Mit einem nagelneuen Pentium 100 Rechner auf einem 39$ Picknick-Tisch begann Chris Tage später die Programmierung eines PolyMesh Bodens. An diesem dreidimensionalen Gelände konnte er wie in Populous Punkte greifen und mit Auf- oder Abwärts-Bewegungen seine Wunschkarten formen. Sie sollten eines Tages die 3D Einheiten des fertigen Spiels beheimaten.
Parallel dazu suchte Ron künstlerische Unterstützung für Chris. Welche er auch relativ schnell bei Square Soft fand. Square Japan war damals für JRPGs wie Final Fantasy (VI), Breath of Fire oder Secret of Mana bekannt gewesen. Bis 1994 übersetzte deren amerikanische Zweigstelle in Seattle lediglich Super Nintendo Spiele ins Englische. Doch als Secret of Mana zum Kassenschlager avancierte, durfte das Redmonder Square Soft Team ihr erstes eigenes JRPG mit einem amerikanischen Style designen: Secret of Evermore. Ungeachtet gelungener 80% Wertungen, erschien das Spiel jedoch erst zum Ende der SNES Laufzeit. Was die Verkaufszahlen geringer als prognostiziert ausfallen ließ. Aufgrund des Playstation Releases, ein Jahr zuvor, beabsichtigte Square deshalb zu Sonys neuer Konsole zu wechseln. Eine Plattform die primär auf 3D Grafiken setzte. Infolgedessen spendierte Square Soft sämtlichen Mitarbeitern Silicon Graphics Workstations, zum Schulen ihrer 3D Fähigkeiten.
Das gesamte Square Soft Team war damals ähnlich verliebt in Echtzeitstrategiespiele wie Chris. Besonders WarCraft II begeisterte sie. Weshalb die Truppe als Folgespiel ihres RPGs ein RTS namens „Alien Reign“ entwickelten, was Activisions späteren Dark Reign erstaunlich ähnlich werden würde. Das Projekt kam jedoch nie über seine Prototypen-Phase hinaus, da Square Soft die Niederlassung schloss und in Los Angeles eine neue eröffnete. Für Humongous Entertainment bedeute es jedoch, dass ihr Projekt von deren Arbeit profitieren konnte. Ron heuerte im ersten Schritt Clayton Kauzlaric an, den leitenden Künstler der beiden Square Soft Spiele. Clayton entpuppte sich als die ideale Ergänzung zu Chris. Neun Monate lang vervollständigten sie den visuellen Style ihres Spiels und brainstormten in den Morgenstunden zusammen mit Ron über kommende Features. Ron spielte damals mit Begeisterung Command & Conquer: Red Alert, meisterte deren Einheiten im Handumdrehen und suchte daraufhin neue Herausforderungen. Weshalb einer seiner frühen Einfälle, wöchentlich erscheinende Einheiten waren. Während es Ron darum ging, Käufer wie Kinder mit neuen Spielzeugen zu locken, machte diese Idee ihr RTS zu einem der wenigen, das sich bis heute größter Beliebtheit erfreut. Denn genau deshalb entwarf Chris ein parametrisiertes Kampfsystem, das wie Hardball 2 beliebige Datensätze einlas und so eine schier endlose Erweiterung des Spiels zuließ.
