Auf der Suche, nach den drei Komponenten des Steins der Weisen, deckte Indy langsam Nadias Interessen auf. Sie verfolgte eine Gruppe Ex-Nazis quer durch Europa, die ihrerseits den Stein wollten. Nadia, die ihre Eltern an die Nazis verloren hatte und sich deshalb der sowjetischen Geheimpolizei anschloss, wollte nichts sehnlicher als den letzten Nazi auf Erden zur Strecke zu bringen. Das vermeintliche Opfer, Dunkelvolk, entpuppte sich hingegen als die rechte Hand des verrückten deutschen Pseudo-Wissenschaftlers Matthias Jäger. Der besessen davon war, Hitler mit dem Stein der Weisen wiederauferstehen zu lassen. Im Verlauf der Handlung geriet Indy immer wieder zwischen die Fronten, bis die Nazis letztlich die Oberhand gewannen. In einer letzten Verzweiflungstat schloss sich Nadia Indy, beim halsbrecherischen Abenteuer im südamerikanischen Dschungel, an. Gemeinsam triumphierten sie beim finalen Schachzug und stoppten den Aufstieg des vierten Reichs.
Die Suche nach dem Stein der Weisen, verlieh dem Spiel seinen provisorischen Titel: Indiana Jones and the Philospher’s Stone. Das Team legte jedoch Wert darauf, den Aspekt der Wiedergeburt darin aufzugreifen. Weshalb Sam & Max Produzent, Michael Stemmle, verschlug das „Iron Cross“ Symbol der Nazis mit dem Phönix zu verbinden und so der Titel Indiana Jones and the Iron Phoenix geboren wurde.
Bedauerlicherweise verließ Joe Pinney LucasArts nach dem Schreiben der Story bereits wieder. Er wurde stattdessen Produzent von Viacom New Media’s Congo Adventure-Adaption und später für die Fortführung von TellTales Monkey Island sowie Sam & Max Episoden bekannt. Die Lage der verfügbaren Produzenten bei LucasArts hatte sich zu dem Zeitpunkt keineswegs gebessert. Tim Schafer war zwar mit Day of the Tentacle fertig geworden, aber direkt zu seinem nächsten Projekt übergegangen. Weshalb Kelly Aric Wilmunder die Leitung von Indy 5 übertrug. Sein Name mag nicht jedem Fan etwas sagen, war aber ein Synonym der LucasArts Adventures. Denn Aric Wilmunder war der zweite „SCUMM Lord“ neben Ron Gilbert.
Aric hatte früher bei Atari angefangen, als sie noch eine 500 und nicht 8.000 Mann große Firma waren und wechselte dann mit Gründung der Lucasfilm Games Group dorthin. Eine von Arics ersten Taten war die Portierung von Charlie Kellners The Eidolon Cel Editior vom Atari 800 auf den C64. Woraus das Animations-Tool für Maniac Mansion entstand. Von da an konstruierte er mit Ron zusammen sämtliche Bausteine der SCUMM Engine, updatete sie für Indy 4 auf 256 Farben und sollte sie später bis zur 7.0 Version von The Curse of Monkey Island führen.
Durch Aric gewann Indiana Jones 5 einige interessante neue Features. Er hielt die Boxkämpfe der vorangegangenen Adventures für nicht abwechslungsreich genug und wollte sie zusätzlich um Action-Sequenzen aus der Ego-Perspektive, sowie Dragon’s Lair Abschnitte erweitern. Für erstere wollte er Vincent Lee’s INSANE Engine verwenden. Damit sollte Indys Flucht aus dem Gefängnis Berlins zu einer Motorradfahrt mit Straßensperren und sowjetischen Verfolgern werden. Ganz so wie es Tim Schafers parallel entstandenes Full Throttle letztlich Motorrad-Schlachten zeigte. Nach dem gleichen Prinzip war im zweiten Drittel, auf dem Weg nach Bolivien, ein Flug mit einem JU52 Wasserflugzeug durch die Anden vorgesehen.
