Bei der Siegesfeier zur Wing Commander Fertigstellung beförderte Richard Garriott Chris Roberts zu Origins Director of New Technologies. Ein Titel dem Chris mit den kommenden Wing Commander Spielen gerecht werden sollte. Creative Technologies hatten Origin ihre neue „Soundblaster“ Karte geschickt, die sie in Kürze auf den Markt bringen wollten. Zum besseren Verständnis sei erwähnt, dass PCs zu der Zeit überwiegend Sound über einen internen lediglich piepsenden PC Speaker produzierten. Das Team fragte sich was sie mit der Karte anstellen könnten und kamen letztlich zur Entscheidung sie für Sprachausgabe zu nutzen. Zu dem Zeitpunkt war das ein sehr ungewöhnliches Feature und entsprechend hatten selbst Firmen wie Origin kein Sound-Recording-Studio oder gar Schauspieler für die Synchronisation. So verkörperten Mitglieder des Entwicklerteams die Stimmen der Spielcharaktere. Ein Feature was Origin später bei der Auslieferung von Wing Commander II optional als „Wing II Speech Accessory Pack“ verkaufte. Ebenso hielten Team-Mitglieder für Camcorder Aufnahmen her, die per Rotoscoping für die in Deluxe Paint gezeichneten Zwischensequenzen dienten. Höhepunkt dieser Aufnahmen wurde eine Szene am Schluss der Wing Commander II Story, bei welcher Angel Jazz schlägt. Weder Marketing Expertin Jackie Chapman noch Chris Roberts, welche die Szene spielten, waren ausgebildete Schauspieler oder gar Stuntmans und so geschah es, dass Jackie Chris voll auf die Nase traf, statt wie geplant knapp vorbei zu schlagen.
Für die Geschichte lies sich der leitende Schreiber Ellen Guon Beeman von den Fan-Kommentaren im Compuserve Forum inspirieren, die über eine mögliche Romanze zwischen Angel und dem Hauptcharakter diskutierten, welcher Origin intern nur Bluehair genannt wurde. Mit dieser Anregung entwickelte sich die Story zum vollen Ausmaß eines Filmes, samt Romanze und dem Tod eines Hauptcharakters. Wing Commander begann dafür bereits mit einem Angriff Kilrathischer Stealth-Bomber, die den Tiger’s Claw Träger vernichteten. Als einer der wenigen Überlebender mit einem defekten Flugschreiber, glaubte die Erdenregierung Bluehairs Worten über Tarnschiffe nicht und machten ihn für die Zerstörung der Tiger’s Claw mit verantwortlich. Er wurde zum Captain degradiert und zu zehn Jahren Sicherheits-Patrouille abgestellt. Am Ende dieser zehn Jahres Spanne sprang die TCS Concordia verfolgt von einem Kilrathi Kreuzer zufällig in Bluehairs Sektor und der Spieler bekam Gelegenheit seinen Ruf wieder herzustellen, in dem er die Jäger zerstörte, welche die Tiger’s Claw einst vernichtet hatten. Auch wenn der Plot der ersten beiden Wing Commander Spiele noch nicht an den der kommenden heranreichte, sollte klar sein, dass derartige Geschichten 1991 für Computerspiele außergewöhnlich waren. Die verbesserte Geschichtserzählung ging jedoch zu Lasten der Spielkampagne. Der Missionsbaum war klar strukturiert und der Spieler konnte nicht mehr befördert werden oder Medaillen gewinnen. Die Wingman waren im normalen Spielgeschehen nicht länger sterblich, sie stiegen bei zu hoher Beschädigung einfach per Schleudersitz aus und die Kilrathi Schiffe bekamen schlichtweg neue Namen, während die Konföderation leicht verbesserte Jäger hatte. Gerade mal ein Jahr nach dem Erscheinen von Wing Commander priesen die Magazine den zweiten Teil als würdigen Nachfolger, der ganz nebenbei die Soundblaster Karten Verkäufe ankurbelte.
Von diesem Punkt an nahm der Größenwahn seinen Lauf. Origin baute den Wing Commander Franchise in jede nur erdenkliche Richtung aus. Bevor der offizielle Nachfolger, Wing Commander 3, erschien, begann eine ganze Reihe von Spin-Offs. Wing Commander Academy verwendete grundlegend die Technologie und Schiffe von Wing Commander 2 und ließ den Spieler selbst Missionen dafür bauen. Ein weniger erfolgreiches Spiel ohne die mitreißende Story. Unter selbigen Namen ging bei den Universal Studios jedoch eine dreizehnteilige Zeichentrickserie in Produktion, welche die Anfänge von Bluehairs Karriere erzählte. Parallel zu Chris Roberts Programmierung der Wing Commander Engine hatte das Origin Team bereits 1989 mit der Entwicklung einer echten 3D Engine begonnen, die nach vollen vier Jahren in Strike Commander Verwendung finden sollte. Die 3D REALSPACE Engine benutzte für die Landschaft noch kein Texture-Mapping, sondern „nur“ Gouroud-Shading. Was so viel bedeutet wie, sie berechnete Schatten der benachbarten Polygone je nach Lage der Lichtquelle. Was heute absoluter Standard ist, war damals High-Tech. Nicht nur in Punkto Optik, sondern ebenso was die Rechenleistung an ging. Zusätzlich standen Berge nicht wie zuvor üblich auf platten Ebenen, sondern die Landschaft wurde durch Täler und dreidimensionale Schluchten definiert. Wie Wing Commander es vorgemacht hatte, hüllte Chris Roberts diese actionreiche Flugsimulation in ein aufregendes Storygewand. Das 1993 veröffentlichte Strike Commander versetzte den Spieler ins fiktive 2011, wo er als F-16 Pilot der Wildcats Privatarmee im mittleren Osten um Petroleum Reserven kämpfte. Die damaligen Magazine lobten Strike Commanders Grafik über die von Falcon 3.0, Red Baron und F-117A Nighthawk, aber sie bezeichneten es ebenso als das Hardware-intensivste Spiel überhaupt. In einer Zeit, wo die Haushalte mit 40 Mhz 386ern ausgestattet waren, brauchte Strike Commander einen 486er mit 66MHz. Nichts desto trotz verkaufte Origin mehr als 500.000 Exemplare des Spin-Offs.