Auf sich allein gestellt, wuchsen die Drake Brüder im Laufe der Jahre zu fähigen Schützen, Kletterern, Schatzjägern und Hobby-Archäologen heran. Neben seinem alten Lehrmeister, Victor Sullivan, traf Nathan Drake dabei auf Jason Dante. Einen ungefähr gleichaltrigen Italoamerikaner aus New Jersey, dem Nate auf ihren gemeinsamen Eskapaden die Schatzsuche beibrachte. Während Nate dazu neigte ins Fettnäpfchen zu tapsen und gerade mal ein profitables Jahr vorzuweisen hatte, war Jason zwischenzeitlich zu einem anerkannten Schatzsucher mit Privat-Helikopter geworden. Genau deshalb heuerte ihn Vincent Perez an. Ein Krebskranker Archäologe, der seit zwanzig Jahren versuchte, das Mysterium um die ermordeten spanischen Konquistadore im 14. Jahrhundert aufzuklären. Jason sollte dem Archäologen helfen, den örtlichen Ex-Diktator, Roberto Guerro, zu überreden, sie in dessen Territorium nach dem goldenen Schwert von Stephan suchen zu lassen. Doch während ihrer, mehrmonatigen Suche, verschwand Vincent urplötzlich. Weshalb Jason seinerseits wiederum Archäologe und Freund Nathan Drake anheuerte, ihm bei der Suche nach dem Schwert zu helfen.
An für sich sollte der Marsch zu Vincents letzter Ausgrabungsstätte ein Sparziergang werden. Doch Guerro schien seine Meinung über Jasons Anwesenheit in Panama geändert zu haben. Er zerschnitt ihnen die Kletterseile zum Aufstieg. Erst in dem Augenblick erfuhr Nathan beiläufig, dass sie sich im Territorium des durchgeknallten Ex-Diktators Panamas befanden. Nate gefiel der Gedanke gar nicht, zwischen Kokain-Plantagen nach Goldschätzen zu suchen. Denn „el Generale“ war dafür bekannt, Leute zu entführen, um mit deren Lösegeldern seine neue Widerstandsarmee zu finanzieren. Als das Duo die Ausgrabungsstätte endlich erreichte, ertönten Schüsse in der Ferne. Jason ging ihnen und den Aktivitäten Guerros nach, während Nate mit dessen „Partnerin“ Marisa Chase Bekanntschaft machte. Als Enkelin des verschwundenen Archäologen, kannte Marisa sich mit den Funden beinahe so gut aus wie Vincent. Sie berichtete Nathan, dass die Leichen der Konquistadore, die sie an der Ausgrabungsstätte fanden, nicht erschlagen sondern vergiftet wurden. Von wem blieb ihr jedoch verborgen. Jason und sie fanden als einzigen möglichen Hinweis ein Grabsymbol auf einem Felsen. Dessen Geheimnis sollte Nate lüften. Nathan war ein wandelndes Lexikon, was solche Dinge anging und erkannte es umgehend als nicht spanisch, sondern Arianisch. Es gehörte einem der westgotischen Könige des 8. Jahrhunderts. Doch bevor Nate weitere Schlüsse aus dem Symbol ziehen konnte, erklangen erneut die Gewehrsalven von Guerros Männern. Weshalb das Paar die Flucht ergriff und zurück zu Marisas Jeep hechtete.
Beim Erreichen der Lichtung parkten dort, zu ihrem Erstaunen, Massen zusätzlicher Militärtrucks. Noch bevor sie sich genauer umsehen konnten, kam ihnen Jason mit gehobenen Händen entgegen. Dicht gefolgt von Roberto Guerro und zwei seiner Soldaten. El Generale zeigte sich äußerst überrascht über die beiden Neuankömmlinge, da Jason behauptete, er würde allein arbeiten. Der Italoamerikaner versuchte die Situation augenblicklich herunter zu spielen und erklärte, er hätte lediglich vergessen, die beiden heute auf der Ausgrabungsstätte herum geführt zu haben. Aber Guerro traute dem Braten nicht, ließ das Duo durchsuchen und fand so das Amulett der Ewigkeit. Eine handgroße runde Scheibe mit antiken Symbolen darauf, das einst Marisas Großvater, Vincent, zum Start der Ausgrabungen verleitete. Ungünstigerweise bestand das Amulett aus purem Gold. Weshalb Guerro es sofort einkassierte. Nate wollte das nicht zulassen, überwältigte die beiden Soldaten, wurde dann jedoch von Guerro KO geschlagen.
