Als größtes Problem der ersten Jahre entpuppte sich die dritte Dimension. Digital Anvil schrieb eine neue Engine, die es ermöglichte Schiffe auf der X, Y und Z-Achse zu bewegen. Aber bei diesem Prototypen verbrachten die Tester mehr Zeit damit sich im Universum zurecht zu finden, als das Spiel zu koordinieren. Ein Problem, das parallel ebenso die Homeworld Entwickler plagte. Das relic Entertainment Team löste diese Hürde für sich, indem sie die beiden Mutterschiffe zu langen Platten machten, die wie eine Kompassnadel im All prangte. Aber Conquest besaß gigantische Flottenverbände und die konnten nicht alle fliegende Platten sein. Darüber hinaus umfasste das Konzept unzählige weitere schwer zu realisierende Features. Weshalb Digital Anvil zum Jahreswechsel 1998/99 das Konzept komplett verwarf und von Vorne begann. Dieses Mal unter der Leitung von Eric Peterson. Denn in seiner Rolle als Starlancer-Produzent, schaffte er es als einziger aus der Digital Anvil Mannschaft ein Spiel über die Zielgerade zu bringen.
Der Reboot transformierte Conquest in ein mehr oder weniger gewöhnliches Echtzeitstrategiespiel. Es sollte weiterhin wie Homeworld im Weltall spielen, jedoch komplett zweidimensional. Zwar blieb die anfängliche 3D Engine und die Schiffs-Design. Aber der Spieler konnte die Kamera lediglich noch dafür nutzen rein oder raus zu zoomen. Gegenüber der unzähligen RTS der späten 90er, sollte Conquest durch drei Dinge aus der Masse stechen: Den bereits geplanten Fleet Admirals, multiple Karten innerhalb einer Mission und komplexes Resourcen-Management. Der Karten-Aspekt war zweifellos das ungewöhnlichste Feature für ein RTS. Jede Mission sollte bis zu 16 Sternensysteme umfassen. Jedes mit verschiedenen Planetentypen, von normaler Erde, über Sumpfplaneten bis hin zu Gasriesen. Über Wurmlöcher, verbanden sich diese Systeme zu einem gigantischen Spielfeld. Der Spieler erkundete also sein Heimatsystem, etablierte Abbauanlagen sowie Fabriken und sprang dann mit neu konstruierten Schiffen ins nächste System. Während das erste Konzept vorsah, dass abgebaute Rohstoffe schlicht in Credits umgewandelt wurden und sich mit denen neue Schiffe etc. „kaufen“ ließen, kreierte das neue Konzept drei unterschiedliche Rohstoffe für die Errichtung und Erhalt von Schiffen. Der Spieler musste fortan Erz, Gas und Leute abbauen bzw. produzieren. Wobei jeder Planetentyp unterschiedlich große Mengen dieser Rohstoffe bot. Obendrein musste anhand dieser eine Versorgungslinie etabliert werden. Jedes Schiff verfügte neben anderen Attributen stets über Hüllentrefferpunkte und Vorräte. Diese Vorräte oder auch Munition verbrauchten sich langsam, während der Spieler kämpfte und Spezialfähigkeiten einsetzte. Waren sie erschöpft, weil der Nachschub fehlte, hörte das Schiff auf zu feuern. Was in einer Schlacht fatal wurde. Die Flotten-Admirale gediehen, neben ihrer eigentlichen KI-Funktion, zum Gegenstück der WarCraft Heldeneinheiten. Sie reisten in eigenen kleinen Schiffen und wenn der Spieler ihnen Flotten zuwies, gewährten sie diesem Schiffsverband spezifische Boni und Spezialfähigkeiten. Jedes Volk erhielt sechs Admirale mit unterschiedlichen Perks und wenn diese starben, starben sie für immer.
