Was den Spielinhalt anging, ließ Sega Gearbox völlig freie Hand. Weshalb die Texaner ihr bewährtes Militärtrupp-Konzept von Brothers in Arms ins Aliens Universum verlagerten und weiter ausbauten. Der Spieler sollte eine vierköpfige Squad, (Winter, Bella, O’Neal und Monday) zur Untersuchung der Sulaco kommandieren. Dem Schiff, mit welchem die ersten Marines in „Aliens – Die Rückkehr“ nach LV-426 flogen und an Bord dessen Bishop versehentlich die Alien Queen holte. Je nach Mission sollte der Spieler ein anderes der vier Squad-Mitglieder verkörpern, die, wie im Film, mit jeweils unterschiedlichen Waffen von Pulse-Rifle bis zum Flammenwerfer ausgestattet waren. Obendrein sollte jeder einen anderen Spezial-Gegenstand bei sich tragen, mit dem er auf die Umgebung reagieren konnte. Beispielsweise Hicks Hacking-Tool, um verschlossene Türen zu öffnen, einen Schweißbrenner, um sie zu versiegeln oder schlichtweg ein Medi-Kit, damit er andere Marines wiederbeleben konnte. Gänzlich unabhängig davon, welchen Soldaten der Spieler direkt kontrollierte, sollte er ebenfalls per Kommandos Zugriff auf die Fähigkeiten aller haben und so seine Kameraden zum Angriff, Rückzug etc. bewegen. Brian wollte dabei nicht so stark ins Detail gehen, wie es Ranbow Six Vegas tat, aber dem Kampf kleine taktische Komponenten beisteuern. Zusätzlich zu den gewohnten Mehrspieler-Karten, wollte Gearbox in Puncto co-op Gameplay noch einen Schritt weiter gehen als bei Earned in Blood. Bis zu vier Spieler sollten gleichzeitig an einer Kampagne spielen und somit, wahlweise im Splittscreen oder über Online Play, die gesamte Squad verkörpern.
Mit dieser Fähigkeitenpalette sollten die Spieler nicht nur wie gewohnt durch Korridore hasten, sondern sich ähnlich dem Film an Orten verbarrikadieren können. Also Hangartore zuschweißen, Geschütztürme aufstellen usw. Da Brian den Filmen gerecht werden wollte und Aliens keine Schusswaffen besaßen, sollte es unzählige Situationen geben, in denen Kameraden oder der Spieler selbst von einem Alien gepackt und in einen Lüftungsschacht, die Decke und dergleichen gezogen wurden. Wo sie sich dann auf engem Raum freikämpfen mussten.
Da Gearbox’s Entwicklerteams mit Brothers in Arms Hell’s Highway sowie Borderlands beschäftigt waren, aber auch die Pre-Production eine gewisse Menge Entwickler erforderte, gaben sie den Prototypen bei den Demiurge Studios in Auftrag. Ein Bostoner Videospiel-Entwickler, der parallel die PC Version von Mass Effect für BioWare produzierte, an BioShock Leveln für Irrational Games arbeite und für Gearbox Softwares erstes Brothers in Amrs bereits die X-Box Live Features realisierte. Parallel zu Demiurges neunmonatiger Prototypen-Realisierung, engagierte Brian einige Hollywood Autoren für das Skript des Spiels. Zu Gearbox Vorteil, kam Ende 2007 der große Autorenstreik für Film- und Fernsehproduktionen auf. Wodurch die Battlestar Galactica Autoren Bradley Thompson und David Weddle Gearbox Softwares Schreiber Mikey Neumann bei Charakteren und Dialogen unterstützten. Woraus ein Plot gedieh, der tatsächlich direkt an den Film anknüpfte.
Carter Burke, der Weyland-Yutani Manager, welcher versuchte Ripley und Newt mit einem Alien Symbionten zu infizieren, war es gelungen vor seinem Ableben eine Transmission über die Existenz der Xenomorphs abzusetzen. In Reaktion darauf entsandte Firmenchef Michael Weyland ein weiteres Schiff mit menschlichen Versuchskaninchen nach LV-426. Wo das begleitende Wissenschaftsteam Eier aus dem ersten Alien Schiff barg, die schlafenden Kolonisten damit infizierten und sodann Ripleys Schiff folgten. Aber eine der Kolonistinnen, Lisbeth Hutchins, erwachte während des Fluges und setzte sich zur Sulaco ab, dem Marines Truppen-Transporter des Films. In der Hoffnung dort tatkräftige Unterstützung zu bekommen, erweckte sie den schlafenden Corporal Hicks. Doch gerade als dieser sich erhob, stürmten drei Weyland-Yutani Wachen herein, eröffneten das Feuer, streiften dabei den auf Ripleys Gesicht sitzenden Facehugger und lösten durch den damit verbundenen Säurebrand einen Alarm aus. Was letztlich zur Evakuierung von Ripley, Newt, Bishop und einem weiteren unbekannten Marine auf den Gefängnisplaneten führte. Parallel zu den folgenden Ereignissen des Alien 3 Films, setzte Hicks einen Notruf ans USMC ab, welche 17 Wochen nach den Geschehnissen von Aliens mit der USS Sephora aufschlossen, um die Sulaco zu untersuchten. Ein Einsatz, welchen der Spieler als Corporal Christopher Winter und sein Team leiten sollte.
