Parallel zu dem 50/50 in den USA und Australien entwickelten zweiten Freedom Force und Tribes Vengeance, arbeitete Irrational Games Boston beginnend Sommer 2003 an einem weiteren Spiel für Vivendi Univesal Games. Was für den Zusammenhalt des noch jungen Teams und ihr Vertrauen in die selbst entwickelte Technik, nach dem Misserfolg von The Lost äußerst wichtig war. Sierra On-Line hatte 1987 die Police Quest Reihe ins Leben gerufen, die im Laufe der Jahre zu Police Quest SWAT mutierte. Nach der Vollendung von SWAT 3: Close Quarter Battle arbeiteten sie schon mehrere Jahre am vierten Spiel SWAT: Urban Justice. Doch Schirmherr Vivendi cancellte die Entwicklung, da es sich zu weit von ihrer Vorstellung der SWAT Spiele distanziert hatte. Als Tribes Vengeance in der Halbzeit und Vivendi mit dem Fortschritt des Spiels zufrieden war, boten sie Irrational Games an ebenfalls SWAT 4 produzieren zu dürfen. Zu dem Zeitpunkt bot Irrationals Vengeance-Engine schon alle Features, die das Team für SWAT brauchte und da alle große Fans von Sierras Original gewesen waren, willigte Irrational Games ein.
Im Gegensatz zu den vorangegangen Titeln, hielt Ken Levine sich aus der Entwicklung heraus und überließ das Design William Gardner, Paul Hellquist und Ian Vogel. Langjährigen Mitgliedern des Irrational Teams und in Ian Vogels Fall sogar einem Looking Glass Veteranen, der schon für die gesamten Thief Spiele verantwortlich gewesen war. Nichts desto trotz besann sich das Trio auf das für Irrational Games typische Environmental-Storytelling. Vivendis Vision sah eigentlich eine übergeordnete Geschichte mit verknüpften Missionen vor, die zur Zerschlagung eines großen Verbrechersyndikats führten. Aber das Trio wollte das Gefühl vermitteln, dass jede Mission eine einzigartige Situation erschafft. Ähnlich wie es David Fincher mit der Trostlosigkeit der Orte in „Sieben“ gelungen war. Die Details innerhalb des Szenarien sollten, wie schon in System Shock 2, die Geschichte erzählen. Dadurch hinterließen einige Missionen, wie das Kultistenlager mit Gräbern im Keller, oder die Ranch mit der Oma, dessen Sohn ein Serienmörder war und Frauenleichen in Fässern verrotten ließ, einen bleibenden Eindruck bei den Fans. Die Einsatzorte von SWAT 4 reichten vom Einfamilienhaus, über ein China-Restaurant, bis zum Rock-Konzert Nachtclub mit einer Treibstoffbombe. Der taktische Shooter sollte glaubwürdige Stadtszenarien schaffen, mit Authentizität als oberstem Ziel. Dafür holten sie den Los Angeles SWAT Beamten Ken Thatcher zur Beratung nach Boston. Welcher ihnen mehrere Tage demonstrierte wie Waffen richtig zu halten waren, sich Einsatzteams bewegten, wie Täter in den gegebenen Situationen normalerweise reagierten usw. SWAT 4 hob sich in vielerlei Hinsicht von den anderen Irrational Spielen ab. Es war ein Shooter, der aus Realismus-Gründen auf nicht-tödlichen Waffeneinsatz baute. Es verzichtete gänzlich auf Heilung bzw. Gesundheitsmanagement und es beinhaltete weder Charakter- noch Equipment-Fortschritt. Beim Release im April 2004 wurde SWAT 4 durchweg positiv von Kritikern und Fans der Reihe angenommen. Es erhielt eine 85% Durchschnittswertung und tauchte Jahre später in einigen Bestenlisten auf.
