Ron Chaimowitz kam eigentlich aus der Musikindustrie und wollte das Prinzip, was er dort gelernt hatte, auf Software anwenden. So trat er als Publisher Good Times Interactive an id Software heran und überredet sie ihm eine Retail-Version von Doom zu machen, gleiches Prinzip nur neue Level, die GT Interactive als Doom 2 verkaufen konnte. Er versprach id mindestens 500.000 Verkäufe. Für id machte es vollkommen Sinn. Sie waren genauso bei Wolfenstein verfahren. Also machten sich Romero und Co daran die Doom-Engine ausschlachten, während Carmack eine neue schrieb.
Doom 2 verkaufte später drei Millionen Exemplare, aber bevor diese offizielle Retail Version erschien spielten bereits 20 Millionen Spieler Doom. Im August 1996 gab es mehr PCs mit Doom als mit Windows 95! Der Ego-Shooter wurde zu einem immensen Phänomen. Was unter anderem auf zwei Dinge zurück zu führen war. Als Engine-John gesehen hatte, wie Fans Spieldateien von Wolfenstein überschrieben, um ihren eigenen Content zu implementieren, hatte er die Spieldateien für Doom leichter austauschbar gemacht und den Source-Code für Level-Editor und Utility Programme online gestellt, wodurch eine gewaltige Modding-Community entstand und Doom-Variationen im Star Wars Universum und anderes entstand.
Der zweite Faktor wurden die Death-Matches. Zusätzlich zu Carmacks Netzwerkmodus hatte der ebenfalls aus Texas stammende Bob Huntley Dwango programmiert. Einen Online-Matching-Service, mit dem Spieler von über all sich per Telefon in Doom duellieren konnten. Doch schon der normale Doom-Netzwerkstandard löste einen unglaublichen Hype aus. Im Sommer 1994 entstand das erste offizielle Doom Turnier, zu denen der gerade mal 26-jährige Meister, John Romero, selbst antrat. Romero rückte damit immer mehr ins Licht der Öffentlichkeit, gab Interviews und trieb den Doom Erfolg noch mal so richtig an. Wie zuvor bei den anderen Spielen, versuchte er das Maximum aus dem aktuellen id Spiel heraus zu schlagen. Er lizenzierte die Doom Engine erneut an Raven Software und beaufsichtigte die Entwicklung von deren Spielen Heretic und Hexen. Zusätzlich an Rogue Entertainment für Strife. Außerdem schuf Romero eine Community für diese Spiele. Bis Januar 1995 bezahlten 10.000 Leute 8,96$ pro Monat, um Dwango nutzen zu können. Dwango verdiente somit 1 Million US Dollar mit nur einem Server. Deshalb handelte Romero eine Beteiligung für id aus und installierte weitere Server für Doom, Heretic, Hexen usw.
Obwohl Romero aus der Sicht der Meisten alles richtig machte, hielt Carmack die Dwango Sache für eine beknackte Idee. Schlimmer noch, er sah, dass Romero die meiste Zeit nicht im Büro war und wenn er da war, war er in Death Matches mit den Arbeitskollegen vertieft. Doom 2 lag hinter dem Zeitplan zurück und Carmack war mit der nächsten Engine beschäftigt. Weshalb er einen weiteren Leveldesigner, in Form von American McGee einstellte, der die Doom 2 Level zusammen mit Sandy Petersen vollendete.
Bei der Portierung von Wolfenstein fürs Super Nintendo hatte Carmack etwas neues gelernt, eine Binary Space Partitioning genannte Technik. Seine neue Engine sollte auf Basis dieser BSP Technik agieren. Doch dafür brauchte Carmack Ruhe und an die war bei dem Death-Match-Getöse nicht zu denken. Deshalb änderte er seine Arbeitszeiten. Carmack kam um 4 Uhr Nachmittags ins Büro und ging um 4 Uhr Morgens wieder. Das Ziel für seine neue Quake Engine war schwerer zu erreichen, als er erwartet hatte. Die Engine sollte beliebig aussehende 3D Welten darstellen können und gleichzeitig Internet Matches bieten. Er begann wie üblich mit Forschung und investierte tausende Dollar in Bücher und akademische Unterlagen. Zu seiner Enttäuschung stand ihm sein ehemaliger Freund Romero dabei nicht mehr helfend zur Seite. Er brauchte einen neuen Programmierer, der ihn bei seiner Arbeit unterstützte und ihn wie Romero verstand. Carmack fand diesen neuen Freund in Michael Abrash. Dem Autor eines Buches für Computergrafikprogrammierung. Abrash arbeitete zwar für Microsoft, aber als der hörte was Carmack zu realisieren versuchte, kündigte er bereitwillig seinen Job und kam zu id.
