Die fiktive Unterwasserstadt Rapture wurde von Andrew Ryan in BioShock gebaut, um der Tyrannei der Regierung zu entkommen und die besten und intelligentesten Köpfe der Welt unter einem Dach zu vereinen. Zunächst gedieh diese Idee und die Weltelite erschuf auf dem Meeresboden ein Wunder nach dem anderen. Doch schnell begann die Fassade des Wunderwerks zu bröckeln. Rapture brauchte eine Arbeiterklasse, die Toiletten putzte und Seeranken von den Böden schrubbte. Aus der neuen Zweiklassengesellschaft erhob sich Geschäftsmann und Gangsterboss Frank Fontaine, der zusammen mit Dr. Brigid Tenenbaum Schwarzmarktrouten zur Oberfläche aufbaute und eine billige Plasmid-Industrie erschuf. Die wiederum auf der Massenproduktion von ADAM basierte, welches von kleinen Waisenkindern, den Little Sisters, geerntet wurde. Raptures Gründer, Andrew Ryan, schloss Fontaines Fabriken. Aber in den Folgemonaten erhob sich mit Atlas eine neue Figur und diese machte Jagd auf die Little Sisters. Andrew Ryan konterte, indem er die Big Daddys kreierte. Durch Plasmide aufgewertete Menschen, die mental darauf programmiert waren, die Little Sisters zu beschützen. Der Kleinkrieg gipfelte darin, dass Atlas am Neujahrsabend 1958 mit all seinen Mitteln Andrew Ryan angriff. Ryans Utopie fiel, ließ die meisten Anwohner tot zurück und der Rest verbarrikadierte sich.
BioShock war somit der Anfang, der Mittelteil und das Ende einer in sich abgerundeten Geschichte und somit gleichzeitig ein Problem, für das neue 2K Marin Team eine Fortsetzung zu schreiben. Sie mussten einen neuen Machtkampf erzeugen, der in Rapture ausgetragen werden konnte. So setzten sie zwei Jahre vor der Silvester-Schlacht ein. Dort holte Andrew Ryan Psychiaterin Dr. Sophia Lamp nach Rapture, um die Bedenken seiner Wunschkinder zu schmälern. Doch Ryan hatte Dr. Lamp lediglich nach ihren Fähigkeiten beurteilt, ohne ihre persönliche Ansichten zu kennen. Erst als sie in Rapture eintraf, wurde klar woran sie glaubte. Der Spieler erwachte in BioShock 2 zehn Jahre nach Sophia Lamps eintreffen und der großen Schlacht, als Subject Delta, einem der ersten Big Daddys. Er wusste weder wer er war, noch wie er dort her kam. Mit dieser Geschichte drehte Schreiber Jordan Thomas den Spieß um. Er gab dem Spieler die Möglichkeit in die Rolle eines der stärksten Monster von BioShock 1 zu schlüpfen, Little Sisters zu adoptieren und auf dem Meeresboden spazieren zu gehen. Gleichzeitig sollte er jedoch ebenso die Furcht verspüren, welche der Spieler als Jack im ersten Teil den Big Daddys vermittelt hatte. Deshalb erfand das 2K Marin Team eine übermächtige „Big Sister“, das furchterregendste Geschöpf, was Rapture je hervorgebracht hat. Im Verlauf der Beta-Tests stellte es sich für den Spieler jedoch als zu frustrierend heraus, die Big Sister nie besiegen zu können. Daher änderte sich das Konzept bis zum Release in mehrere Big Sisters, die den Spieler nacheinander heimsuchten.
Das 86-Mann starke 2K Marin Team erschuf dafür in Zusammenarbeit mit 2K Australia, 2K China, Digital Extremes und den Arkane Studios neue Charaktere und Örtlichkeiten innerhalb der fiktiven Unterwasserstadt, die BioShock 2 ähnlich fantastisch wie seinen Vorgänger aussehen ließen. Was den Spielablauf an ging, verwandelte sich BioShock 2 aber mehr in die Richtung eines Rail-Shooters. Ohne die Option zwischen den Abschnitten der Stadt hin und her wechseln zu können, wie es Ken Levines Spiel getan hatte. Dem fiel ebenso das Pipe-Mania-inspirierte Hacking Minispiel zum Opfer. Trotz einer wiederum äußerst gelungenen und gut in Szene gesetzten Geschichte, bot BioShock 2 kaum Erneuerungen. Lediglich nach 80% den Spiels, durfte der Spieler für wenige Minuten in die Rolle einer Little Sister schlüpfen, die eine gänzlich andere Sicht auf Rapture ermöglichte. Hauptsächlich wegen diese fehlenden Innovation fielen die Wertungen von BioShock 2 mit 88 Punkten etwas schlechter aus. Es verkaufte sich 3 Millionen Mal. Was 2 Millionen weniger waren, als 2K von dem Spiel erwartet hatte. Das war aber noch nicht das Ende des kalifornischen Studios.