Für lange Zeit lief alles Ereignislos. Bis eines Tages zwei Fremde Ellie beim Erlegen eines Hirsches beobachteten. Sie waren freundlich und näherten sich vorsichtig. Doch ähnlich wie Ellie hatten auch sie Angehörige und somit unzählige Mäuler zu stopfen. Der ältere der beiden, David, bat um den Hirsch. Sich der schlechten Gesundheitslage Joels bewusst, handelte Ellie im Austausch für ihren Hirsch zwei Flaschen Penicillin heraus, die der Zweite, James, holen sollte. Die Zurückgebliebenen überbrückten ihre Wartezeit mit Lagerfeuergeschichten. Eine von Davids späteren Erzählungen handelten von einem Verrückten und einem kleinen Mädchen, die seine Männer in der nahegelegenen Universität abschlachteten. Ellie richtete sofort wieder die Waffe auf David, aber James stand bereits mit einer gezogenen Pistole an ihrer Seite. Bei diesem Stand-Off ließ David Ellie laufen. Aber sie wussten nun ungefähr, in welcher Gegend das Duo sich versteckte.
Es dauerte nicht lange, bis Ellie von ihrem Versteck aus die Stimmen einer Suchgruppe vernahm. Davids Männer gingen von Haus zu Haus. Es war nur eine Frage der Zeit, bis sie in ihren Keller stolpern würden. Ellie schnappte sich ihr Pferd und lockte die Angreifer von ihrem Versteck weg. Für einige Minuten lief alles wie geplant. Bis David sie in einer Hütte von hinten überwältigte. Ellie kam in einer Zelle wieder zu sich. Direkt davor zerlegte James gerade den Körper eines Mannes in seine Einzelteile. Das angebliche Reh, was David ihr kurz darauf servierte, verschämte Ellie zur Sicherheit. James und David zerrten sie aus der Zelle und schmissen sie auf den Tisch. David griff zum Messer. Offensichtlich sollte Ellie als nächstes filetiert werden. Die Worte „Ich bin infiziert“ verlängerten ihr Leben. David war verunsichert und krempelte den Ärmel des Mädchens hoch. Ellie nutzte den Moment der Verwirrung zu ihrem Vorteil. Sie griff zum Messer, schlitzte James die Kehle auf und ergriff die Flucht.
Sie befand sich in Davids Territorium und er war ein exzellenter Fährtenleser. Es dauerte nicht lange, bis die kleine ihm wieder direkt in die Arme lief. Ellie stolperte zurück und warf dabei eine Öllampe um. Die Ablenkung, vom Feuer fangenden Eingang, ermöglichte es ihr erneut etwas Abstand zu gewinnen. Aber sie war jetzt mit David in einem brennenden Gebäude eingesperrt. Die Zeit lief ihr davon. Davids Machete schliff parallel zum lodern des Feuers über die hölzerne Einrichtung. Doch Ellie war kleiner und flinker. Sie schlich sich von hinten an David heran, sprang ihm auf die Schultern und rammte ihm ihr Springmesser in die Schulter. David sackte kurz zusammen, war jedoch alles andere als besiegt. Gerade als Ellie versuchte zu Davids fallen gelassener Machete zu kommen, trat ihr der Mann in die Rippen. Er war nun über sie gebeugt und würgte sie, als ihre rechte Hand endlich die Machete ergriff. Mit einem Hieb schleuderte sie David zur Seite. Das folgende Blutbad beendete sein Dasein.
Joel musste sie vom durchlöcherten Leichnam reißen. Er hatte sich auf die Suche nach seiner Kleinen gemacht, nachdem sie einen Tag lang nicht zurückgekehrt war. Die Folter einiger von Davids Männern, lotste ihn in die richtige Richtung und das brennende Haus hatte ihm den letzten Hinweis gegeben.
Der Schnee war getaut und die Blätter sprießten wieder, als Joel und Ellie das Saint Mary’s Hospital von Salt Lake City am Horizont entdeckten. Sie hatten es fasst geschafft. Alles was sie vom Eingang trennte war ein reißender Fluss gefüllt mit Autowracks. Ellies Federgewicht schaffte es Problemlos auf die andere Seite, aber als Joel beinahe festen Boden unter den Füßen hatte, riss sich der Bus unter ihm los und fing ihn darin ein. Ellie kam ihm zur Hilfe, drückte die Fahrertür ein und schaffte so einen Ausweg. Aber in dem Moment drehte sich der Bus und zerrte das Mädchen unter Wasser.
Joel schleppte sich mit der bewusstlosen Ellie wieder an Land. Die Soldaten, die ihn umzingelten, brachten ihn nicht von der Herz-Lungen-Wiederbelebung ab. Joel wollte nicht noch ein Mädchen verlieren. Einer der Soldaten schlug ihn mit dem Gewehrkolben K.O.
Marlene saß an seinem Krankenhausbett, als er wieder zu sich kam. Sie war äußerst beeindruckt, dass Joel ihr Paket tatsächlich zweieinhalbtausend Meilen durch die USA transportiert hatte. Joel war nicht der Typ für Schmeicheleien. Alles was er wollte, war Ellie zu sehen. Aber Marlene winkte ab. Ellie wurde bereits für die Operation vorbereitet. Wie Marlene erläuterte, wurde ihre Immunität durch eine Mutation des Cordyceps Pilzes in ihrem Kopf ausgelöst. Diese Mutation würde den Fireflys den erhofften Impfstoff schenken. Aber die Gewinnung eines Pilzes, der komplett über Ellies Gehirn wucherte, bedeutete ebenso ihren Tod. Joel wollte das nicht hinnehmen. Aber Marlenes Leibwache wies ihn zurecht und sie selbst beschwichtigte ihn mit Worten. Marlene hatte Ellie schon viel länger aufwachsen sehen. Sie hatte Ellies Mutter versprochen auf das kleine Mädchen aufzupassen. Doch hier ging es um das Überleben der gesamten Menschheit. Es gab keine andere Möglichkeit.
Trotz Joels Protesten, schenkte Marlene ihm die Freiheit. Ihre Begleitung sollte Joel vom Gelände eskortieren. Aber der Vater war nicht gewillt, seine neu gewonnene Tochter aufzugeben. Joel richtete seine Eskorte hin und bahnte sich einen Weg zum Operationssaal. Den protestierenden Doktor erledigte er ebenso wie alle anderen, die sich ihm in den Weg stellten. Nichts brachte Joel von Ellies Rettung ab. Er schnappte sich das bewusstlose Mädchen und schoss sich einen Weg frei zum Parkdeck. Marlene stellte sich ihm ein letztes Mal in den Weg, als er aus dem Fahrstuhl trat. Sie versuchte ihn zu überzeugen, dass Ellie selbst die Operation wollen würde. Aber Joel war Ellies Leben wichtiger geworden als alles andere. Er tötete Marlene, legte Ellie auf den Rücksitz eines Wagens und raste davon.
Als Ellie wieder zu sich kam, log er. Er berichtete, wie sie das Krankenhaus erreicht hatten, es da aber hunderte andere Immune Personen gegeben hatte und sogar, dass die Fireflys aufgehört hatten nach einem Gegenmittel zu suchen.
Joel und Ellie kehrten nach Jackson County zurück. In der Geborgenheit von Tommys Siedlung bauten sie sich ein neues Zuhause auf.