Mark Produktionsvertrag mit Activision sah vor, dass sie Spiele ablehnen konnten und nicht alles finanzieren mussten, was Mark Cale ihnen vorschlug. Im Falle des Karatespiels hatten sie das getan, weshalb Marcs Mutter eine Hypothek auf ihr Haus aufnehmen musste und es letztlich von Epyx statt Activision vertrieben wurde. Doch als Activision Gründer Scott Orr IK auf Platz 1 der Verkaufscharts sah, wollte er ebenfalls einen Teil vom Kuchen abhaben und bat Marc um einen Nachfolger für Activision. So entstand durch Archer MacLean mit International Karate Plus ein zweites ziemlich ähnlich aussehendes Spiel bei System 3. Activision wollte die Beat’em’ups auf einen neuen Level heben und Archer hatte die Idee eines Dojos vorgeschwebt, in dem die Kämpfer quasi um den Ring saßen und der nächste aus den Rängen aufs Feld kam. Daraus wurde letztlich ein Prügelspiel mit drei Kämpfern. Was technisch eine kleine Herausforderung wurde, da Archer nicht die langsamen löschen und füllen Funktionen des C64 nutzen wollte, der C64 gleichzeitig aber nicht so viele Sprites darstellen konnte. Aber Archers Erfahrungen bei der Atari 800 Programmierung halfen ihm das Problem zu überwinden. Letztlich umfasste International Karate nicht nur die gängigen Prügelduelle sondern ebenso kleine Minispielchen zwischen den Matches. Bei denen der Spieler mit einem Schild Bälle abwehren musste. Das Prinzip baute IK+ weiter aus. Die Bälle wurden zu Bomben und diese Bomben kamen in den fortgeschrittenen Matches auch während eines Duells ins Bild geflogen. Wo sich der Spieler entweder drauf werfen konnte, oder sie gekonnt mit einem Kick zurück beförderte. IK+ wurde ein ähnlich großer Erfolg wie das erste Spiel und System 3 setzte die Reihe auch Jahre später noch fort. 1994 gab es eine Amiga CD32 Fassung und Ende 99 ein International Karate 2000 für den Game Boy Color. Beam Software, die australischen Way of the Exploding Fist Macher, hatten zur Zeit von IK1 zwar keine Klage eingereicht, aber ebenso wie Data East ihrem Ärger öffentlich Luft gemacht. Als IK+ 1986 erschien, lieferten sie mit Fist+ aus Protest eine exakte Kopie von IK+ in Australien aus.
Durch den International Karate Erfolg zog System 3 1987 von Londons South Bank Stadtteil in neue Büros in Hatton Gardens um. Zu dem Zeitpunkt war Mark schon beim dritten Versuch The Last Ninja zu realisieren. Schon seit Mark Warren Robinett Adventure auf dem Atari 2600 gespielt hatte, wollte er ebenfalls ein Action-Adventure entwickeln. Ataris „Adventure“ war 1980 tatsächlich das erste Spiel dieses Genres und ebenso der Ursprung der Easter Eggs. Mark hatte die Vision eines isometrischen Actionspiels, in dem der Spieler als Ninja Puzzles lösen und Leute verprügeln musste. Wofür Mark selbst Storyboards anfertigte und System 3’s leitender Künstler Hugh Riley die Grafiken zeichnete. Übrigens eine sehr ungewöhnliche Sache zu der Zeit, da meist ein Programmierer allein ein Spiel für sich programmierte und dafür die bestmöglich passenden Routinen verwendete ohne jemals ein Storyboard in Erwägung zu ziehen. Obwohl der C64 schon ein paar Jahre auf dem Markt und die Entwickler mit der Hardware vertraut waren, brachte seine Vorstellung der isometrischen Perspektive und hochqualitativen Grafik bei 64 KB Speicher schier unlösbare Probleme mit sich. Die ersten Programmierer, die er in London angeheuert hatten, erklärten es für unmöglich und verließen System 3 wieder. Dann beauftragte Marc Andromeda in Ungarn damit, welche bereits die International Karate Konvertierung auf den Atari ST für System 3 programmiert hatten. Als die Version Ende 1986 bereits zu 85% fertig war und Marc sie sich vor Ort ansah, musste er feststellen, dass es optisch grandios aussah, das Spiel aber unglaublich