Zwei Jahre waren seit der El Dorado Schatzsuche vergangen. Eine Zeitspanne, in der Nathan und Elena sich längst auseinander lebten. Die Uncharted Doku-Reihe der Blondine war schon lange eingestellt und Drake bei der Suche nach dem sagenumwobenen Inka-Stab von Ayar Manco, gerade so mit dem Leben davon gekommen. Die Nahe-Tod-Erfahrung in Alkohol ertränkend, entspannte sich Nathan an einer idyllischen Strand-Bar, als Harry Flynn ihn überraschte. Flynn war der Typ Schatzjäger, der einem mit der einen Hand auf die Schulter klopfte und mit der anderen das Portemonnaie abnahm. Aber was ihm an Moral fehlte, machte er mit seinem britischen Charme wieder wett. Selbstverständlich stieß Flynn nicht zufällig auf Nate. Zoran Lazarevic, ein serbischer Kriegsverbrecher, bot gutes Geld für eine Öllampe aus der Yuan Dynastie, die in einem türkischen Museum schlummerte. Überlieferungen zur Folge schenkte Kublai Khan diese einst Marco Polo. Nate gefiel der Auftrag gar nicht. Denn in genau dieses Museum war er schon mal eingebrochen und das lief alles andere als geschmiert. Aber genau deswegen brauchte ihn Flynn. Er hatte bereits alles bis ins kleinste Detail durchdacht. Womit er die dritte Person des Jobs ins Spiel brachte: ihre Chauffeurin Chloe Frazer. Ebenfalls eine alte Bekannte. Fasst ein Jahrzehnt zuvor stahlen Nate und Chloe gemeinsam Diamanten und landeten anschließend im Bett. Aber das ließ er sich gegenüber Flynn nicht anmerken. Denn so vermochte er vielleicht, sich zusammen mit Chloe und der Beute absetzen. Was Nate letztlich überzeugte mitzumachen, war jedoch eine Seite aus Marco Polos Tagebuch. Sie erzählte von der verschollenen Flotte. Dreizehn Schiffen mit 600 Passagieren und unsagbaren Schätzen, die auf Marco Polos anderthalbjähriger Reise verschwanden. Nate war überzeugt, die Öllampe müsse einen Hinweis auf deren Verbleib enthalten.
Das Duo stieg von der Meer-Seite in die Kanalisation ein, kletterte über den Hof, die Mauer empor und ließ sich dann vom Dach direkt in die Ausstellungshalle hinunter. Der einzige Haken war, dass Flynn nie plante, die Beute mit Nate zu teilen. Gerade als dieser die Hinweise der Öllampe auf Shambhala zurückführte, ließ Flynn ihn im Stich. Er holte das Seil ein, zerschoss eine der Vitrinen und machte somit die Sicherheitsleute auf Nate aufmerksam. Nathan Drake hatte keine Chance. Er landete in einem Gefängnis Istanbuls.
Drei Monate lang schmorte Nate dort. Dann bat Chloe Sully ihn raus zu holen. Ein Unterfangen, was Nate seine gesamten Ersparnisse kostete. Aber immerhin war er dem Cintamani Stein einen Schritt näher. Und sollte er ihn vor Lazarevic erreichen, wären seine finanziellen Sorgen für immer beseitigt. Denn der Beschreibung Marco Polos zur Folge, war dieser blaue Saphir größer als zwei Armlängen. Zoran Lazarevic spürte zwar zwischenzeitlich die verschollene Flotte in Borneo auf, aber allein durch Flynns Hilfe, kam er dem Stein keinen Meter näher. Nate war sicher, er könne ihn finden, wenn er bloß einen Blick auf Marco Polos vollständiges Tagebuch werfen könnte. Doch Lazarevic kaufte über Jahre hinweg sämtliche Seiten auf. Was bedeutete, Nate musste in dessen Lager einbrechen und sie dort studieren.