Mit der ein Jahr später vollendeten The Stetchkov Syndicate Erweiterung bekam Vivendi Universal dann auch ihren Wunsch der Geschichte eines Verbrechersyndikats und bat Irrational Games um die Produktion eines fünften SWAT Spiels. Aber keiner in Boston hatte eine Idee, was sie in SWAT 5 thematisch machen noch könnten. So entstand, nach einem Filmabend mit „28 days later“, die SWAT: Special Division zur Bekämpfung einer Zombie Apokalypse. Dieser Einfall war lange vor Left4Dead und unzähligen weiteren Zombie-Spielen. Resident Evil war damals das einzige derartige Aushängeschild, aber das Irrational-Team fand, es würde die Natur der „Dawn of the Dead“ Filme nicht einfangen. Division 9 sollte diese Vision transportieren. Der erste Pitch distanzierte sich bereits weit von SWAT. Der Spieler war in einer Basis verbarrikadiert, von der aus er in verschiedene Teile der Stadt vorrücken konnte, um Vorräte zu besorgen, Bewohner zu retten oder ähnliches. Neue Leute brachten Waffen mit oder verstärkten weiter die Basis. Eines der obersten Ziele war es das Kraftwerk des Stadt wieder in Gang zu bringen, um ebenfalls bei Nacht ausrücken zu können. Ferner war für Erkundungsmissionen eine Art Zombiesand geplant, mit dem sich der Spieler einreiben konnte, um sich unentdeckt unter Zombies bewegen zu können, solange er keinen Gebrauch von seiner Waffe machte. Das Grundkonzept von Division 9 bestand darin, dass die Zombiemassen niemals aufhörten. Die andauernde Entscheidung sollte sein, die Horde zurückhalten oder einen strategischen Vorteil zu gewinnen. Wofür Türen verbarrikadiert werden konnten und ähnliches. Ebenso zeit-orientiert war es, wenn ein Team-Mitglied gebissen wurde. War der Spieler nicht schnell genug mit dem Gegenmittel bei diesem, verwandelte sich das Mitglied in einen Zombie. Was wiederum emotionale Szenen hervorrufen sollte wie „Ich will Fred nicht töten, er ist mein Freund“. Darüber hinaus war es natürlich kritisch für jede Mission keine Leute zu verlieren.
Als Irrational Games den Vorschlag Vivendi Universal unterbreitete, war denen das zu weit vom eigentlichen SWAT Konzept entfernt. Später kamen sie auf Ken zurück und baten um die Realisierung des Zombie Survival Shooters. In dem Moment hatten Ken und Jon jedoch gerade ihre Firma an Take-Two Interactive verkauft und somit war es ihnen nicht mehr möglich Spiele für andere Publisher zu produzieren, obwohl das Australische Team die Kapazitäten frei gehabt hätte.
Bereits nach The Lost und Freedom Force wollte Ken zu System Shocks freier Spielweise und dessen Erzählstil, der den Spieler einnimmt, zurückkehren. Die erste Demo dessen, was einmal BioShock werden würde, entstand somit schon 2002, im Rahmen der Unreal 2 Engine, auf Microsoft’s Xbox. Doch diese Demo spielte nicht unter Wasser, sondern wie System Shock im Weltraum. Ihr Austragungsort war ebenfalls eine Raumstation, heimgesucht von genetischen Mutationen, die aus Science-Fiction-B-Movies stammten und einem Protagonisten namens Carlos Cuello, dessen Aufgabe es war Leute von ihrer mentalen Programmierung zu lösen. Dieser Rollenspiel-Shooter-Hybrid, hatte als grundlegende Spielmechanik, Rohstoff-sammelnde-Drohnen, Beschützer für diese und Ernter, welche versuchten den Drohnen dir Rohstoffe zu entreißen. Ein Konzept das System Shock 3 hätte werden können, wenn EA zugestimmt hätte. Volle zwei Jahre später, fanden Jon und Ken mit 2K endlich einen Publisher, der bereit war besagtes Projekt zu finanzieren und ihnen in Punkto Geschichte sowie Setting freie Hand ließen. 2004 wechselte BioShock somit von einer 6-Mann-Pre-Production in die Produktion. Zunächst mit 25 Mann bei Irrational Games Boston sowie 5 Mann von Canberra und dann zu stolzen 60 Leuten, die quasi von 2K bezahlt wurden. Denn obwohl es erst zwei Jahre später offiziell wurde, kaufte 2K Games bzw. deren Mutterkonzern Take-Two Interactive Irrational Games. Ken’s Niederlassung zog dadurch Ende 2004 von Südboston nach Quicy, einem Vorort von Boston, über einen Hörgeräteladen.