In den vorangegangenen Jahren war Peter Molyneux bewusst geworden, dass die Spieler in seinen Werken zwar als Gott oder Agent durchaus Böses anrichten konnten, aber nie in der Rolle eines echten Bösewichts waren. Somit war seine Idee für Dungeon Keeper eine Art Echtzeitstrategiespiel zu entwickeln, welches die traditionellen Gut-gegen-Böse Rollenspielszenarien gänzlich umkehrte. Ähnlich wie bei Theme Park sollte der Spieler dieses Mal Dungeons errichten, Gold anhäufen und Monster trainieren, um es zu beschützen. Das bedeutete Magier brauchten eine Bibliothek, Vampire einen Friedhof usw. Das Wichtigste an Dungeon Keeper war jedoch, dass die Wächter die unerträglichen „guten“ Helden davon abhalten mussten in den Dungeon einzufallen.
Als Peter auf die Idee kam, stellte er ein kleines Team aus Grafiker Mark Healey, Entwickler Simon Carter und Zeichner Barry Meade zusammen. Die kamen jedoch nicht sonderlich schnell voran, da Peter selbst viel für EA auf PR Tour war und sie nicht mal eine Engine hatten. Also nahmen sie Magic Carpet als Grundgerüst und bastelten damit ein Karte, auf der man aus der Vogelperspektive herumscrollen konnte. Aber als Peter von seinem Trip zurück kam, verwarf er alles und die Entwicklung begann von Vorn.
Peter erstellte einen sehr einfachen 2D Prototypen, der in die Engine eingebaut wurde und schon viele Elemente des endgültigen Spiels enthielt. Fähigkeiten wie Tunnel zu graben und Räume wie Schatzkammer, Hühnerfarm, das Dungeonherz und ein paar nützliche Räume für die Kreaturen zu erstellen, wie etwas eine Folterkammer für die sadistische Eiserne Jungfrau. Die Ideen sprudelten nur so aus Peter heraus. Von da an wechselten die Teammitglieder immer wieder, was zwar neue Ideen ins Spiel brachte, aber auch zu einer sehr holprigen Entwicklung führte.
Während Bullfrog zu Beginn des Prozesses noch ein unabhängiges Studio gewesen war, lief die Übernahme sowie Peter Molyneuxs anschließender Ausstieg aus EA und Bullfrog parallel ab. Als Dungeon Keeper ungefähr halb fertig war und gleichzeitig bereits einen Monat über den Releasemonat hinaus war, kündigte Peter EA an das Unternehmen verlassen. Er wollte der Firmenleitung jedoch ein paar Monate Zeit geben einen Nachfolger zu finden und gleichzeitig Dungeon Keeper zu Ende bringen. Ein paar Monate wurden zu einem Jahr und Electronic Arts wurde zunehmend unzufriedener. Bullfogs Goldjunge wollte nicht nur gehen, er verschwendete auch noch immens viel Zeit mit seinem letzten Spiel. Sechs Wochen bevor es ausgeliefert werden sollte, entschied Peter Dungeon Keeper bräuchte eine umfangreiche Überarbeitung. Damit konfrontiert, wollte EA die Entwicklung einstellen. So übernahm Peter die Verantwortung und bezahlte das Redesign aus eigener Tasche. Mark Healey, Simon Carter und Dean Carter zogen in Peters Haus um und brachten das Spiel dort zu Ende. Mit fasst zwei Jahren Verspätung wurde Dungeon Keeper im Juni 1997 als Peter Molyneux letztes Bullfrog Spiel ausgeliefert. Entgegen einiger Titel zuvor, umfasste es tatsächlich die gesamten Features, welche Peter Molyneux im Verlauf der Jahre versprochen hatte. Es brachte Bullfrog das Ansehen zurück, was die Firma seit der Übernahme verloren hatte und verkaufte erneut Millionen.
Wenn man heute zurückblickt auf die Studios, die Electronic Arts im Laufe der Jahre gekauft hat und wie wenige davon noch existieren, könnte man ihnen leicht die Schuld an allem geben. Im Falle von Bullfrog sollte der Molyneux Lebenszyklus jedoch nicht außer Acht gelassen werden. Die Entscheidung Bullfrog und EA zu verlassen, hatte Peter getroffen, weil er sich wieder mit einem kleinen Team gänzlich der Spieleentwicklung widmen und nicht um den ganzen Management-Kram kümmern wollte. Eine Wandlung, die genauso Peters Folgefirma Lionhead Studios mit Microsoft durchlief und zur Gründung von Peters drittem Spiele-Studio 22 Cans führte.
Oh, erinnert ihr euch noch an Gary Carr, der Bullfrog wegen dem seiner Meinung nach bekloppten Theme Park verlassen hatte? Nun, nach dem gigantischen Durchbruch des Spiels kam er zu Bullfrog zurück, wo er kurzzeitig an Dungeon Keeper mitarbeitete. Anschließend setzte Peter Gary an Theme Hospital, wo erneut die Idee aufkeimte, was das nur für ein bescheuertes Konzept wäre. Doch dieses mal blieb Gary und brachte das Spiel zu Ende. Denn an dem Punkt war klar, dass Bullfrogs allgemeines Konzept, bei dem der Spieler etwas baute, was dann von kleinen Figuren bevölkert wurde, überall funktionierte. Es musste kein Freizeitpark sein, es funktionierte sogar in etwas alltäglichem wie einem Krankenhaus. Theme Hospital verbesserte die Theme Park Formel in jeder Hinsicht und reihte sich in die Erfolge von Populous und Syndicate ein. Es verkaufte 9 Millionen Exemplare allein auf dem PC wurde das letzte Bullfrog Spiel mit einem derart gewaltigen Absatz.