Mit einer explosiven Ablenkung von Chloe, lockten sie Flynn und Lazarevic aus dem Zelt. Nate brauchte nicht mal fünf Minuten, um sich das zusammen zu reimen, was Flynn in Monaten nicht vermochte. Der Cintamani Stein gelangte nie an Bord von Marco Polos Flotte. Er ruhte weiterhin in Shambhala und das lag nicht in Borneo. Der Schlüssel andererseits, mochte vor Ort verborgen sein.
Da Lazarevics Leute in der Bucht kein einziges Crewmitglied fanden, gab es für Nate nur eine Schlussfolgerung. Sie retteten sich damals vor dem nahenden Tsunami auf höheren Boden. Die Besatzung musste irgendwo auf dem Kinabalu sein. Selbstverständlich erwarteten die drei nicht, jemanden aus dem 17. Jahrhundert lebend vorzufinden. Aber wie die Crew starb, bereitete Drake Kopfzerbrechen. Es machte den Eindruck als hätten sich alle 600 Mann gegenseitig umgebracht. Eines der Skelette umklammerte immer noch den Phurba. Eine Art tibetanischen Dolch, der Geister zerstören sollte und den Hinweisen der Tagebücher nach der goldene Schlüssel sein musste. Die ledrige Karte, in die der Phurba eingewickelt war, verwies auf eine Tempelanlage in Nepal. Nur das in den vergangenen vier Jahrhunderten dort eine Stadt entstand: Kathmandu.
Bis Nate in dem umkämpften Gebiet eintraf, hatten die lokalen Milizen auf Lazarevics Anweisung längst unzählige Tempel auf den Kopf gestellt. Glücklicherweise bestand Kathmandu jedoch aus Hunderten dieser und den richtigen zu finden, erwies sich ohne detaillierte Hinweise, als äußerst komplex. Ständig Lazarevics Männer im Nacken, arbeitete sich Nate zu Chloe vor. Als sie sich endlich wieder in den Armen lagen, entdeckte er beim Anblick des Phurba darauf zufällig einen Hinweis. Sie mussten lediglich den Tempel mit dem richtigen Symbol finden. Vom Dach eines Hotels aus, dauerte es nur Sekunden diesen ausfindig zu machen. Ironischerweise lag er jedoch direkt neben Lazarevics Basis. Außerdem schien es keine gute Idee gewesen zu sein, sich auf der Spitze des höchsten Gebäudes zur Schau zu stellen. Ein Mi-24 Kampfhelikopter deckte sie Sekunden später mit Maschinengewehrsalven ein. Halb Kathmandu verwüstend, retten sie sich von einem Gebäude zum nächsten, bis dem Piloten die Raketen ausgingen. Dann holte Nate ihn mit einem Granatwerfer vom Himmel. Ein einstürzendes Gebäude später, schüttelten sie auch den Rest von Lazarevics Handlangern ab. Für den Moment schienen sie sicher.
Zumindest bis Nate an einer Straßenecke in den Lauf einer Pistole blickte. Zu seiner Überraschung war die Frau am Abzug Elena. Die investigative Journalistin jagte Zoran Lazarevic nach, um zu beweisen, dass er noch lebte. Denn die NATO glaubte, ihn längst mit einer Bombe erwischt zu haben und kümmerte sich daher nicht weiter um den Kriegsverbrecher. Elena verstand nicht, warum Lazarevic ausgerechnet in Kathmandu war und Nate war auch nicht gewillt sie einzuweihen. Dummerweise wusste Elena Nates Gesichtsausdrücke jedoch nur zu gut zu deuten. Sie reimte sich sofort zusammen, dass Nate und Zoran das Gleiche suchen mussten. Die eine Minute später eintreffende Chloe, bestätigte unabsichtlich ihre Vermutung. Aber zumindest amüsierte es die beiden Frauen sichtlich, sich über Nathans Bettgeschichten zu unterhalten. Wie Nate nun mal war, verfiel er in die typische Heldenrolle und nahm Elena samt Kameramann Jeff mit zum Tempel. Elena war alles andere als der Damsel in Distress Typ, aber ein weiterer Kampfhelikopter stimmte sie um.