Das erste Konzept sah außerdem neben der Einzelspieler-Kampagne der Menschen und Mantis einen Mehrspielermodus vor. In diesem sollten vier Völker zur Verfügung stehen: Die gut ausgewogenen Menschen, langsamen aber mächtigen Reptilien, dann die zunächst schwachen aber am Ende starken Energiewesen und zu guter Letzt die schwachen doch dafür zahlreichen Insekten. Auch diese reduzierte Eric für den zweiten Ansatz. Das Conquest RTS verlor die Reptilien und behielt die Celareon getauften Energiewesen. Im Gegensatz zu den Standard-Menschen und Schwarm-Insekten, setzten die Celareon auf Versteckspiel-Taktiken und blitzschnelle Angriffe.
Innerhalb von 1999 und 2000 setzte Erics Team viele Elemente dieses Konzepts um. Aus Digital Anvils Sicht, hätten sie es zum Weihnachtsgeschäft 2000 ausliefern können, wenn sie einige große Features wie z.B. Multiplayer, Spielmodi usw. gestrichen hätten. Doch Microsoft teilte diese Vision nicht. Aus ihrer Sicht kam das gesamte Konzept nicht zusammen und selbst wenn sie Digital Anvil besagte Features hätten streichen lassen, wäre es kein Verkaufsschlager geworden. Deshalb stellten sie Conquest – Frontier Wars im November 2000 ein. Jedoch mit der Option, dass Eric Peterson einen neuen Publisher dafür suchen könne.
So gründete Eric Peterson im März 2001 die Fever Pitch Studios in Austin, Texas. Selbstverständlich folgten ihm zahlreiche Digital Anvil Kollegen, wie z.B. Conquests leitender Programmierer Thomas Mauer, leitender Designer Dan Orzulak oder Senior Programmer Anthony Salter. Letzterer begann seine Laufbahn wie Conquests neuer Project Director, Mike Morlan, bei Origin Systems. Das Fever Pitch Team konstruierte bereits zum Firmenwechsel einen neuen Trailer sowie eine spielbare Demo, die den gesamten Terran Tech-Baum umfasste und bereits 4-Spieler Matches zuließ. Damit ging Eric bei den Publishern diese Welt hausieren und fand tatsächlich einen Abnehmer in Yves Guillemot. Schließlich hieß es, Fever Pitch Studios würde lediglich sechs weitere Monate benötigen, um einen neuen Strategiespielhit auszuliefern. Das Erics Team die Zeitspanne gegenüber Ubisoft einhielt, ging jedoch zulasten des Inhalts. Conquests Spielumfang blieb tatsächlich bei einer Kampagne: Der Schlacht der Menschheit gegen das Mantis Empire. Dieser Plot begann damit, dass das Forschungsschiff Andromeda in unbekanntes Territorium sprang. Sie glaubten, das Zielsystem wäre jungfräulich, fanden sich jedoch in einer Schlacht des Mantis Empires gegen eine derer Rebellenfraktionen wieder. Sämtliche Kommunikation zur Andromeda brach umgehend ab und der Spieler wurde ausgesendet, nach dem Rechten zu sehen. Zwar involvierten die 16 Missionen im Verlauf ebenso die technologisch fortgeschritteneren Celareons, aber dabei blieb es. Für die beiden außerirdischen Völker bot Conquest lediglich Trainings-Missionen, welchen den Spielern die Tech-Bäume näher brachten. Hart gesagt, ein Drittel von Blizzard Entertainments drei Jahre früher erschienen StarCraft. Entsprechend geringer erwiesen sich die Verkaufszahlen. Statt Starcrafts 1,5 Millionen Verkäufen im ersten Jahr, brachte Conquest: Frontier Wars es auf gut 300.000 Exemplare. Ungeachtet dieser Spiellänge, lobten die Magazine jedoch das innovative Gameplay und die ansprechende Grafik mit durchschnittlich 80%. Gamezilla ging sogar soweit dem Spiel 98 von 100 Punkten zu geben.