Jedes bisherige id Spiel hatte damit begonnen, das Carmack den anderen erklärte, was seine neue Engine konnte und Romero hatte dann die Führung für die eigentliche Spielentwicklung und Programmierung von Tools für die Entwickler und ähnlichem übernommen. Aber als der Punkt bei Quake erreicht war, war Romero nicht da. Sowohl die Level-Designer als auch Künstler wussten nicht was sie machen sollten. Design Dokumente gab nicht, weil die Johns Tom Hall gefeuert hatten und Engine-John brauchten sie zum Game-Design gar nicht erst befragen. Deshalb ging Level-Designer Sandy-Petersen eines Abends in Carmacks Büro und beschwerte sich über Romero. Obwohl Carmack überzeugt war, sein einst bester Freund würde sich schon wieder fangen, schrieb er an dem Abend ein Programm, welches Romeros Arbeitszeiten festhielt. Einige Wochen später konfrontierte Carmack Romero mit dem erschreckenden Resultat und drängte sogar auf eine Abstimmung zum Rauswurf von John Romero. Die Mehrheit war zwar dagegen, es führte aber zu einer Gehaltskürzung für Romero. Das obwohl Romeros Nebenprojekte der Firma ebenso viel einbrachten wie Carmacks Engine-Entwicklung selbst. Zusätzlich waren die Johns sich erstmalig uneinig über das Design-Ziel von Quake. Carmack wollte das bisherige Doom-Waffen-Konzept für Quake beibehalten, während Romero etwas neues mit mehr Fantasy-mäßigen Waffen vorschwebte. Carmacks Idee gewann, weil das Team ohnehin darauf erpicht war ein Doom 3 zu machen. Für Romero war das der Anfang vom Ende. Er dachte bereits über seinen Abschied von id nach. Trotz Romeros nun wieder etwas gesteigerter Büro-Anwesenheit, stellte id einen neuen Mitarbeiter ein. Tim Wilits kam aus der Doom Mod Community und sollte das Team beim Level-Design von Quake unterstützten. Aus Carmacks Sicht wurden Tims Quake Level besser als Romeros und das verkündete er lauthals, in dem er bestimmte, die Level würden statt Romeros in die Demo des Spiels kommen. Für Romero war es der entscheidende Funke. Er rief an Tom Hall an und erzählte dem, dass ihn das gleiche Schicksal ereilt hatte. Tom arbeitete mittlerweile für 3D Realms was aus Apogee entstanden war und dort an einem Doom ähnlichen Shooter namens Prey. 3D Realms produzierte neben Prey haufenweise Doom ähnliche Spiele wie Duke Nukem 3D, was viele bereits als Doom-Killer ansahen. Romero besprach an dem Abend id nach Quake zu verlassen und mit Tom eine neue Firma zu gründen.
Id Software selbst waren nicht die einzigen, die von Doom profitiert hatten. Das Spiel und seine Partnerprodukte (Heretic, Hexen, Strife usw.) hatten die GT Interactive Verkäufe von 10 Millionen auf 340 Millionen Dollar anwachsen lassen, wodurch die Firma im Dezember 1996 sogar an die Börse ging. Ihr Schätzwert belief sich auf 638 Millionen US Dollar. Was in einem unverschämten Angebot resultierte. GT Interactive, die Firma, welche durch id groß geworden war, wollte sie für 100 Millionen aufkaufen. In ihrer Laufbahn hatte id schon Leute für viel weniger verrecken lassen, also entschieden sie GT Interactive zu vernichten. Das viele Jahre zuvor erfolgreiche Shareware-Konzept war bis Ende 1995 quasi ausgestorben. So dachte sich GTIs Chef, Ron Chaimowitz, nichts dabei, als id Software die Shareware-Rechte von Quake behalten wollte. Vom Ergebnis dieser Entscheidung erfuhr GT Interactive erst aus der Zeitung, als es bereits zu spät war. Id lieferte Shareware-CD-ROMs von Quake mit einer kodierten Retail-Version aus, die für 9,95$ zu haben war. Für zusätzliche 50$ lies sich Quake so freischalten und id untergrub so den gesamten Verkauf von GT Interactive. Finanziell war es kein so großer Erfolg wie id geplant hatte, denn findige Hacker schrieben schnell Key-Generator für die Quake CDs. Aber für GT Interactive war das Quake Geschäft gelaufen.