Bedauerlicherweise knüpfte der dritte Brothers in Arms Spross, Hell’s Highway, parallel nicht an den Erfolg des ersten Teils an und zeitgleich geriet Borderlands in eine Identitätskrise. Letzteres bot zwar spielerisch innovative Klassen samt Diablo-ähnlichen-Talentbäumen, überzeugte optisch jedoch in keinster Weise. Den Analysten zur Folge, würde es als Rage’s hässlicher kleiner Bruder untergehen. Brian löste das Problem, indem er sowohl den optischen Stil als auch das gesamte Intro von Ben Hibon’s Kurzfilm Codehunters kopierte. Das führte zwar zum entscheidenden, fehlenden Marketing-Feature, bedeutete aber eine mehrmonatige Überarbeitung eines beinahe fertigen Borderlands. Gerüchten zur Folge fehlte Gearbox Software an der Stelle bereits das Geld es überhaupt fertigzustellen und angeblich lag der einzige Grund, dass es ihnen dennoch gelang, in der Verwendung von Segas Aliens Kapital. So oder so, setzten die Gearboxler alles daran ihre Eigenentwicklung möglichst schnell auf den Markt zu bringen, um sich anschließend auf Aliens konzentrieren zu können. Sie zogen also Mitarbeiter von Aliens ab und ließen sie an Borderlands arbeiten.
Für Sega brachte das Jahr 2008 parallel extreme Verluste. Im Anfang 2008 endendem Finanzjahr verloren sie 230 Millionen US Dollar und im Verlauf von März bis Dezember 2008 erneut 119 Millionen Dollar. Was in der Entlassung von 560 Angestellten und Schließung von 110 Spielhallen resultierte. Gerüchten zur Folge bekamen sie obendrein Wind von der Schwerpunktverlagerung innerhalb Gearbox Softwares. Wie auch immer, stellte Sega im Oktober 2008 Aliens Colonial Marines ein. Wodurch Gearbox Software gezwungen war 25 Mitarbeiter zu entlassen.
Einige Monate darauf präsentierte Obsidian Entertainment Sega ihren Aliens Prototypen. Sega bot den Kaliforniern während der Alpha Protocol Produktion ebenfalls die Aliens Lizenz an. Womit Obisidian nach eigenem Ermessen ein Aliens RPG erschaffen sollte. Doch obwohl der Spieler sich in deren Aliens: Crucible einen eigenen Charakter erstellen durfte und das Spiel ebenso ein Basisbau-Feature beinhaltete, war es Aliens: Colonial Mariens erstaunlich ähnlich. In beiden Spielen steuerte man eine Squad Marines durch die engen Korridore von LV-426. Stellte man die beiden Spiele gegenüber, hatte Aliens Crucible, ungeachtet seiner kürzeren Entwicklungszeit, deutlich mehr technische Probleme. Obsidian kam mit der Entwicklung der Third-Person-Shooter Technologie, den Animationen und der gesamten Gebietsentwicklung nicht sonderlich schnell voran. So stellte Sega Aliens Crucible im Februar 2009 ein und erhörte Randy Pitchfords flehen, die Aliens Colonial Marines Produktion wieder aufzunehmen. Schließlich sah Sega in diesem Spiel die Chance, ihre Investition wieder zurück zu bekommen.
Der ursprüngliche Erscheinungszeitraum, des ersten Halbjahres 2009, verstrich ohne neue Ereignisse und Gearbox schaffte es, mit einem kleinen Team von Level-Designern und Grafikern, sowie Unterstützung von Demiurge, Meilenstein-Ziele zu erfüllen. Dann erschien im Oktober 2009 endlich Borderlands. Von dem Moment an, wollte sich Gearbox eigentlich voll und ganz um Aliens kümmern. Doch Borderlands erwies sich mit 4,5 Millionen Verkäufen als Gearbox Softwares erfolgreichstes Spiel. Ein enormer Gewinn fürs texanische Studio, da ihre Gewinnbeteiligung selbstverständlich deutlich größer ausfiel, als bei einer Auftragsarbeit wie Aliens. Logischerweise forderte Borderlands Publisher 2K direkt einen Nachfolger und Randy fing auch liebend gerne damit an. Womit Aliens sich die Kapazitäten weiterhin mit einem Borderlands Spiel teilen musste.