Wie Tom zuvor John bei Daikatana geholfen hatte, war es bei Anachronox umgekehrt gewesen. Als Anachronox nur noch wenige Tage vom Gold Master entfernt war, machte sich intern das Gerücht breit, Eidos würde Ion Storm Mitarbeiter entlassen, sobald das Spiel fertig sei. John sah sich daraufhin im Büro des Chief Financial Officers und erhaschte einen Blick auf die Entlassungsliste, welche Tom, Johns Lebensgefährtin und ihn selbst ebenso einschlossen, wie alle anderen in Dallas ansässigen Ion Stormer. Das Trio beschloss daraufhin zusammen eine neue Firma zu gründen: Monkeystone Games. Ein deutlich kleineres Unternehmen mit Fokus auf Handheld Spielen. Fünf Jahre nach ihrer Auseinandersetzung kehrte John Romero dafür zu John Carmack zurück und sie begruben ihr Kriegsbeil. Romero lizenzierte Carmacks aktuelle Engine, da id Softwares Entwicklungen sich zu dem Zeitpunkt ebenfalls auf Handheld-Geräte konzentrierten und so begann Monkeystone Games Spiele wie Hyperspace Delivery Boy!, Congo Cube und eine Nokia NGage Konvertierung von Voilitions Red Faction zu programmieren.
Ungefähr zum selben Zeitpunkt als Deus Ex in Austin fertiggestellt wurde, schlossen die Looking Glass Studios in Cambridge ihre Pforten. Die Firma, welche die Evolution der Rollenspiele erst auf die dreidimensionale Ebene gehoben und durch Werke wie Ultima Underworld, System Shock und Thief neue Genres definiert hatten. Aus ihren Überresten entstand zum Einen Irrational Games, welche das ebenfalls von Warren Spector mit erdachte Junction Point Konzept zu System Shock 2 machten und dann den geistigen Nachfolger BioShock in Leben riefen. Vertriebspartner von Looking Glass Studios zweiter Erfolgsreihe Thief war Eidos und somit Rechteinhaber. Wodurch mit der Schließung der Looking Glass Studios und Ion Storm Dallas, Ion Storm Austin wuchs. Sowohl in Bezug auf die Mitarbeiter als auch Projekte. Warren Spector wurde neuer Studio Director und beaufsichtige vom Jahr 2000 an parallel die Entwicklung mehrerer Projekte. Zunächst Deus Ex: Invisible War und Thief III: Deadly Shadows.
Harvey Smith, der leitende Designer von Deus Ex, wurde statt Warren Spector der Projektleiter des Nachfolgers. Zur Seite standen Harvey sowohl das ursprüngliche Team, als auch Mitglieder der Eidos Playstation 2 Portierungsmannschaft. Ein wichtiger Schritt, denn entgegen dem ersten Teil, wünschte sich Eidos eine zeitgleiche Veröffentlichung von Invisible War auf PC und Konsole. Was Harvey als größte Hürde der Entwicklung ansah, da deshalb die Kartengröße beider Versionen und auch die Objektdichte verringert werden musste, um Frame-Einbrüche auf der Xbox zu verhindern. Die verringerte Gebietsgröße führte beim Design zu sehr ähnlichen Lösungswegen und ließen so die Illusion spielerischer Freiheit schwinden. Der Konsolenansatz führte aber durchaus zu positiven Aspekten, wie der Minimierung von Menüs, Zusammenlegung des Fertigkeiten- und Augmentierung-Systems zu einem Biomod-System sowie Universalmunition für alle Waffen. Das Team versuchte außerdem den Stealth-Faktor von Insivible War zu steigern, da dieser ihrer Meinung nach im ersten Deus Ex zu kurz gekommen war. Hierfür standen ihnen sowohl das Thief Team beratend zur Seite als auch Teammitglieder, die zuvor an Tom Clancy’s Splinter Cell gearbeitet hatten. Eine der größten Veränderungen in Bezug auf den Spielinhalt war die Wahl der Spieler-Fraktionen, welche den Subplot der Hauptgeschichte variierten. Die Handlung setzte 20 Jahre nach Deus Ex ein. Wo der Ausgang des ersten Spiels zu einer Periode des Krieges und einem wirtschaftlichem Kollaps geführt hatte. Was zum Aufstieg von Fraktionen wie der World Trade Organization oder dem Orden führte und deren Kampf um Weltherrschaft. Der Spieler, dieses Mal in Form des wahlweise männlich oder weiblich definierbaren Klons Alex Denton, erlebte wie seine Heimatstadt Chicago durch eine Nanitenbombe in grauen Masse verwandelt wurde. Wodurch die Geschehnisse in Seattle begannen und über Kairo sowie das deutsche Trier in die Antarktis führten. Letzteres im Übrigen ein Szenario, bei dem sich Ion Storm von John Carpenter’s The Thing inspirieren ließ. Grob vereinte die Geschichte erneut das Cyberpunk Setting mit Verschwörungstheorien und Terrorismus.
