Ausnahmsweise verlief die Beschaffung des Energiekerns aus dem Atmosphären-Aufbereiter problemlos und beinahe ebenso erfolgreich ging es bei der Rückkehr zum Raumhafen für die Chips zu. Beim Durchkämen des Atmosphären-Aufbereiters erbeuteten die Marines sogar einen geräumigen M577 APC. Doch gänzlich unbemerkt von der Truppe, schlich sich ein Darwin Ära Kultist in die Cheyenne, als diese die Marines aufließ. Kaum kehrte das Dropship in den Hangar zurück, erklomm besagter Kultist den APC und stimmte seine Rede an. Im Namen Marlows offerierte er Cassandras Vater, sich der Darwin Ära anzuschließen. Jonas Harper begegnete dem Eindringling alles andere als mit offenen Armen. Er ließ den Bekloppten in eine Zelle sperren und forderte zu wissen, was sie mit seiner Tochter machten? Worauf dieser verkündete, sie sei der Schlüssel. Durch Cassandra würden sie die Außerirdischen verstehen.
Kaum verließen Jonas und Maeko wieder die Zelle von Dr. Beckers Labor, schlüpfte das Alien Embryo aus dem Kultisten. Ein Ereignis, was Dr. Becker deutlich verzückte.
Direktorin Pryces folgende Nachricht, sie habe den Kontakt zum Rettungsteam verloren, ließ bei Jonas eine weitere Sicherung durchbrennen. Er beschuldigte die Weyland-Yutani Leiterin, mit Marlow unter einer Decke zu stecken. Eine Anschuldigung, gegen die Pryce sich deutlich wehrte. Schließlich sei besagtes Untergrund-Labor, in dem Cassandra gefangen gehalten werde, lange vor ihrer Wey-Yu-Zeit entstanden. Jonas folgender Rettungsversuch spitzte die Lage weiter zu. Offenbar versteckte Marlow sich tatsächlich in dem Labor und ging bei seinen Lautsprecher-Durchsagen persönlich auf ihn ein. Als die Colonial Marines dann im Zellen-Trakt angelangten, nahm der Plot jedoch eine unerwartete Wendung. Um Haaresbreite retteten sie Captain Theo Stern davor, von einem Facehugger besprungen zu werden. Der Anführer von Pryces Söldner-Team schilderte den angeblichen Rettungsversuch gänzlich anders. Denn Pryce entsandte sein Team nicht in dem Sinne zur Befreiung Cassandras. Stern hielt sie nicht Mal für einen Menschen. Ihm wurde aufgetragen die Daten des Cassandra Programms zu extrahieren. Ein Upload, den die Marines tatsächlich durchführten, als sie den vermeintlichen Aufenthaltsort Cassandras erreichten.
Während Maeko auf der Otago die heruntergeladenen Daten analysierte, stolperte Marlow unplanmäßig den Marines in die Arme. Zeitgleich sprang die Selbstzerstörung der Laboranlage an. Was die Squad zum Rückzug zwang. Jonas schritt ihnen bei der Rückkehr an die Oberfläche entgegen. Ein für alle Mal wollte er aus Marlow herausquetschen, wo dieser seine Tochter gefangen hielt. Aber der Wissenschaftler wusste es nicht. Wofür er sich eine Kugel ins Knie einfing und so unabsichtlich offenbarte, ein Synth zu sein. Das erklärte, zumindest wieso er Cassandras Aufenthaltsort nicht kannte. Denn er war lediglich eine billige Kopie. Interessanter an dem Verhör war jedoch, dass nicht Marlow die Selbstzerstörung aktivierte, sondern Direktorin Pryce. In dem Moment, wo die Marines die Projektdaten zur Otago übertrugen, wurden sie alle entbehrlich. Eine Erkenntnis, die Jonas sofort mit Maeko teilen wollte. Doch da war es bereits zu spät. Der Funkkontakt zum Schiff riss ab.
Denn Dr. Becker, Otagos Laborleiter und Xeno-Biologe, stand auf Direktorin Pryces Gehaltsliste. Er deaktivierte sowohl Kommunikations- als auch Verteidigungssysteme und ließ zeitgleich den mittlerweile ausgewachsenen Xenomorph im Schiff frei. Als Maeko den Systemausfall bemerkte, versuchte sie das Schlimmste zu verhindern, indem sie die verbliebenen Marines das Gelände um die Otago sichern ließ. Womit sie die Crew unbewusst dem Alien auslieferte. Erst bei ihrer folgenden Suche nach dem möglichen Saboteur, entdeckte sie zufällig den Xenomorph. Vor diesem flüchtend, lenkte sie das schwarze Monstrum geschickt in den Maschinenraum und vernichtete ihn mit Entladungen des Energiekerns. Nun, wo die erste Gefahr gebannt war, sprintete Maeko weiter zum Hangar, um Becker zu stellen. Woran sie jedoch von Pryces Commandos behindert wurde. Obwohl Maeko keinerlei militärische Ausbildung genoss, sprang sie in den dort parkenden ARC und eröffnete das Feuer auf die Eindringlinge. Die panzerbrechenden 20 Millimeter Geschosse des Geschützes streckte die Eindringlinge in Sekundenbruchteilen nieder. Die Pilotin des Weyland-Yutani Schiffs erwiderte umgehend das Feuer. Aber auch wenn sie Maekos Gefährt traf, besaß ihr Schiff nur halb so viel Feuerkraft. Beim finalen Versuch, dem Kugelhagel vertikal zu entfliehen, durchlöcherte Maeko ihren Körper. Pryces Sabotage-Akt fand sein Ende.
