Mit deutlich mehr Entwicklungszeit als zwei Monaten ließ John Twiddy in Last Ninja 2: Back With A Vengeance viele neue Ideen einfließen, zu denen ihm zuvor keine Zeit geblieben war. Es gab deutlich mehr Puzzles, die erstmalig auch Hebel einschlossen und das Spiel enthielt ebenso bewegliche Objekte, wie Beispielsweise ein Boot, das die Überquerung des ersten Flusses ermöglichte. Die Level wurden nicht nur farbenfroher, sondern deutlich abwechslungsreicher. Sie reichten vom Central Park, über die Kanalisation und zu einem Opiumlabor bis hin zu Kunitokis Hochburg. Zudem umfassten die Level nicht mehr nur einen Standardgegnertyp, sondern rangierten von Gangstern, über Punks bis hin zu Polizisten. Letztere konnten den Spieler übrigens mit einem einzigen Schuss töten. Während die normalen Gegner insgesamt zwei Mal getötet werden mussten, um endgültig zu verschwinden, regenerierten sich Gegner der späteren Level permanent.
Statt des mittelalterlichen Japans von The Last Ninja versetzten die Ninjagötter Armakuni und Kunitoki mit Hilfe einer magischen Kugel ins New York des 20. Jahrhunderts. Wo der Spieler das Unternehmen des Korrupten Shoguns zerschlagen und die Kugel entwenden musste. Als Last Ninja 2 im Herbst 1988 an die Tester ging, lobten die Magazine die hitverdächtigere Musik, packende Handlung und kürten es sogar zum Spiel mit der besten Grafik 1988. Die Portierung auf die große Commodore Schwester Amiga, ging hingegen mit einer 44% Wertung unter. Marc Cale, der mittlerweile zur Marketing Hochform aufgelaufen war, lieferte Last Ninja 2 in zwei verschiedenen Versionen aus. Die Deluxe Edition enthielt zusätzlich zum Spiel eine Karte, eine Ninjamaske sowie einen Wurfstern. Letzterer war zwar aus Gummi, aber dennoch steinhart und durchaus in der Lage einem Kind das Auge aus zu stechen. Was dazu führte, dass einige Händler es nicht in die Verkaufsregale stellen wollten und sich deshalb die gesamte Auslieferung verzögerte. Was aber effektiv wieder zu einer superben Marketingnummer mutierte. Im November 1988 gab Mark zu guter Letzt eine Liste von Geschäften heraus, welche die Deluxe Version von Last Ninja 2 verkaufen würden. Es wurde mit 5,5 Millionen Exemplare zum bestverkauften C64 Spiel überhaupt. Da Commodore ca. 20 Millionen C64 ausgeliefert hatte, kaufte also jeder vierte C64 Besitzer auf der Welt Last Ninja 2 und der Rest spielte vermutlich eine Raubkopie davon.
Mark Cale knüpfte 1988 an das erfolgreiche neue Konzept der Action-Adventures mit Myth: History in the Making an. Dieses Mal jedoch nicht aus einer isometrischen Perspektive, sondern von der Seite in Form eines Plattformers. Mit Myth wollte Mark Bezug auf etwas nehmen, mit dem der Spieler bereits vertraut war, quasi bekannte Geschichten. Medusa, Hydra und andere nordländische Mythologien. Nach einem einführenden Level in Hades, der Unterwelt, sollte der Spieler Schrittweise durch die Zeit reisen. Ins Griechenland 400 vor Christi, Skandinavien 900 nach Christi und Ägypten 3000 Jahre vor Christi, um letztlich in der Gegenwart zu landen und dort den Endgegner Daemeron zu bezwingen. Marc heuerte dafür Pete Baron und Bob Stevenson an, die gerade Salamander für Konami auf den C64 portiert hatten. Sie verstanden zwar was Marc mit Myth erreichen wollte, sahen das Wissen über die Mythen, welche das Spiel erforderte, um die Puzzles lösen zu können, jedoch als zu extrem an und so einigten sich die drei darauf Geschichten aus Kinderbüchern als Grundlage zu verwenden, die bis zur Teenager Zielgruppe jeder kennen sollte. So bekam Myth ein Jump’n’Run Konzept mit Schwertkampf, in dessen Leveln der Spieler als Teenager aus dem 20. Jahrhundert Objekte und Waffen einsammeln konnte. Neben der Beseitigung von Skeletten, Mumien, Dämonen und Wikingern sowie Bossen wie Medusa und Thor musste er die gefundenen Objekte an der richtigen Stelle einsetzen. Beispielsweise einen Schädel ins Feuer werfen oder einen Gegner mit einer bestimmten Waffe wie einem Dreizack bezwingen. Das Handbuch lieferte dabei Informationen zu den Mythen und kleinere Hinweise zur Lösung der Puzzles. Als kleine Auffrischung des Konzepts wechselte Myth im letzten Level vom Nahkampf zum Shoot’em’up. Auf den 8-Bit Systemen wurde Myth ein großer Hit. Die folgenden Amiga, CD32 und NES Portierungen, die teilweise als Conan: The Mysteries of Time erschienen, hingegen nicht so sehr.
