Das weiter wachsende Irvine Studio hatte sich unterdessen in zwei Teams unterteilt. Team 1, trieb WarCraft 3 in die klassische Echtzeitstrategie Richtung und Team 2 versuchte den ersten verworfenen Ansatz mit Games Workshop’s Necromunda zu verbinden. In Nomad sollte der Spieler in einer mehr Adventure/RPG Manier Soldaten-Trupps steuern, ihre Fähigkeiten aufrüsten, neue Waffen finden und online andere Spieler-Squads herausfordern können. Doch Team 2 war sich unschlüssig über die endgültige Richtung und so stellte Blizzard erneut eine Entwicklung ein.
Das Team wollte nun eine Art MMO entwickeln, ein überwiegend von Ultima Online und Everquest dominierter Sektor. Sie berieten darüber welcher Francise am meisten Sinn machen würde und die Idee für World of WarCraft war geboren. Ein Entwicklungsprozess der jedoch noch Jahre andauern würde.
Team 1 hatte im Juli 2002 endlich WarCraft 3 fertiggestellt. Ein stark verändertes Spiel im Gegensatz zur ersten Anküdigung. Die sechs versprochenen Rassen, waren auf vier reduziert, die gehypten Helden wurden zu Einheiten degradiert, statt der Spielfigur des Helden und die Perspektive hatte sich dank der neuen 3D Engine leicht geändert, auch wenn es hauptsächlich auf leichtes zoomen und drehen hinaus lief. Es war durch und durch ein traditionelles Echtzeitstrategiespiel, bei dem die Helden nur für etwas mehr Würze sorgten. Nach acht Jahren im WarCraft Universum waren die Künstler mehr als Vertraut mit der Materie und erzählten die WarCraft Geschichten auf einem völlig neuen Level. Die Qualität der Zwischensequenzen, für die Blizzard seit Diablo berühmt war, hatten ein neues Ausmaß angenommen und machten WarCraft 3 zu Geschichtslastigsten Fantasy-Strategiespiel aller Zeiten. Mit Nachtelfen und Untoten als die zwei Rassen zu Orks und Menschen und wie schon in StarCraft vollkommen unterschiedlichen Einheiten mit gutem Balancing, wurde es zur Grundlage professioneller Ligenwettkämpfen weltweit. Es dürfte wenig überraschend sein, dass der Erfolg mit Frozen Throne ein Jahr später fortgeführt wurde. Erneut von Blizzard selbst, enthielt es eine genauso epische Geschichte und neue Einheiten, welche ebenso den Mehrspielermodus voran brachten.
Anknüpfend an den Erfolg von StarCraft ging Blizzard 2001 eine Partnerschaft mit Nihilistic Software ein. Das Team aus ehemaligen LucasArts Mitarbeitern hatte ein halbes Jahr zuvor mit ihrem Erstlingswerk Vampire: The Masquerade – Redemption bewiesen, was sie konnten. Nun sollte Nihilistic einen Spin-Off mit Ghost Nova in der Hauptrolle für GameCube, Playstation 2 und Xbox entwickeln. Der Plan war, Nihilistic das gesamte Design und Programmierung zu überlassen, während Blizzard-Angestellte monatlich Feedback des Standes gaben und die Videosequenzen für StarCraft: Ghost kreierte. Allein die Ankündigung des Third-Person-Tactical-Shooters kam auf der Tokyo Game Show 2002 bombastisch an. Doch auch die StarCraft: Ghost Entwicklung sollte sich noch lange hin ziehen.
Im Juni 2003 ging ein gewaltiger Schock durch die Presse. Die Leiter des Diablo Teams und Gründer von Blizzard North rebellierten. Sie hatten einst ihr eigenes Studio, Condor, gegründet, nur um kurze Zeit später von Blizzard geschluckt zu werden. Da sie sich selbst nicht mehr in der Kontrolle sahen, protestierten sie mehr Mitspracherecht zu bekommen. Um ihrer Forderung Druck zu verleihen, reichten sie ihre Kündigungen ein. Die unglücklicherweise vom Blizzard in Irvine akzeptiert wurden. Condor Grüner Max Schaefer, Kenneth Williams und David Brevik verließen Blizzard Entertainment, zusammen mit Bill Roper, der bereits WarCraft 1 Produzent und seitdem ein wichtiger Eckpfeiler der Firma gewesen war. Das Quartett gründete die Flagship Studios. Woraufhin Blizzard North vier weitere Mitarbeiter an das neue Studio verlor. Flagship produzierte 2005 Hellgate: London, gingen dann jedoch während der Entwicklung ihres zweiten Online RPGs Mythos pleite. Was wiederum zu ihrer dritten Firma Runic Games und der Torchlight Action-RPG-Reihe führte. Blizzard North hatte zur Zeit des Abgangs ein zweites Diablo 2 Erweiterungsset in Arbeit, um die lange Zeitspanne zu Diablo 3 zu überbrücken. Es hätte das Klassensortiment um einen Kleriker erweitert. Eine heiliges Feuer schmetternde Klasse mit starkem Fokus auf Heilungen anderer Spieler, aber auch Flächenzaubern im Umkreis des Klerikers, um den Monsterhorden allein Einhalt gebieten zu können.
Einen weiteren erschreckenden Abgang verzeichnete Blizzard im Januar 2004. Der ursprüngliche Initiator und Gründer der Firma, Allen Adham, erklärte, dass ihm die langen Abende und der andauernde Stress nach 13 Jahren zu viel wurde. Er zog sich aus der Firma zurück und gründete ein Hedgefond Unternehmen. World of WarCraft war das letzte Projekt, das er bis kurz vor Release leitete.
Als Nihilistic die StarCraft: Ghost Entwicklung 2001 begann, hatten beide Seiten keine Deadline für die Entwicklung gesetzt. Das kam Robert Huebner und seinem Team zunächst sehr entgegen, da kein Zeitdruck für sein Team bestand und Blizzard die Produktion mitfinanzierte. Doch nach zwei Jahren Programmierung wandelte sich das in Nihilistics größtes Problem. Als das Team mit den von ihnen geplanten Spiel-Features fertig war, begann Blizzard ihnen neue zu diktieren, statt dem Spiel den letzten Schliff zu geben. Die Tokyo Game Show 2003 begeisterte das Publikum mit ein paar spielbaren Leveln, während Nihilistic als neustes Feature einen Multiplayer-Co-Op-Mode einbauen musste. Einige Monate später, Anfang 2004, hatte StarCraft: Ghost einen Punkt erreicht, an dem es, bis auf einige fehlende Level, ihrer Meinung nach fertig war. Doch parallel, zu den neuen Cinematic-Sequenzen und der spielbaren Multiplayer-Demo auf der E3, beschlossen Blizzard und Nihilistic im Hinterzimmer einvernehmlich die Entwicklung auf Eis zu legen. Nach gut drei Jahren war weder ein klares Projektziel noch Erscheinungsdatum definiert und Robert Huebner sah kein Vorankommen mehr.
Zur Überraschung der Allgemeinheit und um so größeren von Nihilistic, war Blizzard Entertainments nächstes Statement zu StarCraft: Ghost nicht, es einzustellen, sondern dass nun die Swingin’ Ape Studios das Spiel machen würden. Alles was dem Spiel noch fehlte, war ein guter Mehrspieler-Modus und Swingin‘ Ape hatte mit ihrem Debüttitel, Metal Arms: Glitch in the System, bewiesen, dass sie auf dem Gebiet Spitze waren.