langsam war, weil István Bodnari und sein Team komplett in Forth programmiert hatten. So brach Marc die Entwicklung in Ungarn ab und fand mit John Twiddy, endlich den richtigen Mann für den Job. John hatte damals das Expert Cartridge für den C64 entwickelt. Ein Modul was sowohl die Ladezeiten des C64 beschleunigte, als auch das ermöglichte das aktuelle Programm zu Analysezwecken einzufrieren. John Twiddy nahm grundlegend István Bodnaris Arbeit und quetschte die doppelte Menge Daten in den Speicher des C64. Dennoch war das Gesamtausmaß der Animationen und Objekte immer noch zu speicherintensiv, damit der C64 sie auf einmal handhaben konnte. Deshalb unterteilte John das Spiel in sechs Level a 15-25 Bildschirmen mit unterschiedlichen Grafikstilen: The Wastelands, The Wilderness, Palace Gardens, The Dungeons, The Palace und The Inner Sanctum. So bekam jeder Level z.B. nur eine Art von Baum, der unzählige male repliziert wurde. Was heute normal oder lachhaft klingt, war damals innovativ. Um die Resourcen weiter zu schmälern, beschränkte John den begehbaren Bereich des Spielers. Womit Armakuni nicht mehr auf Gras, sondern lediglich noch den Wegen laufen konnte. Selbiges Begrenzungssystem verwendete er ebenso, um den Drachen erwachen zu lassen oder zu entscheiden, wann der Spieler ins Wasser fiel. Der Sprungakt zur Überquerung von Flüssen, bei denen der Spieler ins Wasser fiel und starb, wenn er nicht exakt die Steine traf, war im Übrigen Johns Versuch das Spiel in die Länge zu ziehen. Was ihm zweifellos gelang, aber für viele Spieler echt frustrierend wurde.
Im fertigen Spiel tötete der Shogun und Magier Kunitoki die letzten Ninja, welche am Shrine of the White Ninja trainierten. Lediglich einer, Armakuni, überlebte und als dieser musste der Spieler verhindern, dass Kunitoki seine eigenen Leute am Schrein zu Ninja ausbilden konnte. Wofür er diverse Standard- und Endgegner besiegen sowie Rätsel lösen muss.
Obwohl John Twiddy letztlich nur zwei Monate an The Last Ninja programmierte, dauerte die gesamte Entwicklung vom ersten Konzept an volle zwei Jahre. Als es letztlich im August 1987 erschien, war der C64 auf dem Höhepunkt seiner Laufbahn und The Last Ninja verkaufte umgehend 2 Millionen Exemplare, was sich bis zum Erscheinen des Nachfolgers sogar auf 4 Millionen verdoppelte. Eine äußerst beeindruckende Zahl, die heute zwar viele AAA-Titel erreichen, aber damals zu Beginn des Computerzeitalters außergewöhnlich war. Vor allem daran bemessen, dass die Commodore Computer ebenfalls die Hochburg der Raubkopierer waren. Dieser Durchbruch ging auch an anderen Branchenriesen nicht vorüber. Ultimate Play the Game, mittlerweile besser bekannt als Rare, boten Marc eine Kooperation an. Ultimate Play the Game stand selbst gerade in Verhandlungen mit Nintendo und wollten The Last Ninja fürs NES herausbringen. Bedauerlicherweise ließ System 3’s Vertrag mit Activision das nicht zu. Ein Deal dessen Ablehnung Mark Cale im Nachhinein immer als Fehler aufgezeigt hat.
Ende 1987 lieferte System 3 mit Bangkok Knights einen echten International Karate Nachfolger aus. Dieses Mal nicht von Archer McLean sondern Nick Pelling programmiert, bestach es zwar durch gewaltig große Sprites und gesampelte Sprachausgabe, aber leider auch mit deutlich langsameren Gameplay. Das Thai-Boxen bot individuelle Charaktere mit eigenen Moves und unterschiedlichem Aussehen. Sowie natürlich optisch schön gestaltete Austragungsorte, die von Klippen mit fliegenden Vögeln bis zu Straßen mit Zuschauern aus den Häusern rangierten. Die englischen Bangkok Knights Bewertungen mögen jedoch etwas großzügiger ausgefallen sein, da Mark der britischen Presse einen Flug nach Bangkok sponserte und sie einem echten Thai-Boxen-Match beiwohnen ließ.