Als Populous 2 1991 für den Amiga und Atari ST ausgeliefert war, begann Glenn Corpes mit PC Grafiken herum zu spielen. Die Maschinen zeichneten Polygone 20 mal schneller als der Amiga. Glenn lernte wie Gouraud shading funktionierte und setzte eine Demo zusammen, in der man durch die Fraktal generierten Landschaften von Powermonger fliegen konnte. Kurz darauf sah er id’s Wolfenstein 3D sowie Looking Glass‘ Ultima Underworld und ihm wurde klar, dass Texture Mapping nur eine Art 2D Gouraud Shading war. So verwandelte sich seine Demo in eine echte Landschaft. Aber da keiner bei Bullfrog ein Fan von Flugsimulationen war blieb es zunächst dabei.
Als Peter im folgenden Jahr von der E3 aus den Staaten zurück kam, wollte er ein Spiel wie Doom haben und so wurde der beinahe Flugsimulator mit einer Fliegender Teppich Inspiration von Peter zu Magic Carpet. Sean war gerade mit seinem Syndicate fertig geworden und wurde Director, Designer und Programmierer von Magic Carpet in einem. Er fügte Glenns Engine die KI Routinen von Syndicate hinzu und das Spiel war in den Grundzügen bereits fertig. In den nächsten viereinhalb Monaten entstanden 50 Level, unzählige Magische Angriffe mit denen der Spieler um sich schießen konnte und eine Netzwerk-Multiplayer-Unterstützung für bis zu acht Spieler, auch wenn Peter in Interviews von 60 Spielern redete.
Magic Carpet war ein sehr freies Spiel. Man könnte es fasst als eines der ersten Open-World Games bezeichnen. Der Spieler musste als Zauberer mit seinem fliegenden Teppich Mana einsammeln und Ballons, die ebenfalls Mana einsammelten abschießen. Die Mana-Ernte baute die Burg aus und wenn diese fertig war, war der Level geschafft.
Als Magic Carpet 1994 erschien wurde es zu Bullfrogs bis dahin schlecht verkauften Spiel weltweit. Kein finanzieller Misserfolg, jedoch nicht so grandios wie von einem Doom inspirierten Titel erhofft. Magic Carpet demonstrierte technisch herausragende Effekte wie Wasserspieglungen und zerstörbare Umgebungen, in einer Epoche, in der solche Elemente noch kein Zugpferd waren. Stattdessen war es für viele lediglich ein PC Spiel mit extrem hohen Hardwareanforderungen.
Mit den Jahren hatte Les Edgar mit jedem Spiel bessere Umsatzbeteiligungen für Bullfrog bei Electronic Arts ausgehandelt und da EA selbst immer weniger damit verdiente, begannen langsam Fragen nach einer Verschmelzung von EA und Bullfrog. Als das erfolgreichste und innovativste unabhängige Studio der Welt, erhielt Les selbstverständlich auch ständig Anfragen anderer Firmen wie BMG, Sony oder Virgin. Letztlich entschieden sie sich für EA. Nicht nur weil sie mit Electronic Arts bereits eine lange Beziehung hatten, sondern weil EA ebenfalls die besten Konditionen für sämtliche Mitarbeiter anbot und ihnen Unabhängigkeit garantierte. Peter Molyneux wurde zum Vizepräsidenten von Electronic Arts sowie Oberhaupt des europäischen Studios befördert und Les Edgar wiederum zum Vizepräsidenten des europäischen Studios und Vorsitzenden von Bullfrog. Peter blieb somit weiterhin der Chef von Bullfrog, wurde aber ebenso in die Entwicklungen anderer EA Studios eingespannt. Zudem wünschte sich Electronic Arts, dass Peter nicht ein Spiel beaufsichtigte, sondern Bullfrog fünf gleichzeitig entwickelte. Ohne wirklich zu wissen, dass Peter nicht mal in alle bisherigen Titel vollkommen involviert gewesen war. Deshalb wuchs Bullfrog von 35 Angestellten zur Zeit von Syndicate und gleichzeitig dem Beginn der Gespräche 1993 bis zur Übernahme im Januar 1995 auf 60 an und in den Folgemonaten auf 150 Mitarbeiter.