Als Deus Ex: Invisible War Anfang Dezember 2003 für PC und Xbox erschien, bezeichneten die Tester es als unterhaltsames Spiel, kritisierten jedoch vor allem die eingeschränkte Welt gegenüber dem Vorgänger. Die Wertung der PC Version lag im Durchschnitt 10% hinter dem ersten Teil zurück. Das Xbox Metacritic Rating pendelte sich bei etwas besseren 84 Punkten ein. Insgesamt verkaufte Eidos 1.200.000 Exemplare. Effektiv büßten sie das Verkaufsplus der Konsolenversion bei den PC-Verkäufen ein. Rückblickend auf die gesamte Deus Ex Reihe wird Invisible War heute außerdem als der Teil mit der schwächsten Geschichte angesehen.
Looking Glass Studios First-Person-Sneaker-Reihe Thief war als Trilogie geplant gewesen. Als das Studio im Mai 2000 die Pforten schloss, waren die Thief II Designer Randy Smith und Terri Brosius bereits mehrere Monate mit dem Konzept des 3 Teils beschäftigt gewesen. Entgegen der ersten beiden Stealth-Action-Games, in denen Mission auf Mission folgte, sollte der Spieler nun die Stadt frei erkunden können und dabei selbst den Plot des Spiels aufdecken. Diesen Ansatz, das Leben der Bevölkerung auszuspionieren, übernahm Warren Spector für die Produktion von Thief III. Er stellte Randy Smith, Terri Brosius sowie zwei weitete Mitglieder vom ehemaligen Looking Glass Team ein und ließ sie als Projektleiter, leitenden Schreiber usw. an Thief: Deadly Shadows arbeiten. Wie bei den Looking Glass Spielen üblich, legte das Team viel Wert darauf eine möglichst realistische Simulation zu schaffen, in die der Spieler eintauchen konnte. Entgegen der ersten beiden Spiele übernahm Ion Storm jedoch nicht die Siege-Engine, sondern verwendete ihre bereits modifizierte Unreal Warfare Engine. Wodurch Thief 3 ebenfalls parallel für Windows PCs und Xbox entstand. Daraus resultierte ein mehr kampforientierter Spielstil und zum ersten Mal in der Spielereihe für Garrett die Möglichkeit sich in Schatten zu verstecken, die sich obendrein dynamisch bewegten. Vom Spieler erzeugte Geräusche breiteten sich ähnlich wie in der Siege-Engine aus und zogen dabei sogar das Material von Türen in Betracht. Laufen oder Rennen alarmierte die Wachen, in so fern, dass sie von dem Moment an nach einem unbekannten Gesicht Ausschau hielten und das Ziel jagten. Die aus Mittelalter und Viktoriansicher Ära gemischte Stadt diente als neutraler Ort zwischen den Missionen. Wo Passanten den Spieler nicht erkannten, obwohl Steckbriefe mit Garretts Gesicht die Mauern pflasterten. Weitere Stadtbezirke wurden mit fortschreitendem Spielverlauf freigeschaltet und boten u.a. Schwarzmärkte, auf denen gestohlene Waren verhökert und neue Ausrüstung, Waffen, sowie Vorräte erworben werden konnten. Derartige Beute ließ sich ebenso durch Einbruch in normale Häuser beschaffen.
Die Handlung des dritten Thief Spiels rückte die Hüter Fraktion in den Vordergrund. Durch Diebstahl, eines Artefakte der Hammeriten und eines weiteren der Heiden, erfuhr Garrett von der Prophezeiung des bevorstehenden dunklen Zeitalters. Als Garrett weitere Informationen im Kompendium der Schande suchte, erkannte er, dass sich ein Verräter in den Reihen der Hüter aufhalten musste. Garrett wurde des Mordes eines Ordensbruders beschuldigt und ergriff die Flucht. Wodurch Teile des Hüter Ordens Garrett jagten und andere versuchten ihn bei seiner Mission, die Prophezeiung Realität werden zu lassen, unterstützen.