Er kam einige Zeit später in einer provisorisch errichteten Zelle zu Bewusstsein. Mit Marisa spielte der General in der Zwischenzeit zehn Fragen in seinem Büro. Anschließend gelang es der jungen Dame zu entkommen. Woraufhin sie sofort Nate zur Hilfe eilte. Sie steckte eines der Gebäude in Brand. Auch wenn das Feuer etwas außer Kontrolle geriet, gelang Nate dadurch tatsächlich die Flucht. Gemeinsam schlichen sie sich, an unzähligen Wachen vorbei, zum Büro des Generals durch. Was sie dort fanden, überraschte sie beide gleichermaßen. Wenn auch aus unterschiedlichen Gründen. Der Raum war geflutet mit archäologischen Funden, rund um die goldene Stadt Quivira. Was Marisa direkt als das Werk ihres Großvaters identifizierte und sich deshalb fragte, wie die Sachen in Guerros Besitz kamen. Nate erkannte hingegen den Detailreichtum der Untersuchungen. Der bedeutete, dass es keinesfalls das Werk eines Grabräubers wie Jason oder durchgeknallten Militärmachthabers wie Guerro sein konnte. Er forderte Marisa auf, ihm zu erklären, was vor sich ging. Erst in dem Moment beichtete sie Nate ihre familiäre Verbindung, das ihr Großvater bereits vor 20 Jahren das Amulett der Ewigkeit fand und seitdem versuchte die sagenumwobene Stadt aus Gold zu finden. Was sie nicht erklären konnte, war, wie das gesamte Material in Guerros Besitz kam. Aber die Schlussfolgerung lag nahe, dass Jason sie beide betrog. Weshalb Nate und Marisa beschlossen, sich gegen Jason Dante und Roberto Guerro zu verbünden. Bei der folgenden Durchsuchung des Büros, fischte Nate das gestohlene Amulett aus einem Tresor. Gerade noch rechtzeitig, bevor sich Guerros Männer näherten.
In der Abgeschiedenheit des Hauses ihres Großvaters, versuchte Nathan Marisa zu überzeugen, dass das Amulett der Ewigkeit nicht ihr Leben aufwog. Jason würde schnell müde werden, danach zu suchen. Aber ein geldgieriger Diktator wie Guerro würde nie aufgeben. Marisa beteuerte jedoch, sie würde das alles nicht für Gold tun, sondern um das Ansehen ihres verstorbenen Großvaters wiederherzustellen! Denn der wurde über die Jahre zum Gespött seiner Kollegen.
Während Marisa darüber philosophierte, entdeckte Nate das westgotische Symbol auf einem von Vincents Büchern. Er erkannte dadurch, dass der alte Mann die Inschriften um die Symbole übersetzt und das Schwert von Stephan gefunden haben musste. Mit Hilfe dieser Hinweise, rekonstruierte Nathan, was mit den Spaniern an der vorangegangenen Ausgrabungsstätte geschah. Die Sete Cidades, ein obskurer religiöser Orden mit westgotischen Wurzeln opferten die spanischen Soldaten. Deshalb das Gift. Der Legende nach nahmen in 8. Jahrhundert sieben Bischöfe Spaniens Reichtümer an sich, trugen sie nach Amerika und gründeten mit ihnen die sieben Städte aus Gold. Aber nur die Götter wussten, wo diese Städte lagen. Weshalb die Westgoten die Sete Cidades gründen, um sie aufzuspüren. Nate spekulierte, der Orden hätte eine Art Zuflucht irgendwo in Zentralamerika haben müssen und machte ihn dank Vincents Karten in der Nähe von Casca Vieja aus.