Durch den Selbstmord ihrer Mutter wuchsen Samuel und Nathan Morgan im St.-Francis-Waisenhaus auf. Eine Zeit, in der Nathan seiner Meinung nach unsinnige Sprachen wie Latein erlernte, aber ebenso eine Faszination für den Freibeuter Sir Francis Drake entwickelte. Diese Begeisterung war es gewesen, die Nate den Namen Drake annehmen ließ, als sie eines Nachts vor der Polizei flohen und das Waisenhaus hinter sich ließen. 1990, sechzehn Jahre vor Nates und Elenas gemeinsamer Bergung von Francis Drakes Sarg an der Küste Panamas, spähte der mittlerweile 14-jährige Taschendieb in Kolumbien das Marítimo Museum aus. Denn die dortige Francis Drake Ausstellung umfasste den Ring des Freibeuters und einen 400 Jahre alten bronzenen Sternhöhenmesser. Während Nate das Astrolabium sorgfältig abmalte, fiel ihm ein Mann mittleren Alters auf, der ebenfalls reges Interesse am Inhalt der Vitrine zu haben schien. Nate distanzierte sich absichtlich und beobachtete daraufhin, wie der Mann heimlich einen Schlüsselrohling in das Schloss der Vitrine schob. Unauffällig folgte er dem Mann, beim Verlassen des Museums. Als dieser dann eine Frau an einem Marktstand ansprach, packte Nate die Gelegenheit beim Schopfe und stahl ihm die Brieftasche. Aber kaum hatte Nate eine Straßenlänge Abstand gewonnen, lief er dem Mann unfreiwillig wieder in die Arme. Der Amerikaner war deutlich besser geübt, was Diebstähle anging und hatte Nate schon von weitem kommen sehen. Doch er rief nicht die Polizei, stattdessen wies er Nate auf seine Fehler hin und nahm ihm seine Brieftasche wieder ab. Das die Schlüsselkopie nicht mehr darin war, bemerkte Sully, der Amerikaner, erst deutlich später.
Nate stieg seinerseits am Abend ins Marítimo Museum ein und entwendete Ring samt Sternhöhenmesser. Doch gerade, als er den Ring in den Sternhöhenmesser einsetzte und dessen Elemente sich zu drehen begannen, spazierte Sully zusammen mit der Blondine und einigen Anzugträgern herein. Umzingelt, blieb Nate keine andere Wahl, als das Astrolabium rauszurücken. Aber den Ring ließ er mit einem Taschenspielertrick verschwinden und ergriff die Flucht. Über die Dächer Cartagenas flüchtend, hängte Nate einen Verfolger nach dem anderen ab. Bis er schließlich in einer Sackgasse landete und einer der Anzugträger in einkesselte. Der Junge griff zu der Pistole, die er von einem der Verfolger erbeutete, hatte jedoch nicht den Mut abzudrücken. Zu seinem Glück kam der folgende Schuss nicht von seinem Verfolger, sondern dem hinter ihm stehenden Viktor Sullivan. Nate kostete ihn den Auftrag. Aber der Mann sah Potential in dem jungen Nathan Drake und nahm ihn mit. Im Gegenzug für ein Mittagessen, weihte Nate Sully in seine Schatz-Theorie ein. Denn Francis Drake brauchte damals sechs Monate für eine Reise, die er in einem hätte schaffen müssen. Nate war fest überzeugt, in dieser Zeitspanne erledigte er einen Auftrag für ihre Majestät, Queen Elizabeth I, und verschleierte sämtliche Hinweise darauf mit dem Astrolabium. Das in Wirklichkeit eine Dechiffrierungsscheibe war. Bedauerlicherweise kamen Sully und Nate an dem Tag nicht weiter, denn sie hatten nur die Hälfte der Beute. Die blonde Frau, Katherine Marlowe, besaß die andere Hälfte.
2010, vier Jahre nach der El Dorado Schatzjagd und zwei Dekaden nach Nate und Sullys erstem Aufeinandertreffen, spazierte das Duo in den Pelican Pub Londons, um den Ring für einen gehörigen Batzen Geld abzugeben. Aber während Talbot, der Käufer, den Ring authentifizierte, fielen Nate die gefälschten Banknoten auf. Er und Sully brachen das Geschäft umgehend ab. Doch Talbot besaß den Heimvorteil. Die gesamten Pub Besucher, entpuppten sich als dessen Handlanger. Sich durch den gesamten Laden prügelnd, stürmten sie zur Hintertür hinaus. Nur um dort weiteren Schlägern in die Arme zu laufen. Cutter, einer des Empfangskomitees, setzte Nate richtig zu. Wodurch er und Sully auf einem Müllhaufen zusammensackten. Dann fuhr Katherine Marlowes Rover vor und die mittlerweile in die Jahre gekommene Dame schnitt Nate den Ring von seiner Halskette. Als sie sich abwandte, um zu gehen, sprang Nate auf und hechtete ihr hinterher. Doch Cutter kam ihm zuvor. Er jagte Nate eine Kugel in den Bauch. Es gehörte nicht zu Marlowes ursprünglichen Plan, beseitigte jedoch das kleine Übel. Zusammen mit Talbot verschwand sie im Schutze der Dunkelheit.
Drei Sekunden später amüsierten sich Sully, Nate und ihr Freund Charlie Cutter über den gelungenen Coupe. Denn der Ring, den Marlowe erbeutete, war eine billige Kopie und der gesamte Plan diente einzig und allein dem Ziel, die Dechiffrierungsscheibe zurück zu bekommen. Während das Trio aus der Gasse spazierte, verfolgte Chloe Marlowes Wagen.
Nachdem die vier Schatzjäger wieder vereint waren, nahmen sie das Lagerhaus, in dem der Rover verschwand, genauer unter die Lupe. Zu ihrem Erstaunen, befanden sich weder Talbot noch Marlowe oder der Wagen darin. Es dauerte etwas, bis das Quartett ein Geheimtor fand, dessen Tunnel ins Untergrundnetz Londons mündete. Marlowes Spuren folgend, erspähten sie letztlich den Zugang zu einem antiken Gebäude aus dem 16. Jahrhundert, das mit unzähligen damaligen Antiquitäten gefüllt war und ebenso die gesuchte Dechiffrierungsscheibe enthielt. Mit ihr und einer weiteren Karte aus Marlowes Bestand, rekonstruierte Nate das vermutliche Ziel der damaligen Expedition. Auf Anweisung von John Dee, dem engsten Berater Königin Elizabeths, besuchte Francis Drake damals das Atlantis der Wüste, auch als Ubar, oder die verschollene Stadt Iram bekannt. Die große Frage, die blieb, war jedoch: warum Sir Francis Drake seinen Fund damals geheim hielt? Selbst vor ihrer Majestät. Nate fehlte darauf die passende Antwort, aber er war mehr als gewillt, es heraus zu finden. Aus Aufzeichnungen der Kreuzritter, von vor rund Tausend Jahren zuvor, leitete Nate zwei Orte ab, die einen weiteren Hinweis enthalten könnten. Ein Château in Frankreich und eine Zitadelle in Syrien. Weshalb er und Sully nach Frankreich fuhren, während Chloe und Charlie Syrien erkundeten.
