Interplays Geldprobleme hatten zwischenzeitlich weitere Folgen für das Studio. Die einst für das Forgotten Realms und Planescape Setting geltende Dungeons & Dragons Lizenz, wurde nun ausschließlich auf Baldur’s Gate und Icewind Dale Spiele beschränkt. Wodurch Josh Sawyer, Projektleiter von Jefferson entscheiden musste, in welche Nische er sein, in den Talländern angesiedeltes Spiel quetschte. Aus Jefferson wurde Baldur’s Gate 3: The Black Hound. Positiv war jedoch zu vermelden, dass Chris Jones nach der Fertigstellung von Arcanum für Troika zu Black Isle zurückgekehrt war und bereits eine neue 3D Engine für das Projekt schrieb. Die ähnlich wie BioWares Vorbild rundenbasierende Regeln in pausierbaren Echtzeitkämpfen abspielte. Selbstverständlich auf Basis der 3rd Edition D&D Regeln. Baldur’s Gate 3 war in sämtlichen Belangen ein traditioneller Nachfolger der BioWare Spiele. Mit einem vom Spieler erstellten Hauptcharakter und weiteren Gruppenmitgliedern, die sogar einen eigenen Willen entwickelten, wodurch sie unspielbar werden konnten und den Spieler wieder verließen. Die Geschichte begann mit einer Gruppe Plünderer, die den schwarzen Hund, einer gewaltige Bestie, zufällig in die Arme des Spielers trieben und dort erlegten. Von dem Moment an erschien der Black Hound dem Spieler jedes Mal, wenn dieser auf jemanden mit großen Schuldgefühlen traf. Letztlich fand der Spieler heraus, dass eine von Schuld geplagte Bäuerin ihren Mann von den Toten zurück geholt hatte, ihn das jedoch zum Monster werden ließ. Dieses Monster ernährte sich von der absorbierten Schuld des Black Hounds. Die Bäuerin war daraufhin zur Anführerin der Plünderer geworden, womit sich der Kreis schloss. Baldur’s Gate 3 sollte zu Weihnachten 2003 ausgeliefert werden und war bereits zu 80% fertig, als Interplay die D&D Lizenz weiter reduzierte. Sie war nun lediglich auf Konsolenspiele mit dem Titel Baldur’s Gate beschränkt.
Das Black Isle Studio hatte nahezu alles verloren, an dem sie gearbeitet hatten. Sie rafften sich jedoch ein letztes Mal auf und setzten das, was ihnen noch blieb, zu einem neuen Projekt zusammen. Die Jefferson Engine verschmolz mit dem Fallout Franchise und die Entwicklung von Van Buren begann. Fallout 3 mit einem dualen Kampfsystem, bei dem der Spieler zwischen rundenbasierenden und Echtzeit-Kämpfen wählen konnte sowie dem typischen SPECIAL Charaktersystem. Van Buren versetzte den Spieler in die Zelle eines Gefängnisses, aus dem er durch einen Angriff dritter ausbrach. Gejagt von Robotern erkannte er nach der Flucht, dass er aus einem anderen Gefängnis geflohen war, als er zuvor gefangen war. Er war nun im Südwesten der USA, an der Grenze zur New California Republic.
Während Black Isle an ihrem Fallout 3 arbeitete, werkelte ein weiteres Interplay Programmiererteam parallel an einem anderen Fallout Titel: Fallout: Brotherhood of Steel
Im Zuge von Interplays Bedürfnis, auf dem Spielkonsolenmarkt Fuß zu fassen, hatte Black Isle nebenbei die Snowblind Studios unterstützt, ein Diablo ähnliches Action-Rollenspiel im Forgotten Realms Setting zu entwickeln. Baldur’s Gate Dark Alliance erschien bereits im Dezember 2001 für Playstation 2 und Xbox. Da es allein auf der PS2 mehr als eine Million Exemplare verkaufte, beauftragte Herve das Black Isle Team mit der Entwicklung eines Nachfolgers. Baldur’s Gate Dark Alliance II und Fallout: Brotherhood of Steel wurden die letzten Titel, die Interplay veröffentlichte bevor sie Konkurs anmeldeten. Die Snowblind Studios verklagten Interplay für die Produktionen, weil sie deren Engine ohne Genehmigung benutzten.
Feargus Urquhart hat die Black Isle Studios, zusammen mit seinen treusten Mitarbeitern, bereits ein dreiviertel Jahr zuvor verlassen. Nach dem Verlust der D&D Lizenz für Baldur’s Gate 3 hatte er Herve vorgeschlagen, das Studio mit samt seiner Lizenzen für 20 Millionen an eine andere Firma zu verkaufen. Doch von Herve bekam er nur zu hören, dass Black Isle nichts mehr Wert sei.
Wenige Monate später gründete Feargus Urquhart zusammen mit seinen Black Isle Studios Kollegen Chris Avellone, Chris Parker, Darren Monahan und Chris Jones Obsidian Entertainment, die nun seit 14 Jahren sehr erfolgreich Rollenspiele herausbringen. Eines ihrer frühen Projekte war Fallout: New Vegas, das viele Aspekte von Van Buren wiederverwertete und allein auf PS3 und Xbox 360 mehr als sieben Millionen Exemplare verkaufte.