Spiele von Ken Levine sind anders. Das liegt darin begründet, dass sich sein Team zunächst um das Gameplay kümmert und er dann die Story darauf zuschneidet. Das Resultat wirkt nicht, als wäre Geschichte auf Grund von Gameplay zu kurz gekommen. Ein weiterer wichtiger Faktor ist das Setting der Spiele. Für normale Menschen wirkt es unnatürlich, wenn plötzlich eine Straßensperre das Vordringen in den Rest der Stadt verhindert. Aus diesem Grund wählt Ken Orte wie ein Raumschiff oder eine Unterwasser Station, die von sich aus natürlich begrenzt sind. Während die Story, um religiösen Fanatismus und ungebundener Wissenschaft, in einem Unterwasserkomplex, fest stand, hatte das Team noch keinen klaren Art-Style gefunden. Level sahen einfach wie graue industrielle Korridore aus, die genau so gut im Weltraum hätten sein können. Die Idee des BioShock Settings bzw. der Thematik wurde geboren, als Ken den Art Deco Style des Rockefeller Centers mit der Atlas Statue sah. Nicht nur der Stil des Gebäudes, sondern ebenfalls dessen Historie fanden einen Weg in die Geschichte von BioShock. Mehrere Abteilungen fertigten unterschiedliche stilistische Abschnitte an. Es war die Raumgruppe von Level Designer Jean Paul LeBreton, die Ken letztlich als den BioShock-Standard definierte. Sie wurde im fertigen Spiel zum Tea Garden. Jean Paul LeBreton kam ebenso die Idee, eine Art Gedankenkontrolle zu benutzen, um den Spieler zu leiten. Ganz wie es in den typischen 50er Jahre Filmen. Der Gedanke war, dass Atlas ein Konditionierungs-Irgendwas in den Körper des Spielers eingepflanzt hatte, mit welchem er diesen manipulieren konnte. Der leitende Designer Paul Hellquist führte den Gedanken weiter, Atlas könne eine Phrase wie „Excelsior“ oder „Cedo Maiori“ einsetzen. Aber das war zu offensichtlich. Für die E3 2006 schrieb Ken dann den Marketing-Aufhänger: „Would you kill people, even innocent people, to survive?“ Dieser verwandelte sich in die Phrase: „Would You Kindly?“. Der fortan den Beginn jedes Satzes formte, mit dem Atlas den Spieler in BioShock seine Aufgaben erledigen ließ.
Die Verwandlung der Drohnen und Beschützer von 2002 in die Little Sisters und Big Daddys von 2007, kam Ken beim Schauen einer Natur-Dokumentation über Ameisen. Er fragte sich: was wäre, wenn eine Soldaten Ameise eine Arbeiter-Ameise beschützen würde? Neben dieser gebieterischen Beziehung strebte Ken ebenso eine emotionale Beziehung an. Denn sowas gab es noch nie in einem Shooter. Die äußerst verdrehte Vater-Tochter-Beziehung war geboren und brachte gleichzeitig einen Teil der Rapture Geschichte mit sich. Denn es stellte sich die Frage, welche Welt würde Kinder arbeiten lassen? Zunächst sollte der Spieler zu den Little Sisters beten. Daraus ergab sich wiederum die Idee, einen Exorzismus an ihnen zu verüben. Im Verlauf von 2006 hatte sich das Konzept herauskristallisiert, dass der Spieler weniger Punkte erhielt, wenn er eine Little Sister rettete. Aber 2K’s Boss, Greg Gobbi, weigerte sich, ein Spiel auszuliefern, welches den Spieler dafür bestrafte das Richtige zu tun. Außerdem gab es Bedenken, dass Kinder zu töten den Wertungen des Spiels schaden könne. Letztlich wurden die Kinder unverwundbar und konnten nur „geerntet“ werden, nachdem ihr Big Daddy verstarb.
Das stetig wachsende BioShock verschluckte immer mehr Resourcen. 2006 unterhielt Irrational Games in Boston und Canberra zusammen bereits über 100 Mitarbeiter, die ausschließlich an dem Spiel werkelten. Mit steigenden Kosten veränderte sich ebenso die Zielgruppe. Im Sommer 2006 beschloss 2K, BioShock zu einem reinen First-Person-Shooter zu machen, um für ein breites Publikum und nicht nur einen Nischenmarkt attraktiv zu wirken. Unzählige Änderungen später, erschien BioShock im August 2007 mit Gesamtkosten von 25 Millionen US Dollar. Das Ergebnis war jeden Penny wert. BioShock erhielt eine Durchschnittswertung von 96%. Es gewann nicht nur Game of the Year Awards, sondern landete ebenso in Top 100 Listen, der besten Spiele aller Zeiten. 2K verkaufte mehr als 5.000.000 Exemplare von BioShock.
Doch es war nicht alles so rosig, wie es auf den ersten Blick aussah. Irrational Games hatte trotz des großen Wachstums weiterhin eine flache Firmenstruktur. An der Spitze Ken und Jon, ihnen folgend ein paar Abteilungsleiter und sämtliche Entwickler. Mitgründer Jonathan Chey wurde es zu viel eine dreistellige Mitarbeiterzahl managen zu müssen. Er verließ seine eigenen Firma. Ähnlich verhielt es sich mit einigen langjährigen Mitarbeitern und Schlüsselfiguren des BioShock Teams. Paul Hellquist, BioShocks leitender Designer, wollte aus Kens Schatten treten. Er wurde zu Gearbox Software’s Creative Director für Borderlands 2. Designer Jordan Thomas, Jean Paul LeBreton, sowie Künstler Hogarth De La Plante und zwei weitere Mitarbeiter, waren mit Ken Levines Führungsstil nicht ganz einverstanden. Sie gründeten im Dezember 2007, mit der Unterstützung von Take-Two, in Kalifornien 2K Marin und übernahmen die Fortsetzung von BioShock.