Im Monat, des amerikanischen Super Mario Bros 2. Releases, feierte Super Mario Bros. 3 in Japan Premiere. Es hatte 800.000$ und zwei Jahre Entwicklungszeit gekostet. Eine Zeitspanne, in der das R&D4 Team vom anfänglichen Ansatz, es in einer isometrischen Perspektive anzusiedeln, abgekommen war und zurück zu den 2D Wurzeln kehrte. Einzig und allein der karierte Boden der Eröffnungssequenz zeugte noch von dieser Vergangenheit. Eine Sequenz, die ausnahmsweise nicht die typische Rette-die-Prinzessin-Story einleitete. Stattdessen musste Mario seinem sechsten Abenteuer die Könige von sieben Königreichen vor Browsers Söhnen beschützen und deren Zauberstäbe zurückerobern. Super Mario Bros. 3 setzte auf Shigerus bewährter Formel auf, überholte sie jedoch komplett. Zusammen mit dem Standard Super-Pilz, Feuerblumen und Unverwundbarkeitssternen, umfasste das Spiel zehn Zusatzgegenstände. Eingeschlossen einem Froschanzug, Hammer-Anzug und einem Superblatt, das Mario in einen Waschbär verwandelte. In letzterer Form gleitete er wie Prinzessin Toadstool aus dem vermeintlichen zweiten Teil durch die Luft und konnte mit Anlauf fliegen, sowie Dinge mit seinem Schwanz zertrümmern. Ein Feature, welches es auf das Cover schaffte. Genauso vielfältig wie die Gegenstandsflut, war die Spielwelt selbst. Es gab unzählige einmalige Elemente, wie den grünen Goomba Stiefel, die wütende Sonne oder vom Himmel fallende Baby Goombas. All diese Elemente verliehen dem Jump’n’Run das Gefühl einer sich ständig weiterentwickelnden Welt. Der Ideenreichtum brachte das NES jedoch an seine Grenzen, weshalb Nintendo das Modul mit einem MMC3 Chip ausstattete, der u.a. diagonales Scrolling sowie animierte Bausteine möglich machte und die lediglich 2KB RAM der Konsole aufrüstete. Das Ergebnis erhielt eine Durchschnittswertung von 97,5%! Super Mario Bros. 3 verkaufte 250.000 Exemplare in den ersten beiden Tagen. Allein in den USA erwirtschaftete es Nintendo 500 Millionen Dollar. Letzten Endes sollte Nintendo 17 Millionen Exemplare des Spiels verkaufen. Auch wenn viele davon durch Bundles in den Folgejahren entstanden, kann nur von einem durchschlagenden Erfolg gesprochen werden.
Nintendo schloss 1988 mit weiteren 6,1 Millionen verkauften Konsolen und 33 Millionen ausgelieferten Steckmodulen in den USA ab. In Japan erreichten sie, mit beinahe 14 Millionen Konsolen insgesamt und anderthalb neu verkauften, 1988 so langsam eine Marktsättigung. An dem Punkt schien Nintendo nicht mehr aufzuhalten zu sein. Im April 1989 knüpften sie mit dem Game Boy an den Siegeszug an. Der farblose Handheld verkaufte sich in Japan innerhalb der ersten zwei Wochen 300.000 Mal und setzte beim US Start, drei Monate später, 40.000 Exemplare am ersten Tag ab. Eine Erfolgsgeschichte, die Jahre später in 118 Millionen Game Boys weltweit gipfelte.