Zwei Monate später, im August 1989 versuchte sich System 3 mit einer Art Last Ninja Spin-Off. In Vendetta übernahm der Spieler die Rolle eines Kriegsveteranen, dessen Bruder im Dienste des Staates an der ultimativen Waffe forschte und dann samt dessen Tochter gekidnapped wurde. Als die Polizei ihn verdächtigte, wurde es für den Spieler Zeit für die Vendetta. Unter Verwendung einer neuen Last Ninja ähnlichen Engine durfte der Spieler so mit zeitgemäßen Waffen hantieren und wieder kleine Puzzles lösen, wie das erstellen einer ID-Karte mit Disketten und In-Game-Codebuch. Unterbrochen bzw. verbunden wurden die vier Army-Camp, Flughafen und Central-Park-Level von Verfolgungsjagden auf dem Highway. Bei denen der Spieler der Polizei Gegenstände aus dem vorangegangenen Level übergeben musste. Trotz guter Grafik und Story kritisierten die Magazine die schlechte Steuerung und die Käufer verschmähten es, da es mit ca. 25 Minuten Spielzeit äußerst kurz war.
Mit diesen Spielen und weiteren wie dem Shoot’em’up Dominator oder der Last Ninja Indiana Jones Mischung Tusker machten System 3s Produkte 1988 70% und 1989 80% von Activisions weltweitem Umsatz aus. Die volle Umsatzbeteiligung bekam Mark Cale jedoch nie ausgezahlt, da Activision durch den Rechtsstreit mit Magnavox wegen Patentverletzung im Sommer 1990 beinahe Bankrott ging. Wodurch System 3 wieder auf sich allein gestellt war und 1990 für Flimbo’s Quest erstmals als unabhängiger Publisher auftrat. Da die The Last Ninja Spiele ein gewaltiges Zugpferd für den C64 gewesen waren, ging System 3 eine Partnerschaft mit Commodore ein und verkaufte ihre Spiele in finanziell lukrativen Bundles zusammen mit dem C64 und Amiga. John Twiddy arbeitete dafür an Cartdrige Versionen ihrer Spiele, für den C64, bei denen die lästigen Ladezeiten wegfielen. Im Zuge der neuen Partnerschaft brachte System 3 mit Last Ninja Remix eine Neuauflage der bisherigen Spiele heraus. Während die C64 Fassung Teil 2 mit neuem Soundtrack und veränderter Statusgrafik war, bestand die Amiga und Atari ST Version von Last Ninja Remix aus dem ersten Spiel, was bis dahin noch nicht für die 16-Bit Computer erschienen war.
Systems 3s leitender Programmierer John Twiddy und der leitende Künstler Hugh Riley gründeten 1988 ihre eigene Firma Vivid Image, die 1991 mit der First Samurai Reihe durchstartete. Dadurch ging die Entwicklung des neuen Last Ninja 3 an Stanley Schembri über, welcher bereits Vendetta gemacht hatte. Er eine komplett neue Engine für Vendetta und Last Ninja 3 programmiert, die viele Tester im Nachhinein gegenüber der alten bemängelten, die Spiele optisch jedoch besser aussehen lies.
Von einem Strudel durch Raum und Zeit getragen, fand sich der Spieler dieses Mal als Armakuni im Palast der Mysterien in der Zukunft wieder, einem fünf Level großem Anwesen, das etwas weniger orientalischen Flair hatte und eher einem Dungeons und Unterwelt Thema folgte. Obwohl die Level mit 12 – 16 Bildschirmen etwas kleiner ausfielen, beinhalteten sie mehr Puzzles, wie z.B. gleich zu Beginn aus Handschuh und Nägeln eine Kletterhilfe zu basteln. Ebenso gab es kleine Veränderungen der Spielmechaniken, wie das der Spieler die Waffen seiner Gegner gegen sie einsetzen konnte, oder er Bushido-Kraft verlor, wenn er Kämpfen aus dem Weg ging. Atmosphärisch wurde Last Ninja 3 das beste Spiel der Reihe und das Intro rundete die sehr gelungene Grafik ab. Die neue Engine brachte jedoch einige Kollisionsprobleme mit sich und viele Tester verfluchten die Steuerung sowie das gesamte Kampfsystem. Die C64 Version erschien ebenfalls auf einem Modul, während die Amiga und Atari ST Fassung wie üblich nur auf Diskette ausgeliefert wurden. Der Sprung auf den Amiga war System 3 bislang nicht so recht gelungen und die C64 Ära war zum Last Ninja 3 Release im Juli 1991 klar zu Ende, somit reichten die Verkäufe nicht an den zweiten Teil heran. System 3 verkaufte aber dennoch auf sämtlichen Plattformen weltweit 3 Millionen Exemplare.