Während des ersten EA Management Quartals-Meetings, stellte sich heraus, dass es einem anderen EA Studio nicht gelingen würde, ihr angekündigtes Spiel zeitgerecht fertigzustellen und EA somit in dem Quartal nichts neues vorzuweisen hätte. Überheblich wie Peter Molyneux war, schritt er ein und garantierte, dass Bullfrog innerhalb der nächsten sechs Wochen stattdessen ein Spiel ausliefern würden. Da aber weder Magic Carpet 2 noch Dungeon Keeper derart nah an der Fertigstellung waren, versprach Peter allen Teammitgliedern einen Bonus und Bullfrog entwickelte innerhalb von diesen sechs Wochen ein Spiel von Anfang bis Ende. Dieses Spiel hieß Hi-Octane. Es erschien zur großen Überraschung de Presse urplötzlich und entsprach logischerweise überhaupt nicht dem üblichen innovativen Konzept Bullfrogs. Stattdessen war es ein billiger WipeOut Klon mit der frisierten Magic Carpet Engine und wenig erfolgreich.
In diese Sparte driftete ebenso der aktionreichere Magic Carpet Nachfolger, The Netherworlds, ab. Zwar behob Magic Carpet 2 viele Designprobleme, über die sich Fans des Originals beschwert hatten und brachte neue Nachtmissionen und unterirdische Level ins Spiel mit ein. Aber der Arcade Titel bekam trotzdem nur Durchschnittswertungen von 68 Punkten. Weit ab von dem was Bullfrog Spiele noch ein oder zwei Jahre zuvor bekamen.
Bullfrog begann mehr und mehr umsatzstarken Konzepten der Konkurrenz nachzueifern. Nach dem Vorbild von Westwoods Command & Conquer versuchten sie sich 1996 an einem obskuren SimLife mäßigen Sci-Fi Echtzeitstrategiespiel mit dem Titel Genewars. Obwohl Genewars das typische Basenbaukonzept verfolgte, setzte es statt Panzern und Flugzeugen organische Lebensformen ein. Der Spieler steuerte hauptsächlich vier Arten von Figuren, die entweder Gebäude bauen, Lebensformen studieren und reproduzieren konnten oder Tiere überzeugten für die eigene Seite zu kämpfen. Ein extrem merkwürdiges Konzept, das selbst bei der Bullfrog Fangemeinde nicht gut ankam und schon während der Entwicklung zu Auseinandersetzungen zwischen Peter Molyneux und Syndicate Designer Sean Cooper führte. Sean stellte Genewars zwar noch fertig, verließ Bullfrog jedoch in direkter Folge und wechselte zu Virgin.
Peter hatte immer ungewöhnliche Wege gewählt talentierte Mitarbeiter zu finden. Doch eine der abgedrehtesten Ideen war zweifellos einen Job in einem Preisausschreiben zu verlosen. In der Juni Ausgabe des Jahres 1991 von Amiga Power hatte Peter das tatsächlich gemacht. Die Aufgabe bestand darin eine einzigartige Variation von Space Invaders zu erfinden. Es dauerte ein Wenig, aber das Ergebnis wurde im August 1992 enthüllt. Die Gewinner-Idee war „Mr. Wobbly Leg VS. The Invaders from Space“ von Michael Diskett. Das damals ultrageheime Projekt X, an dem er arbeiten sollte, war Theme Park, an dem Michael wirklich einige Dinge programmierte. Nachdem Sean Cooper nun weg war, durfte Michael die Projektleitung von Syndicate Wars übernehmen. Das Spiel knüpfte direkt an die Geschichte des ersten Spiels an und machte den Spieler zum Leiter von EuroCorp, die den ersten Syndikatkrieg gewonnen hatten und nun gegen ein paar verrückte Wissenschaftler kämpfen mussten, die am Nordpol mysteriöse Relikte gefunden hatten und als The Nine die Church of the New Epoch anführten. Syndicate Wars folgte dem gleichen Spielprinzip und präsentiere sich erneut aus einer isometrischen Perspektive. Dank einer echten 3D-Engine ließ sich das Spielgeschehen jetzt sogar drehen und umfasste zerstörbaren Gebäude, was vorher noch in keinem anderen Spiel möglich war. Syndicate Wares glänzte 1996 mit einer Durchschnittswertung von 83 und Projektleiter Mike Diskett setzte es lange nach Bullfrogs Schließung mit Satelite Reing fort.