Es entwickelte sich jedoch nicht alles positiv bei id Software. John Romero versank immer mehr in Gameplay der eigenen Spiele und Engine-John fokussierte sich nur noch auf neue Technologien, wofür er versuchte den Rest der Firma auszublenden. Für die Entwicklung seiner nächsten Engine verließ Carmack sogar das Büro bis zur Fertigstellung. So drifteten sie langsam auseinander. Um Carmacks aktuelle 256-Farben-Engine kommerziell erfolgreicher zu machen, mussten sich Künstler Adrian, Creative Director Tom und Leveldesigner Romero auf den Wolfenstein Spin-Off Spear of Destiny für FormGen konzentrieren, während Carmack an der nächsten Generation seiner id-Engine programmierte. Engine-John hatte sich zum Ziel gesetzt ein Rennspiel wie F-Zero für den PC zu realisieren. Somit benötigte seine neue Engine Texturen für den Boden. Er klebte lauter Hitler Portraits von Wolfenstein zusammen und versuchte damit möglichst schnelles Gameplay zu realisieren. Doch seine ersten Experimente wurden eher langsamer als schneller. Mit zusätzlichen Texturen für Boden sowie Decke, unterschiedlich hohen Wänden und auf Distanz dunkler werdenden Lichtern reichte die Engine gerade mal für ein Rollenspiel. Also verkaufte id Software die Technologie an Raven Software. Einem Brüderpaar das gleich nebenan gewohnt hatte, bevor id von Madison nach Dallas umgezogen war. Raven Software machten damit das Rollenspiel Shadowcaster für Origin Systems und id verdiente indirekt mit.
Spear of Destiny erschien am 18. September 1992 und bei id flatterten dafür nun monatlich weitere 150.000$ Checks herein. Andere Firmen drängten ebenfalls darauf id’s Engine für ihre eigenen Spiele nutzen zu dürfen. Id lizenzierte die Wolfenstein-Engine sogar an Wisdom Tree, die damit die Geschichte von Noahs Arche erzählen und statt Waffen Äpfel und Gemüsearten auf Tiere werfen wollten. Außerdem klopfte ein alter Bekannter an die Tür. Nintendo, die id’s Mario Bros Plan abgelehnt hatten, boten ihnen 100.000$ für eine Portierung des äußerst brutalen Wolfenstein 3D auf das Familienfreundliche Super Nintendo. Natürlich mit Abstrichen. Weniger Blut und Ratten statt Hunden. Für diesen Job heuerte id Software Bill Heineman an, der bisher Apple 2 Spiele aufs SNES portiert hatte. Bill arbeitete zu der Zeit jedoch hauptberuflich für Interplay, wodurch die einen Interessen Konflikt sahen und die fertige Wolfenstein 3D SNES Konvertierung rechtlich ihnen gehört hätte. So viel die Arbeit der Portierung ebenfalls wieder auf Engine-John zurück.
Unter id Softwares nächstem Spiel stellten sich Kevin und Tom eine Fortsetzung der Commander Keen Reihe vor. Kevin hingen die Nazis zum Hals raus und Tom hätte gerne Keen in 3D gesehen. Aber wie üblich im Hause id, hatten die Johns das letzte Wort. Sie überlegten stattdessen die Filmrechte für Alien zu lizenzieren, wollten sich aber nichts von Fox diktieren lassen. Das Brainstorming endete mit einer Mischung aus Tanz der Teufel Dämonen und Alien-mäßigen High-Tech-Waffen. Inspiriert von Martin Scorsese’s The Color of Money nannte Carmack es: Doom.
Creative Director, Tom Hall wollte mit Doom eine Geschichte erzählen. Ähnlich wie bei Alien sollte sie mit einer Kolonie, in dem Fall auf dem Mond, beginnen und mit der Zeit immer gruseliger werden. Wie bei der Spieleentwicklung eigentlich üblich, verfasste Tom ein umfangreiches Design Dokument für die Entwicklung von Doom. Aber Romero hielt schon eine Story für überflüssig. Seiner Ansicht nach war die genau so wichtig wie in einem Porno. Für Romero reichte es, wenn der Spieler einfach die ganze Zeit Angst hatte. Er brauchte nicht langsam an den Grund dafür herangeführt werden.
Was für Carmack und Romero wichtiger wurde, war Netzwerkunterstützung, damit Spieler gegeneinander antreten konnten. Diese von Carmack erdachten Deathmatches, hielt Romero für die größte Erfindung seit dem Scrolling!
Als es zum Leveldesign kam, folgte Tom als einziger seinem Design Dokument. Engine-John hatte ihn gebeten Militärbasen zu studieren, um ein entsprechend aussehendes Layout der Level zu erzeugen. Doch das Ergebnis von Toms Arbeit gefiel Carmack nicht. Romeros anschließend angefertigte Alternativversion sah um Längen besser aus. Effektiv verwarfen die Johns alles was Tom an Doom machte. So suchte der sich eine Freundin und verbrachte nur noch die nötigste Zeit im Büro. Weshalb Carmack ihn wiederum feuern wollte. Romero sprach sich zwar dagegen aus, aber eine Abstimmung des Teams beschloss das Urteil. Ein Verfahren was die verbleibenden Gründer nun für jede große Geschäftliche Entscheidung anwenden wollten. Statt Tom holten sie Sandy Petersen von Mircoprose ins Boot, dem es tatsächlich gelang noch unterhaltsamere Level als John Romero zu designen.
Aus technischer Sicht fixte Engine-John diverse Bugs und optimierte die Shadowcaster-Engine, wodurch sie für Doom doppelt so schnell wurde und obendrein endlich nicht nur 90° Winkel darstellte, sondern auch Oktagonförmige Räume zuließ.
Neben all dem hatte Romero von seinem Bekannten Shawn Green, der bei Apogee arbeitete, gehört, dass deren Firma gar nicht mehr in der Lage waren die Unzähligen Bestellungen der id Spiele zu handeln. Ihre Telefonleitungen und Personal reichten dafür schlichtweg nicht aus. Etwas das die Johns gar nicht gerne hörten. Ihnen entging Gewinn, weil Apogee nicht fähig genug war. Sie testeten es aus und kamen tatsächlich telefonisch nie zu Apogee durch. Deshalb ließen sie Apogee ebenso zurück wie Softdisk, FormGen und Tom. Sie suchten sich keinen neuen Partner, sondern benutzten einfach Apogees Shareware-Prinzip selbst weiter und verbreiteten Doom für 40$ über Universitätsserver. Es interessierte sie nicht, ob die Retailer die Shareware Demos verkauften oder umsonst rausgaben. Hauptsache sie verbreiteten große Mengen davon. Als id Software Doom am 10. Dezember 1993 auf den FTP-Server der University of Wisconsin luden, versuchten Zehntausende anschließend auf den Server zu kommen. Aber nicht nur die FTP-Server wurden lahm gelegt. Durch Deathmatches gingen die gesamten Universitätsnetzwerke in die Knie, weil sämtliche Studenten nur noch Doom spielten. Das wurde zu einem derart großen Problem, das sämtliche Netzwerkbetreiber begannen Doom zu verbannen. Obwohl nur 1% der Shareware-Spieler tatsächlich Doom kauften, verdiente id vom Release Tag an, 100.000$ pro Tag. Zusätzlich begann Carmack Doom für sämtliche verfügbaren Systeme zu portieren, bis hin zum Atari Jaguar, was id jeweils 250.000$ einbrachte und Universal Pictures kaufte obendrein die Filmrechte für Doom.