Der Sarkastische Vogel und faule Bär bedurften fürs Weihnachtsgeschäft 2000 ebenfalls eines Nachfolgers. Nachdem es Gruntilda misslungen war Banjos Schwester Tooty ihr gutes Aussehen zu rauben, sinnte sie nach Rache. Zwei Jahre unter einem Felsen ließen sie nicht fröhlicher werden. Sie reduzierten die Hexe auf ein abgemagertes Skelett. Weshalb sie hilflosen Geschöpfen das Leben aussaugte. Selbstverständlich schritten Banjo und Kazooie ein, um ihr das Handwerk zu legen. Jedoch nicht bevor sie Bottles tötete. Glücklicherweise behielten Banjo und Kazooie alle ihre Moves, die sie im ersten Teil erlernt hatten und konnten nun neue von Drill-Sergeant Jamjars, für die eingesammelten Noten, erstehen. Banjo und Kazooie agierten im zweiten Spiel erstmalig nicht nur als Duo, sondern trennten sich über spezielle Plattformen. Was sie einzeln an Orte brachte, die zuvor unerreichbar schienen. Voodoo Priester Mumbo Jumbo gedieh ebenso zu einem Spielercharakter in den drastisch angewachsenen und optisch aufgewerteten Leveln. Reichere Texturen, höhere Sichtweite und Echtzeit-Schatten überzeugten ebenso wie der ursprünglich für Banjo-Kazooie gedachte Mehrspieler-Modus. Ein Feature, was es leider nicht in Banjo-Tootie schaffte, war Bottle’s Revenge. Ein Zwei-Spieler-Modus, bei dem der zweite Spieler als Bottles böser Geist die Kontrolle von Banjos Feinden übernahm und sie die Rollen tauschten, wenn es ihm gelang den ersten Spieler zu stoppen. Bedauerlicherweise gestaltete es sich zu aufwendig die zahlreichen neuen Boss-Gegner zu kontrollieren. Weshalb das Feature durchs Raster fiel und zu Perfect Darks Counter-Operative-Mode wurde. Banjo-Tooie lag bei seinem November 2000 Release in den Reviews nur zwei Punkte hinter seinem Vorgänger zurück. Die Kritiker lobten seine wunderschönen neuen Welten, bemängelten aber gleichzeitig, dass es spielerisch nicht auf einem Level mit seinem Vorgänger sei. Das erzwungene Zurückkehren in bereits besuchte Welten und gleichzeitige nicht respawnen von Hinweisen, machten es für viele Spieler schwer alles im Auge zu behalten. Banjo-Tooie verkaufte mit weniger als 1,5 Millionen Exemplaren nicht mal die Hälfte seines Vorgängers.
Chris Seavor, einer der Killer Instinct Grafiker, kam nach der Einstellung von Twelve Tales auf die Idee, Conker vom Standard Nintendo Charakter abzuheben und stattdessen in eine komödiantische Richtung auszubauen. Im völligen Kontrast zum ersten Ansatz, dachte er an Fäkalhumor und gänzlich übertriebene Gewalt. Sein erstes Brainstorming mit Tim Stamper brachte den Gedanken hervor, Wespen hätten einen Bienenstock geklaut, wodurch ein Gefecht entstand, das mit gelben Bienenstockartigen Maschinengewehrstellungen ausgetragen wurde. Dieser Ansatz entwickelte sich zur ersten Zwischensequenz des Spiels, die zum Roten Faden des Spiels wurde. Einem Roboter-Gegner der Arnold Schwarzeneggers Terminator Sprüche parodierte. In den folgenden Wochen veralberte Conker’s Bad Fur Day Godzilla, Matrix, Saving Private Ryan uvm. Das rote Eichhörnchen eroberte den Strand an der Seite von brennenden Kameraden und im Sand liegenden Körperteilen. Conker trank Alka-Seltzer gegen seinen Kater, schlug mit der Bratpfanne um sich, pisste Feuer aus und benutzte die Titten einer Sonnenblume als Sprungbrett. Die Krönung des ungewöhnlichen Platformers war aber sicherlich Mighty Poo. Ein gigantischer brauner Haufen, der Opern sang und welchen Conker mit Toilettenpapierrollen bezwang. Alles Eskapaden die Conker durchlebte, weil der Panther König ihn als viertes Tischbein benutzen wollte. Nintendo lehnte den Spielvorschlag bereits beim ersten Pitch der Stampers ab. Sie befürchteten, Kinder würden Conker als ein Spiel für sie missinterpretieren. Eine durchaus naheliegende Annahme, da es Jahre zuvor als Kinderspiel angekündigt war. Aber die Stampers hielten an Conker’s Bad Fur Day fest und publizierten es selbst im April 2001. Sie bewarben es im Playboy und Fernsehen mit Geräuschen eines sich übergebenden Eichhörnchens und einer leicht bekleideten Blondine. Nintendo ignorierte das Spiel komplett. Einen Nintendo Power Artikel suchte man genauso wie das Spiel selbst in den Verkaufsregalen. Besonders Geschäfte, die ebenso Kinderspielzeug führten, sahen die Verwirrung ähnlich wie Nintendo. Das Spiel verkaufte 23.000 Exemplare in der ersten Woche, 13.000 in der zweiten und von da an ging es nur noch Berg ab. Conker’s Bad Fur Day wurde Rarewares bis dahin größter Fehlschlag. Bedauerlicherweise nicht der Letzte.