Ungeachtet des finanziellen Erfolges von Humongous Entertainments Spielen, stand Clayton weiterhin kein achtstelliges Budget für CGI Sequenzen zur Verfügung. Es gelang ihm jedoch Ken Melville für die Adaption seiner Story zu einem professionellen Skript zu gewinnen und weitere Zeichner für die visuelle Umsetzung dieser anzuheuern. Das nunmehr 35-köpfige Team war hoch erfreut nach zwei Jahren futuristischer Roboter Fabelwesen gestalten zu dürfen. Verglichen mit dem parallel entstehenden StarCraft, gingen die 48 Missionen der Total Annihilation Kingdoms Kampagne einen alternativen Weg. Während StarCraft die Kampagnen der drei Rassen nacheinander zu einer fortlaufenden Geschichte verband, verflechtete Kingdoms die vier Völker zu einer überspannenden Geschichte aus unterschiedlichen Perspektiven. So musste der Spieler in einer Mission einen Brückenkopf errichten und im folgenden Szenario, ihn mit der gegnerische Partei wieder vernichten. Dem Spieler wurde nie langweilig. Er erlernte die steigenden Technologien mit jeder Fraktion im gleichen Tempo. Ähnlich wie Blizzards Strategiespiel, beschritt Total Annihilation Kingdoms ebenfalls den Weg gänzlich unterschiedlicher Einheiten und Basen für die Fraktionen. Aramons Reich der Erde, stützte sich auf traditionelle mittelalterliche Einheiten. Von Bogenschützen über Kavallerie bis hin zu Katapulten, samt den typischen Burgen. Deren Verbündete, das ebenfalls Technologie-gestützte Wasserreich Verunas, setzte sich auf Harpunenschiffe, Musketiere, Zeppeline und Meeres Forts. Die befeindeten Luft und Feuer Königreiche praktizierten hingegen überwiegend Magie. Feuer-Magier Lokken von Taros kommandierte Wetter-Hexen, Priester auf fliegenden Teppichen und Horden von Untoten. Zhons Luft-Einheiten gingen sogar noch einen Schritt weiter. Neben Greifen, Trollen und Harpyien verfügten sie über keinerlei Gebäude. Die ständig in Bewegung bleibende Armada beschwor selbst weitere Ableger. Alle samt vereinte lediglich ein gewaltiger Drache und selbstverständlich die heldenhafte Anführer-Figur mit ihren übermenschlichen Kräften. Als kleines Gimmick am Rande versah Clayton die Luft-Einheiten mit Namen seiner Familie. Die Bestätigungssound sämtlicher Zhon Untertanen waren verzerrte Namen seiner Verwandten, ausgesprochen mit einem wirren Akzent.
Während das futuristische Total Annihilation darauf setzte, mit der Einheiten-Flut möglichst viel Schaden anzurichten und zu absorbieren, kehrte Total Annihilation Kingdoms zu den Echtzeit-Strategie-Ursprüngen zurück. Es fokussierte sich auf definiertes Gameplay, durch weniger Einheiten mit multiplen Funktionen. Wobei anzumerken sei, dass Cavedogs Mannschaft das Balancing zum Release bei weitem nicht so gut gelang wie z.B. Blizzard Entertainment. Doch auch dafür hatte Cavedog einen Plan. Zwei Monate vor dem Spiel Release starteten die Boneyards. Gewissermaßen Cavedogs Gegenstück des Battle.net’s. Schließlich befanden wir uns noch in der Grundschulzeit des Internets und Online-Spiele bedurften eines geeigneten Matching-Services. Die Boneyards kümmerten sich nicht nur darum, sie etablierten Spiele-Ligen, neue Spiel-Modi und ebenso neue Einheiten. Cavedog Entertainment plante die Boneyards für sämtliche zukünftigen Spiele auszubauen und so auf Dauer einen Treffpunkt für ihre gesamte Produktpalette anzubieten.