Sergeant Harper verlor zwischenzeitlich, aufgrund seiner ständigen Visionen und der damit einhergehenden Schmerzen, das Bewusstsein. Statt ihm übernahm Captain Stern das militärische Kommando. Mit sechs früheren USCM Touren, war er mehr als fähig, den Schlachtzug gegen seine ehemalige Arbeitgeberin zu leiten. Wie üblich setzte Hunslet sie am Rande von Jackson’s Landing ab. Von da aus arbeitete sich die Squad zum Pharos Spire, dem gigantischen Verteidigungsturm vor und deaktivierten dessen Luftverteidigung. Ohne diese schaltete Hunslet in einem spektakulären Manöver das feindliche Luftschiff aus. Anschließend verabschiedete Maeko sich persönlich von der Direktorin. Obwohl Pryce kein Synth war, hielt Maeko sie für wenig menschlich. Sie verabscheute Pryces geldgierige Denkweise. Auch wenn sie gänzlich dem Weyland-Yutani Kredo entsprach. Nachdem Maeko ihr den Standort von Marlows Basis entlockte, überließ sie die Wey-Yu Leiterin ihrem Schicksal. Während Maeko samt Marines abrückte, erklommen hunderte Aliens den Turm. Eine Arme, deren Angriff Pryce garantiert nicht überstand.
Olduvai, die Mine, in der sie Tage zuvor den ersten Kultisten entdeckten, entpuppte sich als Hauptsitz der Darwin Ära. Doch erst bei diesem zweiten Einsatz, arbeiteten sich die Marines wirklich tief unter die Mondoberfläche vor. Denn dort, Kilometer unter der Erde erhob sich eine uralte, längst vergessene Stadt. Rein zufällig stießen die Minenarbeiter auf sie. Nachdem die Colonial Marines die letzten aggressiven Kultisten niederstreckten, stiegen Theo Stern, Maeko Hayes und Rico Martinez in die außerirdische Stadt hinab, während der Rest den Fahrstuhlschacht sicherte. Was für Schöpfungen dort unten auch immer gelebt hatten, sie schienen bedeutend größer als Menschen gewesen zu sein. Dennoch fielen sie den parasitären Xenomorphs genauso zum Opfer. Denn weite Hallen der Stadt waren mit Eiern der Aliens gefüllt. Neben ihnen waren weitere Marlow-Synth-Kopien die einzigen Wegweiser des Trios. Die Überreste des menschlichen Marlows entdeckten sie dort unten ebenso. Wie das Loch in seiner Brust offenbarte, durchlief er seine angestrebte Evolution.
Es dauerte einige Zeit, bis das Trio eine gigantische außerirdische Statue erreichte, vor welcher Cassandras Gefängnis aufgebahrt war. Eilig befreite Maeko das Mädchen aus dem metallischen Sarg. Was immer in der Statue schlummerte, erwachte im selben Moment. Martinez lernte es als erster kennen. Die menschengroße Zunge des Aliens packte den Soldaten und zog in die Statue. Sofort ergriffen Maeko und Cassandra die Flucht. Stern versuchte ihnen Feuerschutz zu geben, wurde jedoch mit einer schlichten Zungenbewegung bei Seite gefegt. Mit Granatenbeschuss hielten sie sich die Bestie vorübergehend vom Leib. Doch kurz vorm Erreichen des Eingangs, stellte sie das Monstrum. In diesem Moment, als alles ausweglos schien, vernahm Cassandra die Stimme ihres Vaters. Von der Krankenstation der Otago aus, bat er dem Monstrum telekinetisch Einhalt. Zumindest lang genug, damit sie den Frachtlift erreichten. Eine Sekunde später verstarb Jonas Harper. Aber dafür überlebte Cassandra.
Eskortiert von den Marines, kletterten sie an Bord des Dropships und jagten zurück zur bereits gestarteten Otago. Gerade noch rechtzeitig. Denn die nukleare Sterilisation setzte bereits ein. Während Atompilze die Oberfläche des Mondes erleuchteten, durchbrach die Otago den orbitalen Raketenschild. Sie hatten es geschafft. Die Strapazen der vergangen Tage, fanden endlich ein glückliches Ende.