Die vier Dragon’s-Lair-artigen-Sequenzen waren für noch Actionreichere Abschnitte gedacht, die den Filmen gleich kamen. Indy sollte beispielsweise während einer Schießerei in die Ecke getrieben werden, daraufhin durch eine Tür brechen müssen und dann zum Entkommen durch die Kanalisation tauchen. Der Spieler sollte dafür innerhalb weniger Sekunden lediglich Objekte wie die Tür oder Gully-Öffnung anklicken müssen. Jede dieser Action-geladenen-Sequenzen sollte drei oder vier Szenen umfassen.
Hinzu kamen weitere kleine Verbesserungen der Engine, wie z.B. dass Indy in sechs Richtungen laufen konnte. Also neben links und rechts ebenfalls in 20° Winkeln schräg lief. Eine Technik die Darkseed 1992 vorgemacht hatte. Genauso sollten die Locations aus bis zu vier Bildschirmen bestehen, die auf acht Ebenen scrollen konnten. Für diese Ortschaften schlug Grafiker William Stoneham verschiedene Themes vor. Kiev sollte kalt und bürokratisch wirken und Schneefall in den Außenarealen umfassen. In Irland wäre Indy morgens angekommen, hätte im Tagesverlauf Puzzles gelöst und dann bei Sonnenuntergang die Dolmen erreicht. Tibet wäre zwar kühl aber freundlich geworden, mit farbenfrohen Märkten auf den Straßen. Und das Finale im Amazonas wäre logischerweise ein lebendiger Dschungel mit allerhand krabbelnden und fliegenden Tieren geworden.
Die Option, von drei verschiedenen Lösungswegen wie in Fate of Atlantis, sollte Iron Phoenix zwar nicht bieten, aber die Hauptaufgabe, der Beschaffung der drei Steinteile, sollte in jeder beliebigen Reihenfolge lösbar sein. Das Interface hätte Indy 5 von Sam & Max übernommen. Also gänzlich Textlos mit Verb-Icons zum Untersuchen, Sprechen und Benutzen. Genauso waren Icons von Inventar-Gegenständen für Fragen danach in Gesprächen angedacht. Das erste Problem, auf welches das Team stieß waren jedoch die größeren Charaktere. Sie sollten mit 84 Pixeln doppelt so hoch, wie die Fate of Atlantis‘ werden. Quasi wie die Day of the Tentacle Charaktere, aber ohne dabei die zeichentrickartige Umrandungen zu haben oder überhaupt comichaft zu wirken. Indiana Jones sollte so realistisch wie in den vorangegangenen Abenteuern rüber kommen. Das stellte für Animationskünstler Anson Jew ein gewaltiges Problem dar, denn doppelt so große Sprites bedeuteten auch doppelt so viele Farben. Andernfalls würden die Figuren klobig wirken. Das diese Farben den Hintergrund-Grafik-Künstlern quasi weggenommen werden mussten, war jedoch ein zunächst unüberwindbares Hindernis. Iron Phoenix Kompromiss wurde etwas, was das Team als „Art Deco“ beschrieb. Quasi nicht 100%ig realistische Hintergründe. Ein Stil, der sich am besten mit „Batman: The Animated Series“ vergleichen lässt.
Parallel zur Iron Phoenix Entwicklung verlor The Dig zwischenzeitlich seinen dritten Projektleiter, Dave Grossman. Dave hatte in seiner äußerst kurzen Regentschaft lediglich versucht Brians unvollendeten Plot fortzuführen. The Digs Problem, war zu dem Zeitpunkt hauptsächlich Brians Versuch, zeitgleich eine neue Engine zu entwickeln. Damit das Steven Spielberg Projekt garantiert 1995 in den Regalen stünde, musste es der Einschätzung von Sean Clark und Mike Stemmle zurück auf SCUMM gebracht werden. Die beiden Sam & Max Designer übernahmen die Leitung von The Dig nur unter der Prämisse, dass sich Aric Wilmunder Vollzeit um ihr Spiel kümmern würde. So verlor Iron Phoenix seinen leitenden Programmierer und Projektleiter, bevor die geplanten Engine Features vollständig waren.