Die Pre-Production von John Cutters zweitem Projekt begann bereits ein Jahr vor dem Total Annihilation Release. Da es ein First Person Thriller werden sollte, bedurfte es jedoch einer komplett neuen Engine. Was die Entwicklungsspanne deutlich steigerte. John schrieb das gesamte Konzept zusammen mit Greg MacMartin, welcher zuvor Radix: Beyond the Void für Neural Storm Entertainment und das inoffizielle Quake Erweiterungsset Aftershock designte, bevor er das Game Design Document für relic Entertainments Homeworld schrieb. Greg war überzeugt, dreidimensionale Welten, könnten mehr bieten, als stupide Baller-Orgien, wie sie jeder Ego-Shooter bis kurz vor der Jahrtausendwende umsetzte. Womit er sich auf id Softwares typische Spiele bezog, die ihre Handlung durch drei Sätze im Handbuch schilderten. Valve’s Half-Life, was Amen konzeptionell sehr ähnlich werden sollte, war zu dem Zeitpunkt noch zwei Jahre vom Debüt entfernt. Greg’s Ausgangsszenario für Amen: The Awakening beschrieb ein Nordamerika der Zukunft. An Heiligabend 2032 drehte exakt ein Drittel der Weltbevölkerung durch. Diese Afflicted streiften mordend durch die Städte. Was in weltweiter Anarchie resultierte. Wenige Monate später, begannen Militär-Organisationen Sicherheitszonen für die Nicht-Infizierten zu errichten. Der European Resistance Organization gelang dieser Schachzug. Ihr amerikanisches Gegenstück hatte weniger Glück. Die Afflicted arbeiteten sich systematisch von der Westküste nach Osten durchs Land. Nichts hielt sie auf. Deshalb entsandte die ERO ein britisches SAS Team nach Nordamerika. Der Spieler nahm als Bishop Six an diesem Einsatz teil. Er erlebte zu Spielbeginn beim Awakening, wie seine Frau und Tochter hingerichtet wurden und musste herausfinden was dahinter steckte? Eine Art biologischer oder chemischer Kampfstoff? Oder tatsächlich das von der Bibel prophezeite Armageddon?
Greg wollte Spieler von Dark Forces, Jedi Knight oder Duke Nukem 3D ebenso anziehen wie Gamer, die normalerweise nicht derartigen Spielen kauften. Weshalb Amen auch alternative Lösungswege zum Töten bieten sollte. Das erforderte selbstverständlich durchdachte Umgebungen und interessante mit der Story verbundene Aufgaben. Greg schrieb kleine Rätsel, die logisches Denken erforderten, wie z.B. Container mit Kränen zu verschieben, um dadurch ein Gebiet mit Wasser zu fluten und dachte sich Resourcen Management aus. Das der Spieler also beispielsweise Energie sammeln musste, um entsprechendes Equipment betreiben zu können. Gleichzeitig sollte es aber ebenso packende Action-Sequenzen geben, wie das fallende Schiff aus Jedi Knight oder eben den Black Mesa Unfall.
Innerhalb eines halben Jahres hielten Greg und John das gesamte Desgin, von der Story, über Ausrüstung bis zum Interface, auf Papier fest. Was sie anschließend Jon Mavor für die Konstruktion der Amengine vorlegten. Schließlich umfassten die Level Dinge wie Flughäfen, U-Bahn-Tunnelsysteme, Militärbasen oder einen Flugzeugträger in Originalgröße. Der Spieler sollte sie frei erkunden und im Falle des Flugzeugträgers sogar auf den Meeresboden tauchen können. Features, die bei damaligen 3D Engines nicht an der Tagesordnung waren. Parallel dazu ließen sie Screen Writer Christopher Null die Geschichte zu einem spannenden Skript mit zwölf Akten adaptieren. Ende 1998 heuerte Cavedog dann erfahrene Quake Modder und Level-Designer der Cyberlore Studios sowie Lobotomy Software für die Level an. Act Designer Wright Bagwell, der selbst aus Pittsburgh stammte, nahm seinen Heimatflughaufen als Vorlage für den des Spiels. Da dieser erst 1992 errichtet wurde, zählte er zu einem der modernsten und Kollegen die ihn ohnehin passierten, schossen unzählige Fotos des Pittsburgh International Airport. Cavedog organisierte ebenso eine Tour durch den Flug-Kontroll-Turm des nahegelegenen Seattle-Tacoma Flughafens, um ein Feeling für die Vorgänge hinter den Kulissen zu bekommen. Denn Bishop Six sollte am Flughafen einen wichtigen Gegenstand finden und daraufhin etwas zum Entschärfen suchen. Dabei durften die Räume nicht wie in Quake & Co schlicht mit Kisten, Munition und Gegnern gefüllt sein, sondern realistische Umgebungen mit sich unterhaltenden Wachleuten, Mülleimern, Büropflanzen und dergleichen bieten. Aber die Programmierung der Amengine lief schleppender ab als erwartet und so entließ Cavedog Entertainment im Verlauf von 1998 bereits wieder zahlreiche Level-Designer.
