotech gingen X-COM die Medi-Kits aus und ohne Transtellar die Transportwege. Polizeifraktion Megapol ging wiederum von sich aus gegen UFOs vor und war nebenbei einer der zwei Waffenhersteller. Sie alle konnten sich gegenseitig bekämpfen, was die außerirdischen selbstverständlich umgehend zu ihrem Vorteil nutzten. Genauso konnte der Spieler sie verärgern, indem er bei einem Einsatz ihre Einrichtungen beschädigte. Wofür er dann wiederum finanzielle Entschädigungen anbieten konnte, um sie gnädig zu stimmen.
Bei dieser Vielfalt wird schnell klar, warum die Gollops, trotz drei neuer Programmierer aus ihrem Freundeskreis, schnell an ihre Grenzen stießen. Darüber hinaus bekam X-COM: Apocalypse, innerhalb seiner dreijährigen Entwicklung, fünf verschiedene Produzenten. Denn Spectrum HoloByte entließ in dieser Zeitspanne unzählige Mitarbeiter und firmierte sich als Microprose neu. Ungeachtet dessen bestand der Softwareriese darauf, erneut sämtliche Grafiken des Spiel anzufertigen. Nach dem finanziellen Erfolg der ersten beiden Veröffentlichungen, wollten sie die Optik deutlich aufbessern. Womit nicht der neue zoombare 640×480 SVGA Modus gemeint war, sondern die Stadt-Landschaft, Fahrzeuge und Außerirdischen selbst. Microprose heuerte einen externen Künstler an, der physikalische Modelle sämtlicher Aliens entwarf, die sie dann fotografierten und einscannten. Dabei verstanden sie jedoch nicht, wie die isometrische Perspektive funktionierte. Was im Endeffekt zu unzähligen Komplikationen und einer generell katastrophalen Zusammenarbeit führte. Julian widerstrebte alles an der Optik des Spiels, abgesehen des Fahrzeug-Designs. Im Nachhinein sah er das gesamte Werk als einen Fehlschlag an. Er bereute es, nicht auf den ersten Auftrag eingegangen zu sein, UFO schlicht mit neuer Optik zu versehen. Nichts desto trotz verkaufte sich X-COM: Apocalypse bei seinem Juni 1997 Release extrem gut. Innerhalb der ersten drei Wochen setzte Microprose bereits 120.000 Exemplare ab, die sich am Ende auf das dreifache des ersten Spiels steigerten.