Zu Beginn von Chris Programmierung beabsichtigte er, aufgrund der Rechenleistung damaliger PCs, lediglich Gelände und Fahrzeuge in 3D zu berechnen. Gebäude und menschliche Einheiten sollten wie in Command & Conquer zweidimensional werden. Aber 3Dfx’s und Nvidia’s Etablierung von 3D-Beschleuniger Karten, änderte nicht nur das, sondern ließen das Trio ebenfalls im Glauben, bis zum Erscheinen ihres Spiels, würde jedes neue Echtzeitstrategiespiele dreidimensionale Einheiten einsetzen. Deshalb musste ihr Indie-Studio-Game sich durch andere Features von der Konkurrenz abheben. Daraus resultierte ein völlig neues Gameplay. Resourcen wurden nicht in Geschwindigkeit der abgestellten Einheiten abgebaut, sondern im ständig gleichen Tempo. Sobald eine Rohstoffquelle erschlossen war, definierte hauptsächlich die Bauzeit das Gameplay. Diese lief normal ab, wenn die Fabriken etwas produzierten. Parallel konnte jedoch der Commander ebenso alles erzeugen. Was sich in höheren Kosten, aber deutlich schneller Bauzeit niederschlug. Der Commander war gewissermaßen die Repräsentation eines Königs oder Königin des Schachs. Starb er, war die Partie verloren. Gleichzeitig verfügter er jedoch ebenso über herausragende Kampffähigkeiten. Damit endete Chris und Claytons Ideenvielfalt jedoch noch nicht. Sie überlegten sich ebenso Befehlsketten. Per Shift-Click ließen sich Routen oder Aufgaben definieren. Was Patrouillen und Angriffswellen automatisierte. Ebenso ausschlaggebend fürs Kampfgetümmel war Waffenfeuer auf der Mini-Map, damit der Spieler sofort sah, wo die Action stattfand. Darüber hinaus bekam ihr Spiel eine deutlich ausgewogene Wasser- und Luftstreitmacht, gegenüber den typischen Land basierten Einheiten. Denn besonders die C&C Reihe vernachlässigte diesen Punkt stark. Aber der vermutlich größte Unterschied in Bezug auf die Einheiten war deren Feuerkraft. In Westwood Studios oder Blizzard Entertainments Spielen, variierte die Reichweite der Einheiten vom Nahkampf bis zum Bildschirmrand. The Realy Cool Wargame bekam Artillerie Einheiten, die über die gesamte Karte feuern konnten.
Für derartige Gameplay Innovationen sollte das Spiel später von der Presse gelobt werden. Die größte Kritik erhielt es hingegen für das Fehlen einer tiefschürfenden Story. Was einzig und allein dem kleinen Budget zu Verschulden war. Alle großen Spiele der damaligen Zeit, erzählten ihre Geschichte für gewöhnlich durch FMV-Sequenzen mit B-Movie Darstellern vor gerenderten Hintergründen. Doch mit ihrem 1,1 Millionen Dollar Budget fürs gesamte Spiel, konnten sich Chris und Clayton so etwas nicht leisten. Weshalb das fertige Spiel einige kurze Render-Sequenzen der Einheiten-Modelle erhielt. Chris und Claytons erste Idee war jedoch gewesen, ein Gefecht der beiden Commander in ihrer humanoiden Form zu zeigen. Sie sollten Klone der gleichen Petrischale sein. Weshalb die ersten Symbole beider Fraktionen auch ein Reagenzglas und ein Erlenmeyer Kolben waren. Clayton schrieb daraufhin an einem Wochenende, das Storyboard einer Weltraumschlacht zweier Raumschiffe zusammen. Die Schlacht sollte damit enden, dass beide Kommandanten auf einem außerirdischen Planeten strandeten. Doch ihnen wurde relativ schnell klar, dass diese Einleitungssequenz ihr Budget sprengen würde. Dieses Brainstorming regte aber ebenso die Namensfindung der Fraktionen an. „The Syndicate“ oder „The Corporation“ waren ihre Favoriten für die Bösen. Was Chris letztlich auf „The Core“ verkürzte. Clayton taufte die Guten daraufhin „The Arm“, lediglich weil es sich seiner Meinung nach gut anhörte. Auf Basis dieser schrieb er einen kurzen Plot, der laut Chris „ein paar gute Jungs, ein paar Böse und einen Grund für die Kämpfe“ enthielt. In dieser Story fand die Menschheit einen Weg ihr Bewusstsein in Maschinen zu transferieren, was zu einem Krieg führte, der Millionen Welten zerstörte. Die Inspiration dafür bezog Clayton aus Iain Banks „Feersum Endjinn“ und Greg Egan’s „Permutation City“. Den Basenbau durch Nanotechnologie stützte er hingegen auf „Queen of Angels“ von Greg Bear und „Diamond Age“ von Neal Stephenson. Diese Story resultierte außerdem im finalen Titel des Spiels: Total Annihilation.