Im Februar des vorangegangen Jahres hatte Enix Dragon Quest III ausgeliefert, was die bewährte JRPG Formel um immer mehr Features der typischen westlichen Rollenspiele erweiterte. Der Einzelgänger des ersten Teils, hatte im zweiten Verstärkung durch zwei Party-Mitglieder bekommen und zog im dritten Spross zu viert durch die Lande. Hinzu kamen Tag- und Nachtzyklen sowie Berufe. Das Spiel wurde ein derart großer Hyphe, dass Kinder die Schule schwänzten und am Release-Tag mehr als eine Million Exemplare kauften. Ein Sieg, der von der Konkurrenz selbstverständlich nicht unbemerkt blieb. Namco schickte mit Digital Devil Story: Megami Tensei bereits 1987 eine daran angelehnte Reihe mit dämonischen Gestalten ins Rennen und auch Nintendo stieg 1989 mit ein. Mother war das letzte NES Spiel, dessen Produktion Shigeru Miyamoto beaufsichtigte, bevor er sich gänzlich Nintendos kommender 16-Bit Konsole zuwandte. Die Idee von Mother, es im 20. Jahrhundert der USA spielen zu lassen und so die reale Welt mit psychischen Kräften zu versetzen, stammte jedoch von Shigesato Itoi. Er kombinierte Dragon Quests bewährte Oben-Ansicht und Zufallskämpfe mit einem Kampfsystem aus der Ich-Perspektive. Ironischerweise ebenfalls ein Konzept der frühen Bard’s Tale und Ultima Rollenspiele, von denen diese sich aber zeitgleich abwandten. Ähnlich wie South Park: The Stick of Truth drei Jahrzehnte später, erzählte Mother seine Geschichte aus der Perspektive eines zehnjährigen Jungen. Was die Frage aufwirft, wie viel der Wunder und Magie des Spiels bloß Nintens Phantasie entsprang? Der kleine Junge wohnte zuhause einem paranormalen Phänomen bei. Woraufhin ihm sein Vater von den psychischen Kräften seines Opas erzählte und Ninten bei Aufklärung des Phänomens zum Planeten Magicant gezogen wurde. Magicants Herrscherin Queen Mary beauftragte ihn, die acht Melodien ihres Songs von der Erde zurück zu beschaffen.
Mother wurde damals von Vielen als Parody Dragon Quests angesehen. Das Gameplay selbst litt an einer Vielzahl unausgereifter Features, wie das die Attribute der Spielergruppe nicht gleichmäßig mit den Bedrohungen wuchsen, was den Schwierigkeitsgrad der verschiedenen Gebiete ständig schwanken ließ. Nintendo verkaufte in Japan gerade Mal 150.000 Module. Die zunächst geplante englische Übersetzung, wurde zwar vollendet, aber nicht veröffentlicht. Tatsächlich überarbeitete Nintendo Amerika das Spiel gänzlich, stellte es jedoch ein, weil der Spielumfang die Modulgröße sprengte. Erst 1998, neun Jahre später, entdeckte das einstige Prototyp-Modul das Licht der Welt. Es ging als EarthBound Zero in die Videospielgeschichte ein und erschien offiziell 2015 für das Nintendo Wii.
Parallel dazu hatten Segas Elektrotechnikgenies deren Spielhallenplatinen in ein kleines schwarzes Kästchen gequetscht, das sie Mega Drive tauften. Dieses Mal wollten sie alles richtig machen und trafen sich für die Planung des amerikanischen Releases mit Atari. Doch Jack Tramiel war an der ersten 16-Bit Spielkonsole der Welt nicht interessiert. Dafür aber sehr wohl Micheal Katz, Ataris Chef des Videospielzweigs. Katz wurde zu Sega Amerikas zweitem Geschäftsführer. Mit Werbeslogans wie „Genesis does what nintendon’t“ und amerikanischen Berühmtheiten wie Arnold Palmer, James ‚Buster‘ Douglas oder Joe Montana im Schlepptau sagte er Nintendo offiziell den Kampf an. Das Genesis, so der amerikanische Name von Segas Konsole, verkaufte sich unter Katz Leitung 500.000 Mal. Im Vergleich zu Nintendos 9.000.000 NES Verkäufen in 1989 war das ein Tropfen auf den heißen Stein, aber für Sega war es ein Anfang.